אחד האתגרים הכי גדולים של צה"ל במהלך התמרון ברצועת עזה הוא מניעת אירועי "ירי דו-צדדי", או במילים פשוטות: למנוע פגיעה בחיילי צה"ל מאש כוחותינו.
בלחימה בתוך הרצועה יש אלפים רבים של לוחמים בכל רגע נתון, שנעים באזורים צפופים מאוד. הסכנה גדלה בעיקר בשעות החשכה, אז קשה להבדיל בין חבר לאויב. צה"ל משקיע הרבה בהתמודדות עם האתגר, בין היתר באמצעות סימונים טכנולוגיים שנמצאים כמעט על כל חייל.
לפי נתוני אחת האוגדות שמתמרנות בעזה, חלק מהפגיעות הדו-צדדיות קורות בין כוחות שריון לחי"ר. לכן, החי"רניקים נדרשים כיום להודיע על מיקומם בכל התקדמות, ובעיקר בכניסה למבנים. כל מפקד כוח בעזה משתמש בתוכנת "משואה", שממפה על גבי מסך את מיקום הכוחות והאויבים בגזרה. יש גם לקחים נלמדים: כך, למשל, מפקדי טנקים קיבלו הוראה לא למהר ולהגיב בכל פעם שנפתח על הטנק ירי מנשק קל, אלא לעלות בקשר מול הכוחות הצמודים, לברר את מיקומם המדויק, ורק אז לירות.
במהלך הלחימה היו כמה נפילות מהאוויר של חימושים קלים - פצצות תאורה, נורים וכדומה - על כלים משוריינים. חיילים לא נפגעו מהן כי היו בתוך טנקים או נגמ"שים. החשש הגדול הוא מפגיעה של טיל שישוגר מהאוויר במטרה לסייע לחיילי היבשה, ויחטיא את מטרתו, מה שלא קרה למרבה השמחה.
היקף התקריות שבהן היו פגיעות מירי כוחותינו מאז תחילת הקרבות עדיין לא ברור לגמרי, גם מכיוון שתחקירים מפורטים טרם נערכו, אך נראה שרובן התרחשו בשבוע הראשון ללחימה - בעיקר בשטחי העוטף, שם נוהלו קרבות בלימה ומרדפים מול מאות מחבלי חמאס שפלשו לישראל כשהם לבושים במדי צה"ל. גם ברצועה היו כמה נפגעים מירי דו-צדדי, אולם בצה"ל מסבירים כי בהשוואה למבצעים כמו עופרת יצוקה, כמות הנפגעים מסיבה זו אינה גדולה.