במהלך ארבעת חודשי המלחמה, כוחות צה"ל נכנסו לכמה בתי חולים ברצועת עזה, ובהם בית החולים הקטארי, בית החולים כמאל עדואן, ובית החולים רנטיסי לילדים. אבל רוב הכותרות התמקדו בפשיטה על בית החולים שיפא, הן בגלל שהוא המרכז הרפואי הגדול ביותר ברצועת עזה והן עקב הצהרות ישראל שבכירים בחמאס ניהלו מרכז פיקוד ושליטה מתחתיו.
כעת, מכתבה נרחבת ב"ניו יורק טיימס" שעליה חתום גם עיתונאי "ידיעות אחרונות" רונן ברגמן, עולה כי כוחות צה"ל עזבו את שיפא עוד לפני שהמנהרה שמתחתיו נבדקה לכל אורכה, כדי לעמוד בתנאי עסקת החטופים הראשונה.
ראיות שהגיעו לידי העיתון האמריקני מראות שחמאס השתמש בבית החולים כמחסה, וכמקום לאחסון נשק ותחזק את המנהרה שמתחתיו, שאליה סופקו מים, חשמל ומיזוג אוויר. מסמכים ישראליים מסווגים מראים גם כי אורך המנהרה שמתחתיו היה לפחות 200 מטר, פי 2 מהאורך שצה"ל פרסם רשמית, ושהיא מקושרת כנראה למערכת התת-קרקעית הגדולה של חמאס.
לפי המסמכים, לוחמי צה"ל מצאו בונקרים תת-קרקעיים, רובעים למגורים וחדר שהיה מחובר למחשבים ולציוד תקשורת בחלק של המנהרה שמתפרס מעבר לבית החולים - חלקים שלא נראו בסרטון שפרסם בזמנו דובר צה"ל. לעומת זאת, ב"ניו יורק טיימס" נכתב כי צה"ל התקשה להביא הוכחות שמתחת לבית החולים אכן הפעיל חמאס מרכז פיקוד ושליטה.
בצבא אמרו כי המנהרה מולכדה ואזל הזמן לבחון אותה כי היא הושמדה וצה"ל נסוג מבית החולים. גורמים ישראליים וקטאריים אמרו כי ישראל הייתה צריכה לעזוב את בית החולים כדי לעמוד בתנאי ההפוגה בנובמבר.
גורמים אמריקניים אמרו כי המודיעין שבידיהם מגבה את זה של ישראל, כולל עדויות שחמאס החזיק בשיפא לפחות כמה חטופים. לפי המודיעין האמריקני, מחבלי חמאס התפנו מהמקום כמה ימים לפני כניסת הכוחות לשיפא. הם השמידו מסמכים וציוד אלקטרוני לפני עזיבתם.