הפרסומים ב-ynet וב"ידיעות אחרונות" על העמדות השונות של בכירי צה"ל והמוסד בעניין הסכם הגרעין הובילו לפרסום הודעה חריגה מטעמו של שר הביטחון בני גנץ.
"מערכת הביטחון עוסקת באיום האיראני לילה ויום כסוגיה האסטרטגית החשובה והדחופה ביותר כעת לביטחון ישראל", כתב הערב (ראשון) גנץ בטוויטר. "זה נעשה בתיאום בין כל זרועות הביטחון, ותוך מתן חופש דעה, כשאת ההחלטות מקבל הדרג המדיני. את השיח הפתוח והעמוק נמשיך לקיים רק בחדרים הסגורים. כל דרך אחרת פוגעת בביטחון מדינת ישראל".
הודעת גנץ נמסרה יממה לאחר ההודעה על חידוש השיחות לקראת חזרה להסכם גרעין בין איראן למעצמות. גנץ התייחס בהודעתו לחילוקי הדעות בין הרמטכ"ל והמוסד לבין אגף המודיעין, בנוגע לעמדה שישראל צריכה לגבש לקראת המשא ומתן הצפוי בין איראן למעצמות לגבי חזרה להסכם הגרעין.
בצמרת אגף המודיעין מאמינים שמוטב לתמוך בהסכם גרוע כדי שיאפשר להרוויח זמן ולהכין אפשרויות תקיפה אמינות לאיראן מאשר לא לעגן הסכם בכלל. באמ"ן מעריכים שגם גנץ עצמו מבין שזו האפשרות הפחות גרועה עבור ישראל.
מנגד, במוסד מתנגדים לחזרה להסכם וסבורים שחשיפת עמדותיהם של בכירי אמ"ן נועדו כדי להשפיע על שר החוץ יאיר לפיד, הצפוי להיכנס בקרוב ללשכת ראש הממשלה, כדי שיתחיל לתמוך בהסכם. אולם, באמ"ן אמרו כי תמיכה בהסכם היא עמדת האגף מאז כניסתו לתפקיד של ראש אמ"ן, אלוף אהרון חליוה.
חילוקי הדעות התגברו עם הפרסום ב-ynet ו"ידיעות אחרונות" על התרחבות ההסכמה בדבר התמיכה בהסכם הגרעין בקרב בכירי אמ"ן. מדובר בראש אמ"ן אלוף חליוה, ראש חטיבת המחקר תא"ל עמית סער, ראש החטיבה האסטרטגית תא"ל אורן סתר וראש אגף איראן אלוף טל קלמן - שלאחרונה שינה את עמדתו.
במוסד טענו כי ההסכם הוא גרוע לישראל, ולכל היותר "יקנה" שנתיים וחצי של שקט שבהם איראן לא תתקדם בתוכניותיה - אך גם צה"ל לא יספיק לבנות תוכנית התקפית באותה התקופה.
לפי המוסד, גם לאחר הסרת הסנקציות הכלכליות על איראן היא תזרים עוד יותר כסף לטרור ותמשיך להתבסס ברחבי המזרח התיכון נגד ישראל. כמו כן, במוסד סבורים כי ב-2025, לאחר הסרת ההגבלות, טהרן תאיץ את התוכניות ללא פיקוח המעצמות ותוכל להעשיר אורניום לרמה שהיא רוצה ללא בקרה. כמו כן, במוסד מעריכים כי העמדה של אמ"ן אולי תרוויח זמן לעתיד הקרוב בתור טקטיקה, אך תפסיד לטווח הארוך.
ובזמן שאמ"ן והמוסד נאבקים על עמדתו של ראש הממשלה הנכנס לפיד, הרמטכ"ל אביב כוכבי מתנגד להסכם במתכונתו הנוכחית ועמדתו קרובה יותר לזו של ראש המוסד דדי ברנע.