נציב תלונות הציבור על השופטים, אורי שהם, דחה תלונה שהוגשה נגד השופטים במשפט נתניהו בעקבות הפגישה שבה הבהירו כי הפרקליטות תתקשה להוכיח שוחד בתיק 4000. לדברי הנציב, השופטים שללו את הטענות שהם נרתעים מניהול המשפט - והסבירו גם את האמירה על הצורך בסיום המשפט "לטובת המדינה".
לפי הנציב, השופטים הבהירו כי האמירה שלפיה הצורך בסיום המשפט הוא "לטובת המדינה", נאמרה "ללא קשר לאופן סיום המשפט וללא קשר לתוצאת המשפט, והם לא נאמרו ביחס להסדר טיעון. כוונת הדברים גם לא הייתה לעסוק בדיון ציבורי או פוליטי. הדברים כוונו רק לצורך לסיים את המשפט. בעניין זה, הזכירו השופטים, כי ההליך מתנהל באינטנסיביות גבוהה, שלוש פעמים בשבוע, מזה פרק זמן ניכר. ואף כי מהלכים שונים ובהם ייעול הדיון במסגרת הסכמות אליהן הגיעו הצדדים בדיונים לפי סעיף 144 לחוק סדר הדין הפלילי, עשויים להביא לקיצור ההליך, המשאבים המושקעים בתיק רבים ביותר. על רקע זה קיים אינטרס ציבורי מוגבר בסיום ההליך תוך זמן סביר. אינטרס זה קיים לגבי כל תיק, ומכל מקום, אין מדובר בהבעת דעה בעניין שאינו משפטי בעיקרו השנוי במחלוקת ציבורית".
בנוסף, מסרו השופטים כמצוטט בהחלטה, כי "לכל אורך ניהולו של התיק הם מקפידים על איפוק ועל ניטרליות. הם נזהרים מהתבטאויות הנוגעות להערכת עדות או ראייה המובאת בפניהם, וזאת גם נוכח רגישותו הממשית של ההליך. בה בעת, הם סברו, לאחר שיקול דעת והתלבטות לא מעטים, כי בצומת הנוכחית ראוי לחלוק עם הצדדים את הערכתם את מצב התיק ביחס לעבירת השוחד שבאישום הראשון, ובעניין זה בלבד".
הנציב הדגיש כי "השופטים כינו כ'חסרת בסיס' את הטענה שלפיה בית המשפט נרתע מניהול המשפט. לדבריהם, מדובר בהליך מורכב אשר בבסיסו כתב אישום שבו טענות רבות, כמו גם עדים רבים. התשתית הראייתית המובאת בפניהם נרחבת, ומשקפת חקירה נרחבת וממושכת שהתקיימה בעניין. עדי מפתח נחקרו במשטרה ימים רבים, דבר המשתקף גם בעדויותיהם ובחקירותיהם בפניהם. על רקע זה יש להבין את משך הזמן שצורך המשפט".
השופטים גם הבהירו שהאמירה מתייחסת לסעיף השוחד בלבד, ללא קשר לסעיפים האחרים שבהם מואשם נתניהו - מרמה והפרת אמונים. הנציב הבהיר בהחלטתו כי בית המשפט רשאי להציג לצדדים את הסיכונים והסיכויים בתיק שנידון בפניו בשים לב לשלב שבו נמצא ההליך, "כל עוד אין הוא קובע מסמרות אלא משמיע את דבריו בזהירות ותוך הסתייגות כי בהבעת דעתו אין משום קביעה סופית ונחרצת".
מאחר שהפגישה התקיימה לפי הנציב "בשלב מתקדם של ההליך", לאחר שהעידו שלושת עדי המדינה ועוד עדים רבים נוספים, השופטים היו רשאים להתייחס לחולשות בכתב האישום. "הדבר אף רצוי מבחינת שיקולים של יעילות דיונית, שכן דברי בית המשפט נועדו לאפשר לצדדים להתמקד בסוגיות שבאמת שנויות במחלוקת, באופן שיסייע לבית המשפט הנכבד בהכרעתו", נכתב.
לפי הנציב, "השופטים דחו מכול וכול את הטענה בדבר גיבוש דעה מוקדמת לטובת ההגנה בסוגיה המרכזית, ללא הבטחת האיזון המתבקש בין הצדדים, וזאת עוד טרם שהסתיימה פרשת התביעה. הם עשו זאת מכיוון שעיקר העדים המרכזיים באישום הרלוונטי נשמעו ונחקרו, ובהם עדי המדינה". עוד ציין הנציב כי "כמו כן, התקיימו ישיבות רבות ביחס לאישום זה והוצגו אלפי מוצגים. במצב דברים זה, התגבשה תשתית לכאורית של ממש, העומדת ביסוד הדברים שנאמרו בישיבה. מכאן, כי אין מדובר בדעה קדומה, אלא בעמדה לכאורית המבוססת על עדויות שנשמעו, ראיות שהוגשו, והערכה ראשונית של התמונה העולה בשלב זה, מכל אלה".
עו"ד עמירם גיל, שהגיש את התלונה מטעם "מוסדות", אמר: "מברכים על קביעת הנציב כי על בית המשפט לנהוג בתיק נתניהו משנה זהירות, אבל ממשיכים להיות מודאגים. מאז הגשת התלונה היינו עדים לאירועים מטרידים נוספים, ובראשם שתיקת השופטים אחרי ששרה נתניהו הפרה בבוטות את ההנחיה שלא ליצור קשר עם העד ארנון מילצ'ן. אירועים אלה מצטרפים לסירוב השופטים להכריז על עדים שזגזגו מעל הדוכן לטובת נתניהו כעל עדים עוינים, לסירובם לשמוע על האיומים כלפי הדס קליין, ולגישתם המקלה כלפי פרקליטי ראש הממשלה. רגע לפני שישראל הופכת לסיציליה, הגיע הזמן שהפרקליטות תשקול ברצינות להביע עמדה פומבית נגד אופן ניהול התיק. אם לא תעשה כן בזמן אמת, הפרקליטות עלולה לתת הכשר להליך שתוצאתו הולכת והופכת לידועה מראש".