בתיעוד ראשון ממצלמות האבטחה, נראה המחבל אחמד דואבשה, שרצח את הנער בנימין אחימאיר, רגעים לאחר שדקר למוות את רועה הצאן בן ה-14 סמוך לחוות מלאכי השלום בבנימין.
בתיעוד נראה המחבל כשהוא לובש מעיל ואוחז בסכין, משוטט בפתח החווה ואורב לקורבן נוסף, לאחר שרצח את אחימאיר. המחבל הולך לאורך מחסום הכניסה לחווה, ומציץ בכלי הרכב שנמצא במקום. לאחר מכן הוא נראה יוצא משטח החווה. התיעוד צולם כשלוש שעות לאחר הרצח. התיעוד, הוצג הבוקר (יום ה') בוועדת המשנה לענייני יהודה ושומרון בראשות ח"כ צבי סוכות, שבה נכח אביו של בנימין ז"ל.
אביו של אחימאיר דיבר בפתח הדיון, לצד נציגים מהמועצה האזורית בנימין, המשטרה, צה"ל, יכ"ל (יחידת הכלבנים) ומתנדבים שאיתרו את גופתו של בנימין ז"ל. ח"כ צבי סוכות אמר: "כינסתי את הדיון היום כדי להבין קודם כל את שורת המחדלים ולאחר מכן להפיק לקחים ולגבש נהלים מסודרים לאיתור נעדרים ביו"ש ובכלל. במהלך הדיון חשפנו תיעוד של המחבל לאחר הרצח, מסתובב לאיטו עם סכין שלופה ומחכה לקורבן הבא. אם היו מוציאים את הסרטון הזה בזמן אמת, היינו יכולים לקצר הרבה תהליכים".
סגן ראש המועצה האזורית בנימין, עמיחי רחמים, אמר בדיון: "ההתיישבות והצבא חד הם בשגרה ובחירום. יש חשיבות עליונה לשפר את אחיזת השטח על-ידי הקמת חמ"לי תצפיות על מנת למנוע את הרצח הבא. המחבל הארור שנראה בתמונה עם סכין בידו רצה לרצוח כמה שיותר יהודים. הוא ניזון מסביבה תומכת. מערכת הביטחון חייבת להעביר מסר במעשים בשטח שיגרום למי שחושב לעשות פיגועים כאלה להתחרט מיד".
אחימאיר, נזכיר, הוכרז כנעדר ביום שישי ב-12 באפריל, לאחר שהעדר שהנהיג חזר בלעדיו לחווה הסמוכה למלאכי השלום. מיד לאחר שנודע כי הנער נעדר, הוקפצו למקום כוחות רבים של צה"ל, מג"ב ושב"כ, שהחלו בחקירת האירוע. החשש הגדול כבר מההתחלה היה כי מדובר באירוע על רקע לאומני. יחידות מיוחדות של צה"ל, בהן מרעול ו-636, החלו יחד עם מתנדבים רבים לסרוק את השטח.
גופת הנער, תושב ירושלים, אותרה באותה שבת בצהריים באזור המאחז מלאכי שלום - באמצעות רחפן שהעלו כוחות יחידת 636 לאוויר. גופת הנער אותרה כ-100 מטרים מהכניסה לחווה, כשלצידה אותרו חפציו האישיים וחפצים נוספים שנלקחו לחקירה - בהם נשק קר. במקביל, החלו התפרעויות אלימות בכפרים הפלסטיניים שנמצאים סביב החווה שבמהלכן נהרגו מספר פלסטינים והוצתו מספר בתים.
רה"מ נתניהו היה זה שהודיע כי אותרה גופתו של הנער, שנרצח בפיגוע. "כוחות צה"ל ושב"כ נמצאים במרדף נרחב אחר הרוצחים הבזויים וכל מי ששיתף עימם פעולה. אנחנו נגיע אל הרוצחים וסייעניהם כפי שאנחנו עושים עם כל מי שפוגע באזרחי מדינת ישראל", אמר נתניהו - שמחק את הודעתו החריגה שפורסמה בשבת, לאחר זמן קצר.
עוד אמר נתניהו: "צה"ל, שב"כ ומשטרת ישראל מחוז ש״י מבצעים פעילות מבצעית ומודיעינית עצימה בכל המרחב ובכפרים הפלסטיניים. אני קורא לכל אזרחי ישראל לאפשר לכוחות הביטחון לעשות את עבודתם באין מפריע, כדי שנוכל לבוא חשבון עם הרוצחים המתועבים וסייעניהם במהרה".
לפי החשד, אחימאיר, שעבד כרועה צאן במקום, נרצח אחרי שיצא מהחווה בשעות הבוקר - ולא שב למאחז, בזמן שהעדר שרעה כן חזר. בהודעה משותפת לצה"ל, שב"כ והמשטרה נכתב כי אחימאיר "נרצח בפיגוע טרור", וכי מתנהל מרדף אחר החשודים. בתום מצוד שנמשך 10 ימים, כוחות ימ"מ עצרו את המחבל אחמד דואבשה בן ה-21, שרצח את הנער סמוך לחוות מלאכי השלום. המחבל קשר את עצמו לפיגוע בחקירתו הראשונית.