לצד המתיחות מול הפלסטינים, מערכת הביטחון מתמקדת כעת בהפקת לקחים מההתנהלות המבצעית, כפי שנחשפה במהלך הפיגוע בתל אביב: בעיות פיקוד ושליטה במרחב, חוסר תיאום בין הכוחות של המשטרה לצבא ולשב"כ, והפעלה לקויה של היחידות המיוחדות בכלל תוך חשיפתם בפני הציבור ובכלי התקשורת.
במיוחד בלט חוסר התיאום בין הצבא למשטרה, בזירה שבאירוע כזה נמצאת באחריות המשטרה - מה שבא לידי ביטוי בין היתר בכך שצה"ל הקפיץ פלוגת הכשרות של חטיבת הנח"ל שהיתה כפופה למחוז תל אביב, כוח של יחידת שלדג שהיה בכוננות, צוותי התערבות מסיירת מטכ"ל ושייטת 13 וצוות משא ומתן מטכ"לי, כשלכל אלו התווספו קצינים בחופשה שהיו באזור והחליטו לסייע עם הנשק האישי, לצד אזרחים שעשו זאת.
הרמטכ"ל הורה על תחקיר של הפעלת הכוחות באירוע, והוא יחל היום באגף המבצעים - כי לא ייתכן שאזרחים מסתובבים בין השוטרים, וכל אחד לוקח אקדח ויורד לרחוב לרדוף אחרי מחבלים. ככה עלול להתחיל אירוע ירי דו צדדי, שבמזל לא התרחש בחמישי בלילה. הזירה חייבת להיות סטרילית, והדבר נכון גם ביחס לתקשורת - מפקדי היחידות צריכים לזכור שהם לא פועלים בעורף האויב, אלא בלב תל אביב, ולהתאים עצמם בהקשרי נהלי חשיפה וביטחון שדה.
המשטרה צריכה פרוטוקול חדש לניהול אירועי פח"ע בלב שטח אזרחי. יחידות מיוחדות נועדו לפעול בעורף האויב, ולא בעורף הישראלי - וניכר כי פרט לימ"מ, כל היחידות הללו סבלו מקושי באירוע כתוצאה מכך. זהו עוד סימן לכך שלישראל נדרש "משמר לאומי" שבנוי ומוכשר לבצע משימות צבאיות בעורף האזרחי, בשיתוף עם גופי החירום וההצלה. במצב כיום, אירועי קיצון מובילים לכך שהמשטרה נמתחת לכיוון הביטחוני והצבא למרחב האזרחי - וחייבים לטפל בכך לפני שחס וחלילה תפרוץ מלחמה גדולה, שתכלול אירועים דומים. הכתובת נמצאת כבר מזמן על הקיר.
בסיומו של סוף שבוע מתוח, אחרי הפיגוע בלב תל אביב בחמישי בלילה, ההחלטה במערכת הביטחון - בגיבוי הדרג המדיני - היא לפעול כדי לשמור על בידול בין הגזרות השונות. צריך לשמור על עזה שקטה, להרגיע את הגזרה בירושלים ומול ערביי ישראל, ולוודא שהמצב נשאר על כנו גם ביהודה ושומרון. ובמקביל, להפנות את כל המאמצים אל גזרת צפון השומרון וקו התפר, כדי לבודד אותה ולוודא שמה שמתרחש שם לא יזלוג לשאר אזורי החיכוך.
צה"ל ושב"כ ירכזו מאמץ באזור ג'נין, שממנו יצאו המחבל שביצע את הפיגוע בבני ברק (כפר יעבד) והמחבל שביצע את הפיגוע בתל אביב. לוחמי דובדבן, סיירת גולני ומסתערבי מג"ב נכנסו אתמול למחנה הפליטים בעיר, ויצאו מהאזור רק לאחר מספר שעות, בתום קרבות ירי בסמטאות עם חמושים פלסטינים ולאחר לכידתם של שני מבוקשים שנחשדו בתכנון שני פיגועים נוספים. בחילופי האש נהרג פלסטיני, אך איש מהלוחמים לא נפגע, והמטרה בראשונה הושגה: לייצר בקרב המחבלים תחושה שרודפים אחריהם. יחד עם זאת, משימת הפענוח של הפיגוע לא הושלמה.
חקירת האירוע מלמדת שלמרות שצה"ל עיבה את כוחותיו בקו התפר ב-7 גדודים נוספים - ובסוף השבוע בעוד שלוש פלוגות, עם חייל שמוצב בכל פתח עד שהגדר תשוקם - המחבל עדיין הצליח לחדור. כפי שחשפנו כבר ביום שישי ב-ynet, הוא עבר לאום אל פאחם, ומשם עלה על אוטובוס לתל אביב - שם ביצע את הפיגוע. לאחר הירי הוא נמלט למסגד הקרוב ביפו, ותכנן לשוב על עקבותיו. אלא שאז הוא ביצע טעות מסוימת, שלא ניתן לפרסם פרטים אודותיה, והיא הובילה את לוחמי היחידה המבצעית של השב"כ אל מקום מחבואו. הוא הרים ידיים, אבל שלף אקדח - וכך נורה ונהרג במקום. המצוד כעת הוא אחרי הסייען, שזהותו ידועה למערכת הביטחון.
הג'יהאד האיסלמי לקח אחריות על הפיגוע, אבל אין להסיק מכך על ההתארגנות מאחורי הפיגוע. צריך להבין שאנחנו נמצאים בעידן חדש, שבו מחבל לא מקבל הנחייה או אמצעים מארגוני הטרור, ולא נעזר בתשתית אמיתית כמו בעבר - אלא פועל מתוך השראה שמגיעה מהרשתות החברתיות, שמעודדות גם חיקויים ואף פיגועים ראוותניים יותר.
היום צפוי שר הביטחון בני גנץ להביא לאישור הממשלה תקציב של 360 מיליון שקלים לשדרוג בשנה הקרובה של קו התפר, וכמו כן בצבא דורשים תקציב של 2.5 מליארד שקלים לפרוייקט שיכלול גם שדרוג של המעברים. מדובר בסכום גבוה מאוד: יותר מפי שניים מהסכום הראשוני שנדרש, והוערך אז בכמיליארד שקלים לפי מפתח של 10 מיליון שקל לכל 100 קילומטר של גדר שצריך לשקם ולשדרג.
לצד זאת, הרמטכ"ל כוכבי הודה כי הפיגוע בתל אביב, שיצא מקו התפר, לא צריך היה לקרות. פרט ללקיחת האחריות ולתגבור הכוחות בשטח בשלוש פלוגות, הוחלט אמש גם על שורת צעדים נגד תושבי צפון השומרון - ובכלל זאת, כפי שהודיע אמש מתאם הפעולות בשטחים אלוף רסאן עליאן, עצירה מוחלטת של כניסת ערביי ישראל לג'נין. בנוסף, בוחנים במערכת הביטחון אפשרות של הגדלת כמות היתרי הכניסה לשטח ישראל שיוענקו לפלסטינים, וזאת על מנת להקטין את המוטיבציה לחדור דרך הפרצות. עם זאת, גם במערכת הביטחון יודעים שעדיין יהיו פלסטינים שיוותרו על ההיתרים משום שיעדיפו לעבור את הגבול ליד מקום מגוריהם, ולא לנסוע למעברים ולהמתין זמן רב.