הפרקליטה הצבאית הראשית, האלופה יפעת תומר ירושלמי, הנחתה את מנגנון התחקור המטכ״לי לתחקר את התקיפה ברפיח. כך נמסר מדובר צה"ל, שהדגיש כי התקיפה, שכוונה נגד בכירי חמאס, "התבצעה על בסיס מידע מודיעיני מקדים על הימצאותם של המחבלים במקום. טרם התקיפה ננקטו צעדים רבים על מנת לצמצם את הסיכוי לפגיעה בבלתי מעורבים". עוד הודגש כי "התקיפה לא בוצעה במרחב ההומניטרי באל מוואסי, שאליו צה"ל קרא לאוכלוסייה להתפנות. האירוע מתוחקר על-ידי מנגנון התחקור המטכ״לי, גוף עצמאי שאחראי על בחינת אירועים חריגים בלחימה. המנגנון מתחקר את הנסיבות למותם של אזרחים במרחב התקיפה. צה״ל מצר על כל פגיעה בבלתי מעורבים במסגרת הלחימה".