האתר שהפך לסמל עם פרוץ האינתיפאדה השנייה שוב במוקד המתיחות הביטחונית. יממה לאחר שכ-100 פלסטינים התפרעו במתחם קבר יוסף ושברו מצבה, שני חסידי ברסלב מבני ברק וירושלים פרצו מחסום כדי להגיע לאתר - ונורו על-ידי חמושים פלסטינים. מצבם של השניים, שהגיעו ללא תיאום עם הצבא, הוגדר קל עד בינוני. זמן קצר לאחר מכן נכנסו פורעים למתחם הקבר והשחיתו אותו פעם נוספת.
השניים נכנסו למקום בשיירת כלי רכב יחד עם קבוצת חסידים שפרצה מחסום צה"לי לא מאויש באחת הכניסות לשכם. לאחר הירי הקבוצה הגיעה למחסום בכניסה אחרת לעיר, שם חיילים העניקו לשניים טיפול רפואי ופינו אותם לבית החולים בילינסון בפתח תקווה. במנוסתם דרסו החסידים עובר אורח פלסטיני שלא קשור לירי, הוא נפצע קל.
זה קרה כאמור בלילה שלאחר השחתת מתחם הקבר והצתתו. אתמול נפוצו קריאות של חסידי ברלנד בקבוצות ווטאספ להיכנס הלילה לשכם כדי לשפץ את הקבר - ולבסוף החסידים אכן נכנסו ללא תיאום. בכל מקרה, הפרעות בקבר יוסף אינן דבר תקדימי. המציאות בקבר כוללת ביקורים תכופים של יהודים באופן מבוקר - אך גם פגיעה באתר אחת לכמה שנים. במועצה האזורית שומרון פועלים לתחזוקו ויחד עם חטמ"ר שומרון, בתיאום עם הרשות הפלסטינית, מנסים לייצר שגרה שקטה - אבל היא לא תמיד נשמרת.
ישיבת "עוד יוסף חי", שפעלה במקום, הוקמה בשנת 1982, ימים בודדים לאחר פינוי ימית מסיני. באותם ימים היתה השהות בישיבה שפעלה בסמוך לציון הקבר כדבר שבשגרה. תלמידי הישיבה היו עולים על אוטובוס ישיר מתל אביב שהיה מגיע עד לקבר יוסף. המבקרים והתלמידים היו מסתובבים באותן שנים ברחובות שכם באופן חופשי לחלוטין.
בהסכם אוסלו ב' הוחלט כי מתחם הקבר יהיה מובלעת ישראלית בלב השטח הפלסטיני. מתחם הקבר אובטח על ידי לוחמי מג"ב ששהו שם יחד עם מבקרים ותלמידים באופן קבוע. בחג סוכות בשנת 1996 כוח של גדוד חרוב הותקף במתחם על ידי צלפים פלסטינים, לאחר שהגיע למקום על מנת לגבות כוח שהותקף קודם לכן. האירוע התרחש ברקע העימותים שבמנהרות הכותל באותו הזמן. שישה לוחמים של גדוד חרוב נהרגו בתקרית ואחרים נפצעו. בין הפצועים בתקרית היה גם חבר הכנסת אופיר סופר (הציונות הדתית).
בשנים שלאחר מכן אירעו לא מעט עימותים בין הפלסטינים למתפללים ולכוחות צה"ל ומג"ב שאבטחו את מתחם הקבר, עד שבשנת 2000 התרחש האירוע שמזוהה יותר מהכל עם הקבר - הירי בלוחם מג"ב מדחת יוסף והביקורת הציבורית על כך שהופקר למוות. זה קרה ביום השני של ראש השנה באוקטובר של אותה שנה, אז יצאו מאות פלסטינים לתקוף את מתחם הקבר, בתחילת האינתפיאדה השנייה.
במהלך התקיפה נורה יוסף ונפצע. על פי התחקיר הרשמי, כוח צה"ל התלבט אם הדרך המהירה לחלץ אותו היא הפעלת תוכנית "כתונת פסים" לכיבוש מתחם קבר יוסף ותל בלטה, או תיאום פינוי הפצוע באמבולנס פלסטיני. הוחלט על תיאום עם הפלסטינים, אבל הפינוי התעכב, ויוסף דימם למוות במשך כמעט ארבע שעות. גופתו פונתה עם הגעת הסיוע הפלסטיני, שעות אחרי מותו. כעבור שישה ימים עזב צה"ל את מתחם הקבר והשליטה בו עברה לשוטרים של הרשות הפלסטינית.
באותן שנים לא היו כניסות מסודרות וצה"ל נתקל לעיתים קרובות בחסידי ברסלב שנכנסו באופן בלתי מבוקר למתחם הקבר. בעקבות כך החליטו בצבא לארגן כניסות מבוקרות ומאז יש כפעם בחודש אלפי אנשים בכל כניסה.
אחת לכמה זמן יש פרעות במתחם הקבר שכוללות לעתים השחתה של ציון הקבר והמתחם סביבו. גם ב-2015 הושחת הקבר, כאשר פלסטינים יידו בקבוקי תבערה למתחם - ונהדפו על ידי כוחות הביטחון הפלסטיניים. המועצה האזורית שומרון תיקנה אז את הנזק ושיפצה את המתחם.
ארבע שנים לפני כן נרצח בקבר יוסף בן יוסף לבנת, אחיינה של לימור לבנת שהייתה באותה עת שרת התרבות והספורט. שוטרים פלסטינים ירה לעבר רכבו של בן יוסף לבנת, שהגיע עם מתפללים נוספים למתחם הקבר בשעת לילה. אחד מהמחבלים זוכה מרצח והורשע רק במעורבות בפרשה, ובית המשפט שדחה את ערעור הפרקליטות אשתקד תקף וכינה את החקירה "רשלנית".
"קבר יוסף זה פצע פתוח שאנחנו נחושים לתקן אותו. כל פעם שיש אירוע כזה זו חרפה ובסוף אנחנו באים כגנבים בלילה בכדי לשפץ ולתקן. יוסף הוא דמות לאומית ואסור לנו לוותר לאסספוף שמתפרע שם. אנחנן אנשי הישיבה יכולים לחזור בכל רגע גם עכשיו", אמר הרב מנחם בן שחר, בוגר הישיבה.
בישיבת "עוד יוסף חי", ששכנה במתחם קבר יוסף עד שנת 2000, אמרו לאחר השחתת הקבר אתמול כי "מאז נטישת המקום וגזרת הגלות שנכפתה על הישיבה קבר יוסף הפך ליעד מועדף להתקפות מחבלים הרוצים להראות בעלות על הארץ. לצערינו, דווקא קבר יוסף, אחד משלושת המקומות שנקנו על ידי אבותינו ואין לאומות העולם זכות לומר 'גזולים הם בידיכם', נשרף ומחולל פעם אחר פעם. זהו מקום מבחן לבעלות העם היהודי על הארץ ולכן התיקון צריך להיות בחזרת ישיבת עוד יוסף חי למקום ומגורי יהודים באופן קבוע בעיר שכם".
שעות לפני כניסת החסידים לשכם, הודיע מושל העיר איברהים רמדאן כי הרשות הפלסטינית תשפץ את קבר יוסף בעקבות הריסתו על ידי מתפרעים. "קבר יוסף הוא מקום קדוש ליהודים, האחריות שלנו כרשות פלסטינית היא לשפצו במהירות האפשרית אחרי שצעירים פלסטינים שברו חלק ממנו", אמר רמדאן. "לא נאשר לאף גורם חיצוני להתערב בשיפוץ שלו. שכם היא חממה לשלושת הדתות תחת דגל הסובלנות והשלום".
חננאל דורני, ראש מועצת קדומים, אמר הבוקר בריאיון לאולפן ynet בהתייחסו לתקריות בקרב יוסף: "הפלסטינים יודעים היטב לפגוע בבטן הרכה, בדברים הרגישים, פגיעה בקודשי ישראל שיקרים לרבים רבים מעם ישראל. אני מקווה שהפעם התגובה שלנו תהיה יותר נחרצת, גם בתיקון ושיפוץ מקום, וגם בהחזרת שליטת צה"ל למקום".
- הציפייה היא שישראל באמת תחזיר לעצמה את השליטה? זה ריאלי?
"ודאי, זה היה גם בעבר. 96 שנים ארוכות לא הייתה כניסה לקבר יוסף, והנה בשנים האחרונות נכנסים מדי שנה בתיאום ובאישור והדבר הזה הוא דבר שבשגרה. אני רוצה לקבוע את העובדות כריבונים במקום הזה ולכן ודאי שזה ריאלי. אני מזכיר שקבר רחל בהסכמי אוסלו היה בחוץ. רבין הבין את החשיבות של קבר רחל לעם היהודי והשאיר את הקבר אצלנו עם שליטה מלאה של צה"ל".
בהכנת הכתבה השתתפה אלכסנדרה לוקש