אחת הסיבות לעיכוב במשא ומתן המתמשך בין ארגוני המורים למשרד האוצר על הסכמי שכר ותנאים חדשים עבור המורים היא דרישת המשרד לכלול מנגנון שיאפשר לפטר מורים לא מוצלחים בפרק זמן סביר. לקראת ה-1 בספטמבר, מנהלים של בתי ספר ברחבי הארץ מביעים הסכמה עם משרד האוצר, וקוראים לכלול בכל הסכם שייחתם גם את הרחבת האוטונומיה שלהם בכל הנוגע לפיטורים.
מנהלי בתי ספר רבים ציינו בשיחות עם ynet כי אחד הגורמים לתסכול ולשחיקה נובע מהקושי לפטר מורים, דבר שמאלץ אותם לשלוח אותם ללמד בידיעה שהם מזיקים לתלמידים.
בתיה כץ, מנהלת בית ספר מתל אביב שהחליטה לפרוש לאחר 15 שנים בתחום, העידה כי פיטורי המורים היא אחת הסוגיות המורכבות ביותר שמקשות על מנהלים. "שינוי במבנה השכר של המורים הוא ללא ספק שינוי נדרש וצודק, אך ההסכמים המתהווים חייבים לכלול גם את הרחבת האוטונומיה של המנהלים, בין היתר עם הסמכות לתת קביעות למורים חדשים ולפטר ותיקים שלא עומדים בסטנדרטים - הן מהבחינה הערכית והן מהבחינה הפדגוגית.
"במצב הקיים הליך פיטורים אורך כשנתיים, וברוב המקרים המורה מצליח לשמור על עבודתו. כך, מנהלים רבים כלל לא מנסים לפטר מורים לא מוצלחים, והנזק שנגרם כתוצאה מכך הוא רב", סיפרה. כץ אמנם הודתה כי המורים הגרועים הם מיעוט, אך הבהירה: "הם קיימים בכל חדר מורים, ועלולים לגרום למורל ירוד בקרב צוות ההוראה ולפגוע במוטיבציה של התלמידים, עד כדי להשניא עליהם את המקצועות הלימוד ולגרום להם להסתפק בבינוניות".
עוד תיארה כי ארגוני המורים נוטים לגבות באופן אוטומטי מורים שחוקים שלא מוכנים לעשות מעבר למינימום האפשרי, כל עוד אין עילה של ממש לפיטוריהם. "המורים האלו מודעים לזכויותיהם ולעמדות הארגונים, וכך לא נבהלים ולא טורחים לשנות את התנהגותם. אלו המורים שעליהם מתלוננים התלמידים וההורים".
מנהלת נוספת ממרכז הארץ הדהדה את דבריה של כץ: "ארגוני המורים נעמדים על הרגליים האחוריות ומצליחים להשאיר את המורים הכושלים במערכת החינוך, לפעמים על ידי העברתם למוסד אחר ללא ידיעת הורי התלמיד המתלונן. המורים האלה ממשיכים ללמד את הילדים בלי רצון, רק בגלל סיבות כמו משכורת קבועה ושעות נוחות. אנחנו המנהלים עומדים בין הפטיש לסדן בלי יכולת לעשות דבר, וחוטאים בכך לתלמידים שנפגעים".
יו"ר התאגדות מנהלי בתי הספר העל-יסודיים, מנשה לוי, הסביר את תהליך הפיטורים, שאותו תיאר כ"מסורבל וכרוך בנוהל בירוקרטי ארוך". פיטורי מורים קבועים יכולים להתבצע על פי אחת משלוש סיבות. הראשונה היא פיטורים תקציביים או מנהליים, שנובעים מצמצום בבית הספר, למשל בעקבות ירידה במספר התלמידים או ביטול מקצוע. עילה נוספת לפיטורים היא הפרת משמעת חמורה מצד המורה, שהוכחה בבית דין משמעתי.
סיבה שלישית היא פיטורים פדגוגיים, שנובעים מאי-התאמה של המורה למערכת החינוך. הליך פיטורים זה הוא מסורבל וארוך, שכן הוא נמשך כשנתיים מרגע שהחל. בשנה הראשונה מתערבים בהליך שני מפקחים. אם השניים יקבעו בתום השנה שהמורה מועמד לפיטורים, הוא יקבל "אזהרת מנכ"ל". בשנה השנייה להליך, המורה ייבחן על ידי שלושה מפקחים, במקום שניים. בתום ההליך, המורה יפוטר רק על פי החלטה של מועצת המפקחים של המחוז, שתתבסס על דוחות שלושת המפקחים. במקרה זה שר החינוך או מנכ"ל משרד החינוך יישלחו למורה את מכתב הפיטורים.
גורם במשרד החינוך ציין כי התערבות ארגוני המורים בהליכי הפיטורים גורמות לבעיות, אך תיאר גם את חוסר הנכונות של ההנהלה בבתי הספר לפעול לפיטורי המורים: "הקושי נובע בעיקר מעמדה פטרנליסטית של ארגוני המורים, שעומדים לצד המורה כשתלמיד מתלונן נגדו. גם ההנהלה בבתי הספר נוטה להאמין דווקא למורים, עוד לפני התערבות הארגונים, שנכנסים לפעולה אם התלונה הגיעה לידי בירור משמעתי. ההתנהלות הזו מותירה את התלמידים חסרי ישע.
הארגונים אמנם טוענים שהם לא רוצים לראות מורים גרועים בבתי הספר, אך בפועל הם נלחמים עבור אותם מורים, מצמידים להם ייעוץ משפטי ומפעילים לחץ על מערכת החינוך. במקרים רבים משרד החינוך פשוט נכנע לדרישות הארגונים, באמצעות פתרון בעייתי שנועד 'להשתיק' את ההורים או את ההנהלה - כמו העברת המורה הכושל לבית ספר אחר".