במהלך הלילה צה"ל תקף כמה מחבלי חמאס, שפעלו מתוך מתחם פיקוד ושליטה שהוסווה במרחב ההומניטרי בחאן יונס. כך מסר דובר צה"ל, שציין כי בין היעדים המותקפים היה המחבל סאמר איסמעיל חדר אבו-דקה, ראש המערך האווירי של חמאס ברצועת עזה. כמו כן, הותקפו המחבלים אוסאמה טבאש, ראש מחלקת התצפיות והמטרות במטה המודיעין הצבאי של ארגון הטרור, והמחבל איימן מבחוח, בכיר נוסף בחמאס. מחבלים אלו היו מעורבים ישירות בטבח ב-7 באוקטובר. עוד נמסר כי לפי בדיקה ראשונית, המספרים שמפרסם משרד ההסברה העזתי, שנתפס משקר כמה פעמים, לא עולים בקנה אחד עם המידע הקיים בצבא.