הקו המוביל בחקירת פיגוע המטענים המשולב שהתרחש בירושלים הבוקר (רביעי) הוא שהמחבלים הם תושבי מזרח ירושלים. ייתכן שחוליית המחבלים יצאה מאחת השכונות במזרח העיר, על רקע סוגיית הר הבית וירושלים, וללא קשר לאירוע חטיפת גופת הנער טרין פרו אמש בג'נין, למהומות בחברון בשבת או לחילופי האש בשכם שלשום במהלך כניסת מאות מתפללים יהודים לקבר יוסף.
ככל הנראה לא הייתה התרעה ממוקדת לפיגוע הבוקר, אלא הערכות כלליות על דרך פעולה אפשרית לפגע בתקופה זו גם באמצעות מטעני חבלה. בינתיים נמשך המצוד אחר המחבלים שאחראים לפיגוע שבו נרצח הנער אריה שצ'ופק. מוקדם יותר נכנס צה"ל לבית איכסא, כפר פלסטיני ששוכן בין שכונת רמות למבשרת ציון, ופרק מצלמות אבטחה כדי לבדוק אם הכפר שימש נתיב מילוט למחבלים. בתוך כך, שר הביטחון בני גנץ אמר הערב כי "זמנם של מבצעי, מתכנני ומממני הפיגועים קצוב".
גנץ הוסיף: "אנחנו פרוסים באופן רחב בכל השטח, מגבירים את הפעילות המודיעינית ומרחיבים את היקף הכוחות בשטח בכדי לשמור על ביטחון האזרחים". במערכת הביטחון ממשיכים לברר את נסיבות הפיגוע ומנסים לאתר את מבצעיו במישור המודיעיני, בין היתר באמצעות הפעלת סוכנים וכלים טכנולוגיים, אך מאמינים כי במוקדם או במאוחר, המחבלים ייתפסו.
בשב"כ מתמקדים בניסיון להרכיב את הפאזל ולזהות את כל מי שלקח חלק בפיגוע, וזה עלול לקחת עוד זמן. רמת ההתארגנות של המחבלים עדיין לא ידועה, וכך גם אם הם שולחו בידי ארגון מסוים. בכל מקרה, הדגש המרכזי הוא להביא לפירוק ההתארגנות לאור החשש מהאפשרות שהמחבלים יוציאו לפועל פיגוע נוסף בזמן הקרוב.
חקירת הפיגוע התעכבה היום מאחר שעל תחנת האוטובוס בכניסה לעיר, שם היה הפיצוץ הראשון, לא כוונה מצלמת אבטחה. עיריית ירושלים, שלה מצלמות רבות בעיר, מסרה כי כל חומרי המצלמות שלה עבדו - וחומריהן הועברו למשטרה בשעות הבוקר. "המצלמות אינן מכוונות לתחנות אוטובוס, לא ברמות, לא בכניסה לעיר ולא בשאר חלקי העיר. המצלמות הוצבו במרחב הציבורי למען שמירה על בטיחות התושבים באיזורי בילוי, פארקים וגנים ציבוריים, וכן לצורכי ניהול תנועה בצמתים מרכזיים", נמסר מהעירייה.
בית החולים שערי צדק מסר כי במוסד הרפואי טופלו היום 23 נפגעים בפיגוע - שישה פצועים ו-17 נפגעי חרדה. לפי שעה מאושפזים בבית החולים שלושה פצועים - טדסה, גבר בשנות ה-40 לחייו, שמצבו אנוש ושניים נוספים במצב בינוני. יתר הפצועים שוחררו לביתם במצב טוב.
לפי החשד, המחבלים פעלו ללא הכוונה חיצונית או מלמעלה של ארגוני טרור, ותכננו את הפיגוע זמן רב. החשד הראשוני הוא שהחוליה הכירה היטב את האזור שבו בוצעו הפיגועים. המחבלים וידאו קודם שיש כמה שיותר אזרחים בתחנת האוטובוס - ואז הפעילו את מטען החבלה בזירה הראשונה מרחוק.
ההערכות הן שמטעני החבלה היו קטנים יחסית, כשרוב הפגיעות נבעו ממסמרים ומרסס שהתפזרו למרחק קצר ופגעו באנשים שעמדו בסמוך. לאחר מכן התפוצץ מטען חבלה נוסף בצומת רמות באופן דומה.