עוד לפני פרסום ממצאי תחקיר העומק הצבאי על מותה של העיתונאית שירין אבו עאקלה, ישראל עדכנה את האמריקנים בממצאים, לפיהם - בניגוד לקביעה הראשונית ובדומה לתחקירים העיתונאיים שנערכו ברשתות הבינלאומיות - קיימת סבירות גבוהה שנהרגה מאש הלוחמים הישראליים.
הריגתה של אבו עאקלה, שהחזיקה גם באזרחות אמריקנית, לא ירדה מסדר היום גם בחלוף ארבעה חודשים ממותה - וכעת נראה שהסוגיה תצוף מחדש ותלווה את ישראל גם בעתיד, כפי שמעריכים בירושלים.
האמריקנים לחצו על ישראל בדרגים הבכירים ביותר לסיים עם התחקיר. מזכיר המדינה אנתוני בלינקן העלה זאת בשיחותיו עם ראש הממשלה יאיר לפיד ושר הביטחון בני גנץ. בישראל קיוו שפרסום התחקיר יביא סוף לפרשה - אך לא בטוח בכלל שזה מה שיקרה.
ניתן להעריך שהאמריקנים ילחצו כעת לשלם פיצויים למשפחתה של העיתונאית - אך בצד הישראלי אומרים שהנושא לא עלה בשום שלב - וכי בכל מקרה זה לא על הפרק, כיוון שגם אם נורתה למוות מאש צה"ל, הדבר לא היה מכוון ו"לכל היותר" היא נורתה בשוגג. עם זאת, בישראל מבינים שגם על טעויות צריך לשלם, וגם אם לא תקבל אחריות על הריגתה - תשלום הפיצויים יוכל לרכך את הכעס האמריקני.
למרות התחקירים העיתונאיים שפורסמו, ישראל תקפה בחריפות את הפרסומים בכלי התקשורת הזרים ומצד ארגוני זכויות אדם שהאשימו את ישראל במות העיתונאית. מותה של אבו עאקלה - והטענות הישראליות שהוצגו - פגעו קשות באמינותה של ההסברה הישראלית שזגזגה וניסתה לרמוז בהתחלה שמדובר בחמושים פלסטינים שירו בה, אחר כך אמרה שלא ניתן לקבוע מי הרג אותה עד שהפלסטינים לא יעבירו את הקליע לבדיקה פורנזית ויאפשרו נתיחה משותפת, והיום, כאמור, מודה שמותה נגרם בסבירות גבוהה על-ידי לוחם צה"ל.
כך או כך, התחקיר הצבאי לא הציג תשובה חד-משמעית לשאלה שריחפה עד כה, אך הגנרל מייק פנזל, המתאם הביטחוני בין ישראל לפלסטינים שחקר את הפרשה, הגיע למסקנה כי הירי מעמדות צה"ל הוא זה שככל הנראה אחראי למותה של העיתונאית.
המתאם האמריקני לא מצא סיבה להאמין שהירי היה מכוון, אלא העריך שמדובר בתוצאה של נסיבות טרגיות במהלך פעילות מבצעית נגד פעילי הג'יהאד האסלאמי אחרי שורה של פיגועי טרור בישראל. בישראל לא אהבו את הקביעה של הגנרל האמריקני, אך בסופו של דבר התחקיר הצבאי שפורסם היום לא שונה בהרבה מהערכתו המקורית.
בתחקיר שערכו בצה"ל שולבו גם גורמים מאמ"ן, שהצליבו את המידע מהתחקירים שפורסמו בתקשורת הזרה. בבדיקה נוספת שולבו פריטי מידע נוספים לצד שיתוף פעולה עם האמריקנים. לכך, בסופו של דבר, צורף גם הקליע שפגע באבו עאקלה אחרי התעקשות ארוכה מצד הפלסטינים לא למסור אותו. הפלסטינים העבירו את הקליע לידי האמריקנים, שקבעו אחרי בדיקה בליסטית כי לא ניתן להכריע בוודאות מי ירה את הקליע. בדוח האמריקני כן נקבע, בדומה לצה"ל היום, כי סביר להניח שהכדור נורה מצד הכוחות הישראליים.
"לאורך כל התחקיר ביקשנו מהפלסטינים לסייע לנו. אספנו את תמונת המצב כפי שהייתה בזמן אמת מהשטח, ולאחר מכן ניתחנו אותה", אמר גורם ביטחוני בכיר. "שרטטנו את כל קווי הירי שנורו לעברינו ושלוחמינו ירו מבלי לקבל כל סיוע מהפלסטינים, על מנת לבנות תמונת מצב טובה יותר", ציין.
מהתחקיר החדש של צה"ל עולה כי בפעילות שבה נהרגה אבו עאקלה נכנס הכוח מדובדבן עם חמישה ג'יפים צבאיים ממוגנים מדגם "דוד" ועם שלושה כלים ממוגנים נוספים מדגם "זאב". הלוחמים היו נתונים לאש, חלקה מדויקת, במשך יותר משעה – וספגו גם מטעני נפץ. הלוחמים, שהיו באחד הכלים הממוגנים, ספגו אש – והשיבו לעבר מקורות הירי. "האש נורתה כשהם ממתינים בתוך הדוד. הם השיבו אש למספר לא קטן של מקומות שבו זיהו חמושים יורים לעברם", הוסיף הגורם.
לדבריו, "בתחקיר זיהינו את המרחב שממנו בוצע הירי לעבר שירין אבו עאקלה. צריך לומר שבמרחב שממנו אנחנו מניחים שנורה הקליע יש גם לוחמי צה"ל וגם פלסטינים. הסבירות הגבוהה יותר היא שהאש נורתה על ידי לוחם צה"ל בשוגג, כשהיה תחת אש. ייתכן שבשוגג מירי שכזה נהרגה שירין, למרות ששוב, לא ניתן לקבוע בוודאות מי פגע בה".
לאחר סיום התחקיר, הועברו הממצאים לפרקליטה הצבאית הראשית אלופה יפעת תומר-ירושלמי. היא הגישה שאלות נוספות לצוות התחקור, ולבסוף הגיעה למסקנה שלא קיים חשד לביצוע עבירה פלילית, ולכן החליטה שלא לפתוח בחקירת מצ"ח.