על רקע הדיווחים כי התקבלו בצה"ל ובשב"כ אותות על תזוזת כוחות חמאס, שעות לפני פרוץ המתקפה בשבת בבוקר, לשכת ראש הממשלה פרסמה הערב (חמישי) פעם נוספת כי ראש הממשלה בנימין נתניהו לא ידע על כך מראש. "נתניהו עודכן רק בשעה 06:29, עם פרוץ הקרבות, ולא לפני כן", נמסר בהודעת לשכתו. "הוא מיד יצא לקריה, קיים הערכת מצב וכינס את הקבינט. ראש הממשלה הגיע לקריה ב-7:30 בשבת".
בלילה שבין שישי לשבת נערך דיון טלפוני בהשתתפות הרמטכ"ל, רב-אלוף הרצי הלוי, ואלופים נוספים, כפי שפורסם בחדשות 12. ל-ynet נודע כי גם בשב"כ הבינו שמשהו קורה, וראש השירות, רונן בר, הגיע למטה הארגון בלילה, ונשאר שם עד לפרוץ המתקפה. ההתייעצויות שהתקיימו בין חצות ל-5:00 בבוקר מלמדות שהתגובה הייתה רצינית. שב"כ גם הקפיץ צוות מיוחד לאזור לעזה לפנות בוקר.
עם זאת, בשני הארגונים מודים כי לא חשבו שמדובר בפעולה רחבה של חמאס אלא באיתות חלש, שדיבר על אפשרות של ירי רקטי או חדירה מוגבלת מאוד. לבסוף חשדו שמדובר באפשרות של חטיפה, אך בוודאי לא בסדר הגודל הזוועתי שהוביל לאסון.
"בשום פנים ואופן לא הייתה כאן 'התרעה למלחמה', אומר בכיר במערכת הביטחון. "אי אפשר היה להסיק מזה שמדובר באירוע גדול כפי שהתרחש". מלבד הרמטכ"ל וכמה אלופים, ראש השב"כ וראש המרחב, גם המזכיר הצבאי של ראש הממשלה, אלוף אבי גיל, עודכן בפרטים, אך רק סביב 6 בבוקר, רגע לפני תחילת המתקפה.