במסגרת המבצע הביטחוני החריג של המנגנונים הפלסטיניים נגד מחבלי "גדוד ג'נין", סוכלה הבוקר (שבת) מכונית תופת שיועדה להתפוצץ על אנשי שירותי הביטחון הפלסטיניים במחנה הפליטים בעיר. כך מסר דובר המנגנונים, אנואר רג'ב, שאמר כי "שירותי הביטחון הצליחו לסכל אסון במחנה". לדבריו, הרכב היה אמור להתפוצץ בין אזרחים ואנשי ביטחון, "כחלק ממעשה פלילי ופחדן המשקף גישה דאעשית זרה לערכים ולמוסר הפלסטינים".
רג'ב הוסיף כי דרך פעולה זו "סותרת את דרך המאבק הלאומי שלנו", וציין כי הסיכול הגיע במסגרת מבצע "הגנה על המולדת", שמטרתו לכפות ביטחון ושלטון החוק. לדבריו, לא מדובר בניסיון הראשון של "פורעי החוק הללו" לאמץ את הגישה הזו של דאעש, שכן הם פוצצו לפני כמה ימים מכונית תופת במרכז העיר ג'נין, מה שהוביל לפציעתם של כמה אזרחים ואנשי שירותי הביטחון. "מערכת הביטחון ממשיכה למלא את חובתה הלאומית להגן על הפלסטינים ולהבטיח את הביטחון והיציבות, והיא לא תקבל את מי שיפיץ כאוס ופשע ברחבי הגדה", אמר.
בתוך כך, מנגנוני הביטחון הפלסטיניים חיסלו בשעות הבוקר המוקדמות את יזיד ג'עאיסה, ממפקדי חטיבת ג'נין שהשתייך לג'יהאד האיסלאמי. ג'עאיסה היה אחד המבוקשים ברשות הפלסטינית ובישראל, ונחשב לאדם שהיה אחראי על הטרור במחנה ג'נין. חיסולו עורר זעם רב בקרב חלק מתושבי ג'נין, שקראו להתחיל בכאוס בעיר ובמחנה כנגד מדיניות הרשות. זמן קצר לאחר מכן התחדשו חילופי האש בין חמושים לכוחות מנגנוני הביטחון הפלסטיניים באזור.
ארגון הטרור חמאס קרא "לכל הפלגים והכוחות הלאומיים שלנו ולכל מרכיבי עמנו והמוסדות המשפטיים והחוקיים, לנקוט עמדה נחרצת נגד מה שהרשות הפלסטינית עושה, במיוחד בג'נין ובכל הגדה המערבית".
בתחילת השבוע התחילו כאמור המנגנונים הפלסטיניים, לראשונה זה כמה שנים, בפעילות מעצרים בתוך מחנה הפליטים ג'נין נגד מחבלי "גדוד ג'נין". מטרת המנגנונים, ששייכים לרשות הפלסטינית, היא לתפוס אחיזה מבצעית במחנה הפליטים שבו לא היו קרוב לעשור. המנגנונים פעלו גם במחנות הפליטים בטול-כרם ובשכם, שם הם נמנעו מפעילות בעבר בשל עימותים ישירים עם חמושים המזוהים עם חמאס והג'יהאד האיסלאמי.
במנגנונים מסרו אז כי מאמצים אלו שמבצעת מערכת הביטחון בג'נין ובמחנה נמשכים, ויתרחבו בהתאם. הם הדגישו כי "לא תהיה נסיגה מהטלת חוק וסדר, מעצר של כל פורעי החוק, ייבוש משאביהם וניתוק ערוצי תמיכה פיננסית חשודים. בנוסף, יינקטו צעדים משפטיים נגדם".
צעד חריג זה הכעיס את ארגוני הטרור הפועלים במרחב, ומפקד חטיבת ג'נין, המשתייך לחמאס, פרסם סרטון שבו טען כי "הצענו פתרונות לרשות הפלסטינית, אך היא סירבה ואמרה שיש לסיים את הג'יהאד הלאומי בעיר ג'נין ובמחנה". בנוסף, הוא שלח מסר מאיים, ואמר כי "נמות בשביל הכבוד שלנו, והלחימה תישאר עם או בלי הרשות הפלסטינית".
מנגד, גורם בכיר במנגנוני הביטחון הפלסטיניים הדגיש בשיחה עם ynet כי "נמשיך לפעול בלב המחנות". לדבריו, "במחנה ג'נין ישנם כ-20 חמושים שמעורבים בסחר בנשק, והכנסת כסף ממקורות זרים שאנו חייבים לעצור ולהביאם למשפט. אם ישראל תתערב זה יפריע לנו, לכן אנחנו צריכים לסיים את הפעילות הזו שלנו בהקדם ובלי התערבות חיצונית". ברשות הפלסטינית מברכים על הצעד הזה, ובכירים אמרו כי יש "להוציא מקרבנו את ניצני חמאס וג'יהאד שהורסים לנו את המחנות ואת מרקם החיים".
המבצע החל על רקע מתיחות מתמשכת בין חמושי הג'יהאד האיסלאמי למנגנוני הביטחון הפלסטיניים, שהתלקחה לאחר שחמושים השתלטו על שני רכבי מנגנונים ונסעו בהם ברחובות המחנה לפני שבוע. בתיעוד מהמבצע החריג, נראים אנשי המנגנונים עם רובי צלפים, קסדות טקטיות וג'יפים ממוגנים - וכל זה באישור ישראל.
התמונות שבהם נראו מחבלים מג'נין נוסעים בתהלוכה על ג'יפ שגנבו מהמנגנונים והרשות, עטופים בדגלי חמאס והג'יהאד הפלסטיני, היוו זרז למבצע. מיום חמישי שעבר למעשה המנגנונים תגברו כוחות והשתלטו על בתי חולים בג'נין. הם סגרו יציאות וכניסות ממחנה הפליטים כדי להתארגן לכניסה למחנה. ובשעות הבוקר של יום שני הם פתחו במתקפה על המחבלים במקום, שם גם נתקלו במטעני חבלה שאותם נטרלו.