האחריות האישית שהטילה ועדת החקירה הממלכתית לאסון מירון בין היתר על מפכ"ל המשטרה רב-ניצב יעקב שבתאי הייתה אמורה להוביל להודעה מצידו על סיום תפקידו, אך בשל המלחמה היא מאפשרת לו להיתלות במועד ההחלטה על כך לממשלה. "הממצאים שפורטו היו מביאים אותנו להמליץ לסיים את תפקידו של רנ"צ יעקב שבתאי", ציינו חברי הוועדה בהתייחסם למפכ"ל. "ב-17 בינואר - בצוק העיתים על רקע המלחמה הוארכה כהונתו כמפכ"ל בחצי שנה. בהתחשב בנסיבות מיוחדות אלה אנו מותירים לממשלה לקבוע את המועד הנכון לסיום תפקידו".
שבתאי ציין בתגובה לממצאים הקשים נגדו כי הוא "נוטל על עצמו את האחריות המלאה", אולם נכון לעכשיו הוא בוחר להיצמד להחלטת הוועדה ולא מודיע באופן אישי על התפטרותו המיידית מהתפקיד. בעקבות המצב שאליו נקלע שבתאי ובחירתו להשאיר את גורל עתידו בידי הממשלה ובעיקר בידיו של השר הממונה איתמר בן גביר, עולות השאלות האם לנוכח מסקנות חד-משמעיות כאלה הוא יכול לשמש לשמש כשוטר מספר 1, ומה המסר שלו ל-32 אלף השוטרים.
מקורביו של שבתאי אמרו כי הוא לא יכול לקום וללכת רגע לפני תחילת הרמדאן, אחרי שהתקבלה החלטה לפתוח את הר הבית לערביי ישראל ללא מגבלות.
השר לביטחון לאומי בן גביר, שהאריך בינואר השנה את כהונתו של שבתאי בחצי שנה, שומר בינתיים על שתיקה ולא מתייחס לאחריות האישית שהטילה הוועדה שחקרה את נסיבות מותם של 45 גברים, נערים וילדים בהילולה במירון ב-2021 על כמה גורמים ובכללם המפכ"ל. הוועדה ציינה לטובה את מפקד המחוז הצפוני בעת האסון ניצב בדימוס שמעון לביא, קובעת כי התפטרותו מיד לאחר האירוע נעשתה "כמצופה ממפקד ועל פי ערכי הפיקוד של המשטרה", ורומזת לשבתאי מה היה עליו לעשות.
שבתאי סיים בתחילת 2024 שלו שנות כהונה וניסה להיאבק על המשך תפקידו לשנה רביעית. לבסוף, בשל הלחימה בעזה הוארכה כאמור כהונתו בחצי שנה. מאז הצליח למעשה השר בן גביר לבצר את שליטתו המלאה בארגון, הוא הפך לדמות שמהלכת אימים על מי שלא מיישר איתו קו ומתגמלת את מי שנאמן לו ולא מגלה עצמאות מחשבתית יתרה.
כך למשל, כשהשר לביטחון לאומי זימן בהודעה לתקשורת את ראש אגף החקירות יגאל בן שלום לבירור כדי לבדוק אם הקצין הבכיר קשר יד עם היועצת המשפטית לממשלה ופרקליט המדינה לצורך הארכת כהונתו, המפכ"ל שבתאי לא צייץ ולא מנע את השפלתו הפומבית של הניצב.
"רנ"צ שבתאי אישר את תוכנית המבצע שגובשה במחוז צפון של המשטרה, וזאת על אף שידע שמתחם ההר, והמתחמים המשמשים בו להדלקות, אינם יכולים להכיל בבטחה את כמות המבקרים הצפויה במקום במהלך ההילולה, ותוך התעלמות מהסכנות הנלוות לכך", ציינו חברי ועדת החקירה הממלכתית לאסון מירון.
עוד ציון בנוגע למפכ"ל: "אף כשעלתה האפשרות להגביל את כמות הקהל באתר עקב מגפת הקורונה, דחה אותה רנ"צ שבתאי וקבע עמדה נחרצת, לפיה מתווה הכולל הגבלה של כמות המבקרים בזמן נתון הוא מסוכן יותר מאשר קיום ההילולה ללא הגבלה. עמדה זו נקבעה מבלי שנעשתה עבודת מטה מסודרת לבססה, ומבלי שנבחנו חלופות ודרכים פרטניות ליצירת הגבלה של כמות המשתתפים באירוע.
"רנ"צ שבתאי אישר את תוכנית המבצע כאמור, על אף שלא נתנה מענה ישים להתמודדות עם כמות הקהל והצפיפות המסוכנת שהיו צפויות בהילולה, ועל אף שלא כללה מנגנון יעיל לניהול הקהל או ויסות הקהל על סמך שיקולי בטיחות. המענים לסכנת הצפיפות שנכללו בתוכנית היו תגובתיים ולא מניעתיים, והתוכנית נסמכה באופן בלתי סביר על יכולת המפקדים בשטח לזהות מוקדי צפיפות מסוכנים באופן חזותי. זאת, בהסתמך על ניסיונם המבצעי בלבד, מבלי שהוכשרו לכך".
חברי הוועדה הוסיפו בנוגע לשבתאי כי "הכשלים המנויים לעיל היו מבין הגורמים שהובילו להצטברות קהל ברמת צפיפות קיצונית ומסוכנת במוקדים שונים בהילולה, ובכלל זה במהלך אירוע ההדלקה של חסידות תולדות אהרן, ולכך שהסכנה לא זוהתה מבעוד מועד ולא ניתן לה מענה.
"העובדה שההילולה הסתיימה בעבר ללא אבדות בנפש, אינה הופכת אותה לאירוע מוצלח. מעבר לכך, כפי שפירטנו, שבתאי ידע שהאירוע כרוך בסכנת חיים ממשית מדי שנה, ומידע זה כשלעצמו חייב אותו לבחון מחדש את ההנחות שביסוד תוכנית המבצע".
מטעמו של המפכ"ל שבתאי נמסר בתגובה לדוח: "רנ"צ שבתאי תמך מלכתחילה בהקמת ועדת חקירה ממלכתית, והוא מכבד את ממצאי עבודתה. דוח הוועדה מיטיב לשקף את עומק ועוצמת הכשל בהתנהלות ארוכת השנים של כלל רשויות המדינה בקשר עם הסדרת אתר מירון.
"לצד האמור, הדוח מצא ליקויים בעבודת המשטרה בהכנות לאירוע מירון 2021, ורנ"צ שבתאי, כפי שפעל תמיד בכל תפקידיו, נוטל על עצמו את האחריות המלאה. רנ"צ שבתאי ביקש לסיים את תפקידו כמפכ"ל בראשית השנה הנוכחית, אך הוא נענה לבקשת הממשלה להמשיך בתפקיד נוכח מצב המלחמה. רנ"צ שבתאי יסיים את תפקידו, לאחר 40 שנות שירות במדים, ברגע שהממשלה תחליט על כך".