חודש וחצי לאחר שהוזמן לשימוע לפני הדחה בעקבות שורה של ציוצים בוטים נגד מדיניות החיסונים ובכירי משרד הבריאות, מנכ"ל "שלום קור" אלון בר הגיע להסכם פרישה עם החברה - גוף משותף לממשלה ולסוכנות היהודית שמרכז מתנדבים יהודים מהארץ ומהעולם לפעולות חברתיות - בתמורה לביטול השימוע להדחתו וביטול כל הטענות כלפיו. בר יסיים את תפקידו באופן מיידי, אך יימצא בחופשה על חשבון החברה עד 30 בנובמבר. בכך הגיעה לסיומה הפרשה שנחשפה לראשונה ב-ynet וב"ידיעות אחרונות".
בר מונה לתפקיד מנכ"ל חברת "שלום קור" למרות שעד לאחרונה היה אחד הקולות הבולטים במאבק נגד משרד הבריאות סביב מדיניות החיסונים, המסכות והסגרים. הוא נבחר לתפקיד הבכיר מבין 170 מועמדים שמוינו אליו, וככל הנראה בסוכנות ובמשרד התפוצות לא ממש היו ערים להתבטאויותיו החריפות - על אף שחשבון הטוויטר שלו מלא בציוצים בוטים בנושא.
בר הוא אחד משני מורשי חתימה במח"צ, התארגנות התנדבותית של רופאים, חוקרים ואנשי רווחה ש"החליטו כי אינם יכולים עוד לשתוק" אל מול צורת ניהול משבר הקורונה. ראש שירותי בריאות הציבור, ד"ר שרון אלרעי פרייס, טענה כי כמה רופאים שחברים במח"צ הם "מכחישי קורונה" ו"מתנגדי חיסונים". אלו מהם שהכחישו את היותם מתנגדי חיסונים הגישו נגדה תביעת דיבה - שנדחתה.
בעקבות הפרסום שיגר מנכ"ל משרד הבריאות, פרופ' נחמן אש, מכתב למנכ"לית הסוכנות היהודית אמירה אברמוביץ ולמנכ"לית משרד התפוצות ציונה קינג, שבו דרש לבטל את המינוי של בר בנימוק שמדובר בפשיטת רגל מוסרית. "בר הסית נגד עובדות ועובדי משרד הבריאות ומערכת הבריאות, והתיר את דמם באמירות נוראיות בכל פלטפורמה אפשרית ולאורך זמן. אני מרשה לעצמי לדבר בשם עובדי מערכת הבריאות שפעלו מתוקף הכשרתם המקצועית ובמסירות אין קץ בתקופת מגפה - בטלו את המינוי".
לאחר פרסום הדברים זומן בר לשימוע לפני הדחה בדירקטוריון של חברת "שלום קור", שבו יושבים אנשי הסוכנות היהודית ו"מוזאיק" - חברת בת של משרד התפוצות - ולאחר דחיות בשימוע נכנסו הצדדים למשא ומתן שבסופו גובש הסכם פרישה. הצדדים ניהלו משא ומתן לגבי תנאי סיום עבודתו של בר והגיעו להסכם שלפיו הוא יסיים את תפקידו כמנכ"ל והחברה תוכל למנות מנכ"ל אחר. בינתיים כאמור בר יימצא בחופשה על חשבון החברה. "הצדדים חוזרים בהם מכל הטענות שהעלו זה כנגד זה ומתחייבים לשמור, כל צד כלפי משנהו, על שמו הטוב וכבודו", נכתב בהסכם.
אלון בר מסר בתגובה: "באווירה שנוצרה ותחת הלחץ הפסול שהופעל על ראשי הארגון מצד פוליטיקאים וראשי מערכת הבריאות אותם ביקרתי, ולאור הצעת הארגון לנהל מו"מ, החלטתי מיוזמתי לבקש לסיים את עבודתי ב-1 בדצמבר. אני שמח כי בקשתי התקבלה וראשי הארגון חזרו בהם מהטענות המופרכות שהועלו נגדי. העובדה כי היו מי שניסו לפגוע בי ובמשפחתי בגלל דעותיי ולהדוף ביקורת ציבורית לגיטימית בשיטות הראויות למשטרים אפלים, צריכה להדאיג את אזרחי ישראל. אמשיך לפעול גם בעתיד למען המדינה, אזרחיה ויהודי התפוצות, ואלחם למען חופש הביטוי והדעה במדינה דמוקרטית".
