היא הרשיעה לוחמת מג"ב שתקפה ערבייה, ומנגד זיכתה רבנים שקראו לחיילים לסרב פקודה. בשל סירובו של שר המשפטים יריב לוין לקדם את השופטת ג'ויה סקפה-שפירא לא מונו היום (ג') שופטים לבית המשפט המחוזי בבירה. בעבר נמתחה על השופטת ביקורת כי היא מקלה בעבירות של הסתה.
השופטת סקפה-שפירא למדה בגימנסיה העברית ע"ש יצחק בן-צבי בירושלים. לאחר ששירתה בצה"ל, היא למדה משפטים באוניברסיטה העברית וסיימה את התואר הראשון בהצטיינות. בהמשך סיימה לימודי תואר שני.
היא התמחתה בפרקליטות מחוז ירושלים וב-2001 הוסמכה כעורכת דין. בין 2001 ל-2007 היא שימשה כסגנית לפרקליט מחוז ירושלים, מ-2007 ל-2014 היא כיהנה כסגנית בכירה לפרקליט המדינה. ביוני 2014 מונתה סקפה-שפירא לשופטת בבית המשפט השלום בירושלים.
בין היתר היא הייתה שופטת מעצרים, שאליה מובאים חשודים שאותם המשטרה מבקשת להאריך את מעצרם. ביוני 2015 היא שיחררה בתום דיון שנמשך כ-90 שניות שני פעילי ימין, שאותם המשטרה ביקשה להרחיק מהר הבית. בתיקו של אחד מהם נמצאו שלטים בגנות מדיניות המשטרה. אגב, את שני פעילי הימין ייצג אז עו"ד איתמר בן גביר, היום השר לביטחון לאומי.
בתקופה הזו היא גם דנה מספר פעמים בבקשת המשטרה להאריך את מעצרו של עורך הדין רונאל פישר ורב פקד בדימוס ערן מלכה, בפרשת השחיתות.
ב-2017 היא זיכתה את הרב שלום דב וולפא ואת הרב שבתאי ויינטראוב, שהואשמו בעידוד חיילים לסרב פקודה בפינוי ההתנחלות חומש בשומרון. השופטת ציינה בהכרעת הדין כי "לא הוכחה הסתברות ברמה הנדרשת להתממשות התוצאה של אי-ציות חיילים". היא הדגישה כי "מבחנה של הדמוקרטיה היא בתחולתו של חופש הביטוי גם על ביטויים מרגיזים ואפילו פוגעים, דוגמת קריאה שכזו".
בפברואר 2022 היא זיכתה את מפקד משטרת לב-הבירה דאז, ניצב משנה שמעון (שימי) מרציאנו מתקיפת ילד בן 12 ונער בן 14 בהפגנת חרדים בשכונת מאה שערים בירושלים. באישום נטען כי קצין המשטרה תועד תופס את הילד, אוחז בו בחוזקה ודחוף אותו בחוזקה לעבר קיר אבן סמוך. בהמשך, בעוד הילד יושב על הקרקע וצועק "לא עשיתי כלום", סטר לו קצין המשטרה בפניו. לאחר מכן הבחין מפקד התחנה בנער, שתיעד בטלפון את הובלתו הילד על ידי שוטר אחר. הוא הדף את הנער והפיל אותו ארצה לעבר שיחים במקום.
השופטת סקפה-שפירא כתבה אז בהכרעת הדין: "מעשיו של הנאשם באירוע בוצעו בתנאי שטח קשים, כשהוא נאלץ להתמודד עם מאות מפגינים שהשליכו אבנים וחפצים וקראו קריאות נאצה קשות".
באוגוסט 2022 היא גזרה 39 חודשי מאסר בפועל על הפסיכולוג לשעבר, יובל כרמי. כרמי הורשע בשני אישומים שונים של עבירות יחסי מין ומעשים מגונים בין מטפל נפשי למטופל, שביצע בשתי מטופלותיו. השופטת סקפה-שפירא הזכירה בגזר הדין גם את הנזק שעשה כרמי לקהילת הפסיכולוגים. "במעשיו גרם הנאשם גם נזק עקיף לכל העוסקים בפסיכולוגיה, מקצוע שמטבע הדברים מבוסס על רמה גבוהה של אמון בין מטפל למטופל", היא כתבה.
המשפט שקיבל כותרות
אבל מבין אלו המשפט שקיבל הרבה כותרות היה של אוריאן בן כליפא, לוחמת מג"ב שהורשעה בתקיפת ערבייה בירושלים ונידונה על ידי השופטת סקפה-שפירא ל-8 חודשי מאסר על תנאי.
השופטת קבעה בהכרעת הדין במאי 2023 כי "מתוך הראיות עולה שהשימוש בכוח של הנאשמת נעשה בחוסר סמכות". בן גביר, שכבר כיהן כשר, הגיב להכרעת הדין ואמר: "תמוה ששופטת שזיכתה קצין במשטרה שהכה נער חרדי באגרופים, לא לקחה בחשבון את העובדה שהלוחמת גם היא לא פעלה 'בתנאי מעבדה".
בגזר הדין הוסיפה השופטת כי "לא ניתן להתעלם כי האלימות נמשכה ללא צורך או סמכות גם לאחר שהתנגדותה של הנפגעת נוטרלה". בנוסף, גזרה על בן כליפא קנס בסך 4,000 שקלים, ותשלום של 2,000 שקלים נוספים כפיצוי לנפגעת העבירה. "10 אגורות אני לא משלמת", אמרה בן כליפא.