ראש המוסד דוד ברנע אמר היום בטקס חניכת המוזיאון הלאומי על שם אלי כהן בהרצליה כי המרגל הישראלי לא נתפס בגלל כמות גדולה מדי של שידורים או בגלל לחץ שהופעל עליו מהמטה. לדבריו, "לאחר מחקר ארוך אני חושף שהוא לא נתפס בגלל שהוא שידר יותר מידי - אלא בגלל ששידוריו נקלטו על ידי האויב ואוכנו. מעכשיו זו עובדה מודיעינית".
ברנע הוסיף כי מלבד העובדה הזו, "גם ידוע שאלי כהן המשיך להחזיק בכיסוי שלו במשך זמן רב אחרי תפיסתו, עמד בגב זקוף מול חוקריו ושמר על כבודו ועל כבוד המוסד והמדינה עד לרגעיו האחרונים".
ברנע גם חשף לראשונה בפומבי את המברק האחרון שהתקבל מכהן טרם תפיסתו. במברק, המתוארך ליום לכידתו המשוער של אלי כהן, 19 בינואר 1965, דיווח המרגל על אסיפה שנערכה במטכ"ל הסורי ערב קודם בהשתתפות נשיא סוריה דאז, אמין אל חאפז. במסמך עצמו נכתב: "אסיפה במטכ"ל אתמול בערב ב-5:00 עם אמין אל חפז וקצינים גבוהים".
מטעם המוסד נמסר כי "המוסד פעל וימשיך לפעול להביא מודיעין ופרטים חדשים אודות התקופה בה תפקד אלי כהן בסוריה, וימשיך לפעול כדי להעלות את עצמותיו לקבורה בישראל".
כהן, אחד מגדולי המרגלים של ישראל, פעל בסוריה וכונה "האיש שלנו בדמשק". המידע שמסר, לאחר שהתיידד עם הצמרת הפוליטית והצבאית של סוריה, סייע רבות לצה"ל להתמודד עם ההתקפות הסוריות בין השנים 1962–1964 ולחשוף תוכניות סוריות כגון הטיית מי הירדן וחבלה במוביל הארצי. בינואר 1965 נחשף ונתפס, וב-18 במאי 1965 הוצא להורג בתלייה בדמשק.
סיבת תפיסתו של כהן תמיד הייתה נתונה במחלוקת - האם שידר יותר מדי או לא פעל לפי ההנחות, או שמא המטה דרש ממנו לשדר באופן אינטנסיבי משהיה צריך.
בטקס חניכת המוזיאון אמר נשיא המדינה יצחק הרצוג כי "אלי כהן, גיבור ישראל, גדול המרגלים של ישראל. אלי כהן היה לאגדה, סמל ומופת. המגדלור ממשיך להאיר ולהתוות דרך ללוחמים ולוחמות סתר שמוכנים לסכן את חייהם למען המדינה. אלי כהן הציל חיים אבל המחיר היה חייו שלו. המוזיאון שקם היום הוא חוב של כבוד שאנחנו חבים לאלי ולמשפחתו ועוד דרך להנחיל את מורשתו של אלי".
ראש הממשלה המיועד בנימין נתניהו אמר כי "אלי כהן נתן לנו לא רק עובדות אלא גם הערכה על המשטר ועל כוונותיו. דברים שלא תמיד נראים בעובדות. אלי כהן היה מגדולי הגיבורים שקמו לעם. הוא פעל לביסוס מדינת היהודים אותה אהב עד עמקי נשמתו. גם אם אלי האדם איננו הרוח הכבירה שלו חיה וקיימת והיא תמשיך לדורי דורות. אלי היה מופת ודוגמאות לגיבורים אחרים שעמנו העמיד. הוא היה חדור שליחות ונכונות הקרבה. אלי חי כשהוא מוקף באימת מוות מרגע לרגע. אבל הייתה לו מטרה ברורה, שישראל תשכון לבטח בארצה. אלי היה האוזניים והעיניים שלנו בסוריה".
לאחר מכן פנה נתניהו לנדיה, אלמנתו של כהן: "נותרת לבדך לגדל את הילדים. אין מזור לכאבך, במיוחד כשאלי עדיין לא הובא לקבר ישראל. אני מבטיח שלא נפסיק לעשות מאמצים עד שנסגור את המעגל. אנחנו לא מוותרים ומנסים בדרכים משונות ושונות כדי להביא את אלי ארצה. הזמן שעבר לא מרפה את ידינו. אין תאריך תפוגה להשיב את לוחמנו ארצה".