מנכ"ל משרד ראש הממשלה יוסי שלי הנחה את מפקד מרכז השליטה הלאומי לטיפול במשפחות החטופים והנעדרים בבסיס פיקוד העורף ברמלה שלא לשתף את גל הירש במידע, לא לשתף איתו פעולה ולא להכניס אותו למשל"ט, לבתי החולים הקולטים את השבים ולכל פעילות אחרת המתקיימת מטעם המשל"ט או משרדי הממשלה. בהמשך התקפל, וחזר בו מההנחיה.
ההנחיה המקורית נכללה במייל ששיגרה לשכת היועצת המשפטית של משרד ראש הממשלה, שלומית פרגו ברנע, במענה לפניות בנוגע להסדרת מעמדו של גל הירש. עוד נכתב במייל כי מנכ"ל משרד ראש הממשלה הנחה את הגורמים הטכנולוגיים שלא לאפשר להירש גישה למערכות ניהול המידע.
בתחילת המייל נכתב כי היועצת המשפטית לממשלה הבהירה שאין לקלוט את הירש כעובד מדינה ושלא הוסדרה ההתקשרות איתו. עם זאת צוין בו כי הירש מפעיל בנוסף אליו אנשים מטעמו, שחלקם פועלים בהתנדבות, וגם הפעילות הזאת לא הוסדרה עם אף גורם ממשלתי. עוד נכתב שאין מניעה שהירש יפעל כמתנדב.
גורמים ממשלתיים אומרים כי באחרונה הפסיק הירש להשתתף בהערכות מצב הנוגעות למשפחות החטופים, והשתתף רק בפגישות עם המשפחות הללו.
אחרי המייל של היועצת המשפטית נודע הדבר לגל הירש, ועורך הדין שלו נבות תל צור פנה למזכיר הממשלה יוסי פוקס ודרש מיד למשוך את המסמך הזה או שתיגרם מבוכה גדולה. מזכיר הממשלה פנה ליועצת המשפטית של משרד רה"מ ובעקבות זאת יצאו שתי הודעות הבהרה, אחת של הייעוץ המשפטי של המשרד ואחת של שלי בעצמו.
"המייל ששלחתי נועד להבהיר את המסגרת המקצועית המשפטית ואין בו, ולו במעט, כדי להפחית מההערכה לכל תרומה של כל גורם שהתנדב לסייע לנוכח המציאות הבלתי נתפסת שתקפה את מדינתנו ועודנה לפתחנו", נכתב במייל הראשון. "נבהיר כי במסגרת הפעולות הנעשות להסדרת מעמדו של גיל הירש בממשקי פעילותו עם משרד רה"מ, הרי שבהתאם למידע שבידינו אין מניעה שמשרד ראש הממשלה יעסיק את מר גל הירש שמתנגד, וזאת עד להסדרת מעמדו כאמור".
במייל משלו לכל הנוגעים בדבר הבהיר שלי את ההנחיה שלו: "מדינת ישראל נמצאת בעיצומו של אירוע חסר תקדים, ועל כן הערכה רבה לכל העוסקים במלאכת הקודש. כידוע, עם פרוץ המלחמה, מונה תא"ל (במיל') גל הירש על-ידי ראש הממשלה לממונה על נושא החטופים והנעדרים. מאז פועל גל יחד עם צוותו וביחד עם כלל הגורמים השונים במסירות אין קץ לטובת העניין. אציין כי בימים אלו פועל המשרד לטובת הסדרת פעילות חשובה זו. אני מבקש מכולם, וביתר שאת בימים רגישים אלו, לעבוד בשיתוף פעולה מלא עם גל וצוותו, על מנת להשלים את המשימה שהוטלה עליו על ידי ראש הממשלה. כאמור זו הזדמנות להודות לכולכם על עבודה המאתגרת אני מלא הערכה לכולם".
ממשרד ראש הממשלה נמסר בתגובה: "למען הסר ספק, תא"ל במיל' גל הירש הוא הממונה על השבויים והנעדרים מטעם ראש הממשלה ומשרד ראש הממשלה".