כוחות הביטחון הרסו לפנות בוקר את ביתו של המחבל אסלאם פרוח, שביצע את פיגוע המטענים בירושלים שבו נרצחו אריה שצ'ופק בן ה-16 וטדסה טשומו בן ה-50. במהלך הפשיטה החריגה יחסית ברמאללה, שהחלה כבר בחצות, התפתחו עימותים בין הכוחות לפלסטינים שהשליכו לעברם אבנים והבעירו מדורות בכביש. לטענת הפלסטינים, במהלך הפעילות ירה צה"ל בצלם עיתונות בשם מואמן סמרין, שנפצע באורח קשה. בצה"ל אמרו מנגד שנפצע קל-בינוני, ושנפגע מכדור גומי ולא מירי חי.
בנוסף, הלילה נמסרה גם הודעה על הריסת בית המחבל מאהר שלון ממחנת עקבת ג'בר שליד יריחו. שלון ביצע את פיגוע הירי שבו נרצח אילן גנלס בצפון הבקעה. משפחתו של שלון יכולה עוד לערער על ההחלטה עד ל-12 ביוני.
אמו של המחבל אמרה לאחר ההריסה: "אנחנו בסדר, על האבנים אפשר לפצות, זה לא נורא. כמו כל העם הפלסטיני, זה לא יהיה הבית האחרון. אני מרוצה מהמעשים של בני".
מצה"ל נמסר כי "במהלך הפעילות ברמאללה התפתחו הפרות סדר אלימות שכללו אבנים, בקבוקי תבערה ומטענים. הכוחות הגיבו בירי חי למרחב הפרות הסדר, וזוהו פגיעות. מתחקור ראשוני מסתמן שצלם עיתונות פלסטיני שהיה במרחב הפרות הסדר האלימות וההמוניות נפגע, ככל הנראה מירי של כדור גומי. נסיבות המקרה בבדיקה. צה"ל עושה את מירב המאמצים על מנת לא לפגוע בבלתי מעורבים, ומקפיד הקפדה יתרה על חופש התנועה והעיתונות".
אגודת העיתונאים הפלסטינים גינתה את מה שכינתה "המשך הירי השיטתי והפשעים נגד עיתונאים פלסטינים על-ידי כוחות הכיבוש הישראלי". לטענת, סמרין "נפצע מכדור מתוכת שנורה על-ידי חיילי הכיבוש ופגע בראשו. הוא הועבר לבית החולים ברמאללה כשהוא פצוע". לטענת האגודה, "גם העיתונאי רביע מוניר נורה מכדור מתכת בבטנו והוא עדיין מטופל בבית החולים רמאללה, לאחר שכוחות הכיבוש תקפו את צוותי העיתונות בזמן שהם סיקרו את הסתערותם על רמאללה".
שלושת גופי הביטחון - שב"כ, צה"ל והמשטרה - פעלו יחד לפענוח הפיגוע, ומאות אנשים השתתפו בחקירה ובמרדף אחר המחבל אסלאם פרוח שביצע את הפיגוע ב-23 בנובמבר בשנה שעברה. המטען הראשון שהתפוצץ בעיר הביא למותם של אריה שצ'ופק בן ה-16 וטדסה טשומו. המטען השני שהתפוצץ כחצי שעה לאחר מכן פצע כמה אזרחים, מרביתם באורח קל.
החקירה החלה עוד באותו יום, ויומיים למחרת כוחות הביטחון הבינו שמדובר במחבל שהגיע לזירה עם אופנוע, הניח את המטענים ונמלט מהעיר. האופנוע אותר בנחל אוג, ולאחר סריקות באזור אותרו ממצאים ראשוניים שהובילו אל המחבל. בין היתר נמצאו שם בגדיו של המחבל וקסדה, ובסמוך אליה חמישה מטעני צינור נוספים במשקל של כ-5 ק"ג. הכוחות פעלו במקום תחת גשם שוטף, והפריטים הועברו למעבדות מתקדמות ביותר, אך המחבל לא נמצא.
האופנוע שאותר עבר גם הוא בדיקה, לאחר שהושחת על ידי המחבל, שטשטש את המספר שלו ואת סימניו המזהים. לאחר מאמצים מגלים החוקרים כי האופנוע בבעלות יהודי מדרום הארץ, שהתגלגל אחרי כמה "ידיים" לחנות בכפר עקב במזרח ירושלים. בשלב הזה כוחות הביטחון הגיעו לחשוד ספציפי, וכעבור מספר ימים - ב-29 בנובמבר נעצר החשוד על ידי הימ"מ במקום עבודתו שבמישור אדומים.