בני המשפחה מאפרת, ששתיים מבנותיה נרצחו בצהריים (שישי) בפיגוע הירי בצומת חמרה בבקעת הירדן, היו בדרכם לטיול משפחתי בשתי מכוניות. ברכב אחד נסעו אם המשפחה שנפצעה אנושות בפיגוע יחד עם שתי הבנות שנרצחו, וברכב אחר, שנסע לפניהן, נסע אב המשפחה עם שני ילדים נוספים. על הפיגוע שמע האב בדיווחים בתקשורת - ואז הוא ביצע פניית פרסה וחזר לזירה, שם פגש אנשי ביטחון שבישרו לו את הבשורה הקשה.
אם המשפחה בת ה-48 פונתה במסוק לבית החולים הדסה עין כרם בירושלים, שם הוגדר מצבה קשה מאוד ולא יציב. פרופ' אלון פיקרסקי, מנהל האגף הכירורגי בהדסה, סיפר כי "ליחידת הטראומה בהדסה עין כרם הגיעה פצועה כבת 48. היא במצב אנוש. היא לא יציבה כרגע. אנחנו עושים לה החייאה של נוזלים ומנסים לייצב את מצבה וננסה לקחת אותה ל-CT כדי לראות מה הנזק מהפגיעות ונעדכן בהמשך. כרגע כן נשקפת סכנה לחייה". גם הפרופ' אבי ריבקינד הוזעק לטפל בה כחלק מצוות רב תחומי.
עם הגעתו לזירת הפיגוע, האב לא האמין שמדובר ברעייתו ובנותיו. אנשי הביטחון הציגו לו תעודות זהות שהיו ברכב, ואז הוא התפרק בבכי. הוא החליט לנסוע לבית החולים עם ילדיו, כדי להיות לצד רעייתו שנאבקת על חייה.
שר הביטחון יואב גלנט קיים בצהריים הערכת מצב מיוחדת בעקבות פיגוע הירי בצומת חמרה. גלנט קיבל סקירה ראשונית על החקירה ועל המצוד המתקיים אחר המחבלים. מלשכתו של שר הביטחון נמסר כי הוא "הנחה את הכוחות להקצות את כל המשאבים הנדרשים ליירוט המחבלים, ולתגבור האבטחה על הצירים והיישובים ביהודה ושומרון ובכל רחבי ישראל".
תחקיר ראשוני של הפיגוע העלה כי המחבלים, שנסעו ברכב עם לוחית זיהוי צהובה - לפי החשד מזויפת - ביצעו וידוא הריגה לפני שנמלטו מזירת הפיגוע - אחרי שירו מרכב חולף לעבר רכב בנות המשפחה. מצלמות תיעדו את חלקו האחרון של הפיגוע, בו נראה רכב המחבלים עוצר, אחד מהם יוצא מהחלון, יורה - והם נמלטים.
מהתחקיר עלה כי המחבלים נסעו תחילה בנתיב הנגדי לזה שבו נסעו השלוש. מרכב המחבלים נפתחה אש לעבר רכב בנות המשפחה, שניסו להימלט. לאחר מכן הם ביצעו פניית פרסה ורדפו אחריהן, עד שרכב בנות המשפחה הידרדר לשול כתוצאה מפגיעה ברכב פלסטיני. בשלב הזה, כשרכב הבנות בשול הדרך, הוציא אחד המחבלים את פלג גופו העליון מהרכב דרך החלון, ירה לעבר רכב הנשים כדי לוודא הריגה - ואז נמלטו המחבלים. בזירה אותרו 22 תרמילי קלצ'ניקוב.
הפיגוע התרחש באזור צומת חמרה, בכביש 57 בבקעת הירדן. על הרכב שבו נסעו השלוש אותרו סימני ירי. צוותי מד"א קבעו את מותן של שתי הבנות בזירה. כוחות צה"ל פתחו בסריקות אחרי שהפלסטינים דיווחו כי שני מחבלים נמלטו מהמקום.
אלוף פיקוד המרכז, יהודה פוקס, אמר בזירת הפיגוע: "אני רוצה להשתתף בצער המשפחה. צריך לומר, אנחנו בעיצומו של גל טרור. היו לנו כמה אירועים ביהודה ושומרון ובזירות שונות שהתחילו בהר הבית. כפי שידענו לתפוס בעבר מחבלים, אנחנו במרדף. נבוא איתם חשבון. כמו בשאר גזרת המדינה, ביהודה ושומרון אנחנו נמצאים בתגבור רב וכרגע בעוד תגבור כדי להגן על הצירים ועל היישובים. לא הצלחנו למנוע את הפיגוע הזה ונעשה הכול כדי למנוע את הפיגועים הבאים".
אחרי הפיגוע הוצתה חממה של פלסטינים סמוך למקום הפיגוע ורכב נראה נמלט מהמקום. לפי החשד, מדובר בפשע שנאה - וכוחות משטרה וכבאות הגיעו למקום. עשן היתמר מעל החממה שהוצתה.
שגריר ארה"ב בישראל, תום ניידס, אמר אחרי הפיגוע: "אני נחרד לראות את מתקפת הטרור הקטלנית היום בגדה המערבית, שם נפצעה אם באורח אנוש ושתי בנותיה נהרגו. מתפללים לשלום בעודנו ממשיכים לקיים את החגים". ראש מועצת שומרון יוסי דגן קרא "להחיל ריבונות היום על הבקעה", ואמר כי "זו תשובה ציונית. ממשלות מפא"י הקימו יישובים וקיבוצים אחרי פיגועים, וכך חייבת לעשות ממשלת הימין. רק כך ננצח".