יותר מ-24 שעות אחרי שיצא מאזור המאחז "מלאכי שלום" כדי לרעות צאן, באזור בנימין נמשכו גם הבוקר (שבת) החיפושים אחרי הנער בנימין אחימאיר, תושב ירושלים - שלא חזר למאחז. כשברקע חשש אפשרי - אך ללא אינדיקציה ממשית - לחטיפה או לאירוע ביטחוני אחר, הפלסטינים דיווחו הלילה (בין שישי לשבת) כי כמה עשרות מתנחלים נכנסו לכפר חירבת אבו פאלח שבאזור החיפושים, ירו לעבר פלסטינים והשחיתו רכוש.
סוכנות הידיעות הפלסטינית "וופא" דיווחה כי הסהר האדום טיפל בחמישה פצועים שנפגעו מאלימות, ושני פצועים הועברו לבתי חולים. המתנחלים, לפי הפלסטינים, ירו לעבר בתים ואזרחים - אך לא היו נפגעים מהירי. אחד הפצועים תועד מדמם מראשו. אמש דיווחו הפלסטינים גם על שריפה של מספר גדול של רכבים בכפר. לפי שעה לא דווח על עצורים, ולא נמסרה התייחסות מהמשטרה או מצה"ל.
העימותים הלילה הגיעו אחרי שגם אתמול, במהלך החיפושים, פרצו מהומות קשות בין מתנחלים לפלסטינים בכפר אל-מורייר. שלושה חיילים נפצעו קל מיידוי אבנים, בעוד שהפלסטינים דיווחו על הרוג אחד בקרבם בעימותים, ועל עוד 25 שנפצעו. סגן יו"ר מועצת הכפר אל-מורייר, מרזוק אבו נעים, טען כי המתנחלים שהגיעו למקום גם הציתו כ-40 כלי רכב ובתים. בהמשך הצליחו כוחות צה"ל להשיג שליטה והמהומות פסקו.
בחיפושים מעורבים כוחות גדולים בפיקודו של מח"ט בנימין אל"מ לירון ביטון, ביחד עם אנשי מג"ב. כחלק מהחיפושים הוטל כתר על כפרים פלסטיניים באזור. הם נמשכו גם לתוך הלילה - תוך סיוע מהאוויר ושימוש באמצעי הארה. גם שב"כ מעורב בחקירה, ובמערכת הביטחון הסבירו אתמול כי כל הכיוונים נבחנים - כולל חשש לחטיפה או אירוע ביטחוני אחר.
דובר צה"ל דניאל הגרי התייחס לחיפושים בהצהרה המיוחדת שנשא אמש בנוגע להיערכות לכוננות לתקיפה מאיראן, ואמר כי הצבא מתייחס לאירוע בחומרה רבה. גורם ביטחוני הבהיר כי אין אינדיקציה מודיעינית לאפשרות של חטיפה או אירוע ביטחוני, אך אמר: "כל האופציות בשלב זה פתוחות". כך או כך, ישנו חשש כבד לחייו של הנער.
המאחז "מלאכי שלום" הוא אחד מעשרות חוות חקלאיות שהוקמו בשנים האחרונות בשטחי C ביהודה ושומרון, כחלק מהמאבק על השטח - ולרוב הם מוקמים על אדמות מדינה. בחוות יש נערים שיוצאים לרעות עדרים במרחבים הסמוכים לכפרים וערים פלסטיניים. היציאה לשטח מייצרת לא מעט עימותים באזור.
רועי הצאן יוצאים עם העדר בשעות קבועות, לרוב רק עם פלאפון - ולבד. לא כולם חמושים (ההערכה היא שבנימין לא היה חמוש), וחוזרים אחרי שעות המרעה. לעתים נדירות קורה שהעדר חוזר ללא הרועה שלו - ולכן מדובר באירוע יחסית חריג. מלאכי שלום עצמו הוא מאחז בהליכי הסדר שנמצא באזור שילה, בין הכפרים אל-מורייר ודומא. מדובר באזור שבו מתרחשים שלל מאבקי קרקע בין פלסטינים ליהודים. באל-מורייר, שם התרחשו אתמול העימותים הקשים, כבר התרחשו בעבר עשרות אירועים דומים של עימותים עם מתנחלים.