על רקע ההאשמות מכיוון מוסקבה, ראש הממשלה יאיר לפיד ונשיא המדינה יצחק הרצוג ממשיכים לפעול ביחד כדי לפתור את המשבר מול רוסיה, שעלולה לסגור בקרוב את פעילות הסוכנות היהודית בה. השניים הכינו תוכנית עבודה לניהול המשבר בדיסקרטיות, כשהרצוג הופקד על ניהול המגעים מול נשיא רוסיה ולדימיר פוטין - וגייס לעניין גם גורם בינלאומי עם קשרים לקרמלין. בינתיים, בישראל חוששים שאחרי סגירת הסוכנות היהודית, רוסיה תפגע בעלייה היהודית לארץ.
בין לפיד להרצוג יש תיאום מלא ויחסי כבוד והערכה עמוקים. למעשה, זו לא הפעם הראשונה שלפיד נעזר בכישורים הדיפלומטיים של הרצוג כדי לפתור משברים: הדבר בא לידי ביטוי גם במגעים לשחרורם של בני הזוג אוקנין שנעצרו בטורקיה; במגעים לסולחה בין ישראל לטורקיה, שבשיאם הרצוג ביקר באנקרה ונועד עם הנשיא רג'יפ טאיפ ארדואן; וגם בפתרון המשבר עם פולין, שבשיאו הורה לפיד על הורדת דרג היחסים.
לפיד והרצוג סיכמו גם על דרכי פעולה וגם על "לקחת כמה ימי שקט ולפעול באופן מסודר". גורם ישראלי לא שלל אפשרות שהרצוג ישוחח עם פוטין בהמשך, אך העריך שהדבר לא יקרה לפני הדיון על פעילות הסוכנות היהודית ברוסיה בבית המשפט במוסקבה ביום חמישי. ברוסיה, נזכיר, טוענים שמדובר בסוגיה משפטית שאינה קשורה ליחסים עם ישראל. רק היום חזר על הטענה הזו גם דובר הקרמלין, דמיטרי פסקוב, והוסיף כי "למוסקבה יש שאלות משפטיות הנוגעות לסוכנות היהודית הדורשות הכרעה. אין צורך לעשות פוליטיזציה של המצב. כל הארגונים ברוסיה חייבים לציית לחוקי המדינה".
לפיד ענה על כך לפסקוב: "יחסי ישראל-רוסיה נשענים על מורשת, קשר רציף ואינטרסים הדדיים. מקומה של הקהילה היהודית ביחסים אלה הוא מרכזי. אם אכן קיימות סוגיות משפטיות, שעולות ביחס לפעילותה החשובה של הסוכנות היהודית ברוסיה, ישראל, כתמיד, מוכנה ומזומנה לקיים על כך דיאלוג תוך שמירה על היחסים החשובים בין המדינות".
הרצוג אמר הבוקר בהקשר זה כי "באופן טבעי, הנושא שמעסיק אותנו בימים האחרונים - פעילות הסוכנות היהודית ברוסיה - הוא נושא שבאמת קרוב לליבי. אני נוקט בשני כלים - אחד, יש דברים שהשתיקה יפה להם. אני חושב שככל שנדבר פחות כן ייטב, וזה יאפשר טיפול נכון בכל הסוגיה. שניים, אני עובד בשיתוף פעולה מלא עם ראש הממשלה לפיד, באמון מלא. אנחנו פועלים למען מדינת ישראל ולמען העם היהודי. אנחנו משתפים פעולה, ואיפה שאני אוכל לסייע אני אסייע".
לדברי הנשיא, "רוסיה היא מדינה חשובה במרחב כולו ובכלל, ויכולים להיות תרחישים שונים ועשרה נימוקים שונים ללמה ואיך האירוע התפתח. אני מעדיף לא ללכת לניתוחים. לעתים אנחנו רואים דברים שלא תמיד מבינים אותם, ודברים שרואים מכאן לא רואים משם. בואו ניתן לתהליכים להתבצע. ככל שנדבר פחות ונעשה יותר כך ייטב".
גורם ישראלי בכיר אמר היום כי "האירוע יצא מפרופורציות, הרוסים לא תופסים אותו בצורה שבה מתייחסים אליו אצלנו". הבכיר הוסיף שבדרך כלל לוקח זמן רב לסגור דברים עם רוסיה. "זה לא יהיה מחר בבוקר", אמר.
בינתיים, נראה שבישראל נערכים לתרחיש שביום חמישי הקרוב בית המשפט הרוסי יורה על סגירת משרדי הסוכנות היהודית במדינה. עם זאת, בממשלת ישראל ובסוכנות היהודית נערכים להמשיך ולאפשר עליית יהודים גם ללא פעילות הסוכנות.
המאמצים במגעים בין רוסיה לישראל הם לא רק כדי להוריד את גובה הלהבות, אלא גם להבטיח שאם משרדי הסוכנות ייסגרו לא תהיה עוד הסלמה במשבר. החשש הוא כאמור שהרוסים ינקטו צעדים נוספים שעלולים לפגוע בעלייה היהודית, כמו פגיעה בפעילות לשכת הקשר נתיב שאנשיה אחראים על אישור יהדות למועמדי עלייה לארץ. בישראל מעריכים שכפועל יוצא מהנמכת גובה הלהבות, רוסיה תאשר סוף-סוף למשלחת המשפטית הישראלית לצאת למוסקבה, אחרי כמה ימים של עיכובים שבהם לא קיבלה ויזה לרוסיה.