רכבת ישראל הודיעה כי השיבושים יימשכו גם הלילה ומחר בשל "המחלה המסתורית" של הפקחים. בעקבות זאת, לא יופעל הלילה הקו בין ירושלים לנתב"ג ותל אביב סבידור, כפי שתוכנן.
עוד נמסר כי תנועת הרכבות בקו תסתיים בסביבות השעה שעה 23:30 והיסעים יופעלו במהלך הלילה בין התחנות. כמו כן, קו מודיעין-ירושלים יפעל מחר במתכונת של רכבת אחת בשעה לאורך כל היום.
משעות הבוקר מתמודדת רכבת ישראל עם גל שיבושים לאחר שפקחים רבים הודיעו באופן פתאומי כי הם חולים. ברכבת חששו מפני עצירת תנועת הרכבות מצפון לדרום בשל הבולען הגדול שנפער בנתיבי איילון, אך אלה נפתחו מחדש כבר לפנות בוקר, כעבור שעות נאלצה החברה להתמודד עם בעיה אחרת.
עם תחילת הפעלת לוח הזמנים החדש של הרכבת הבוקר, זינק מספר הפקחים שהודיעו על מחלה ל-16, לעומת בודדים ביום רגיל. בשל המחסור הפתאומי נאלצה הרכבת לדלל נסיעות בהמשך היום.
אמש והבוקר החלה הרכבת לפעול בלוח זמנים חדש, הכולל את הפעלת קו נתניה-רחובות כקו חשמלי, והחזרת הנסיעות עד חצות בימי שישי ובמוצאי השבת. עוד הוחלט להוסיף נסיעה שנייה בשעה בקו שבין מודיעין לירושלים.
הודעת הפקחים החולים הגיעה אחרי שהרכבת וועד העובדים דיווחו בשבוע שעבר לבית הדין לעבודה על התקדמות במו"מ להסכם עבודה חדש בחברה. גורמים ברכבת ישראל הדגישו הערב, כי ככל הנראה לוועד אין יד ורגל באירוע הנוכחי. לפי גורם ברכבת, הפקחים החולים הם חלק מקבוצה מצומצמת המפעילה את הקו החשמלי לירושלים. לדבריו, הסיבה לשיבושים היא שאין פקחים אחרים שיכולים לפקח על קו זה.
בוועד התעקשו גם הערב כי "לא ננקטים צעדים ארגוניים משום סוג שהוא".
