מהומות חריגות פרצו עם כניסת יום הכיפורים בכיכר דיזנגוף בתל אביב, בעקבות ניסיון לקיים תפילות בהפרדה בשטחים ציבוריים, חרף פסיקת בית המשפט שקיבל את עמדת העירייה לאסור על כך. עימותים אירעו גם במוקדים אחרים בתל אביב, וכן בערים אחרות והסערה ברחובות הגיעה כצפוי למערכת הפוליטית - ראש האופוזיציה האשים את הגרעין החרד"לי בכך ש"הביא אלינו את המלחמה", ומנגד ראש הממשלה תקף את "הקיצונים משמאל שהתפרעו נגד יהודים בעת תפילתם". יו"ר המחנה הממלכתי בני גנץ הגיב כשעתיים אחריהם, כינה את נתניהו "מחולל השנאה הגדול ביותר", והביע תמיכה בפסיקת בג"ץ.
נתניהו כתב בתגובתו: "עם ישראל ביקש להתאחד ביום הכיפורים בבקשת סליחה, מחילה ואחדות בתוכנו. לתדהמתנו, דווקא במדינת היהודים, ביום הקדוש ביותר לעם היהודי, מפגיני שמאל התפרעו נגד יהודים בעת תפילתם. נראה שאין גבולות, אין נורמות ואין סייג לשנאה מצד הקיצונים משמאל. אני, כמו רוב אזרחי ישראל, דוחים זאת. אין להתנהגות אלימה כזאת מקום בתוכנו".
גנץ, שבניגוד ללפיד ולנתניהו לא הגיב זמן קצר לאחר צאת כיפור, כתב כי "במשך 75 שנה הצליח רוב גדול של הישראלים להגיע להסכמות על המרחב הציבורי ביום הכיפורים, כך שיותאם לפי הקהילה. 75 שנה הצליחו ציבורים לכבד האחד את השני למרות השוני, ולא הכניסו פוליטיקה ליום הכיפורים. כעת, מי שהחליט להפריד בינינו - הצליח לחלל גם את היום הקדוש הזה בכפייה ובשנאת חינם".
"ומי אם לא ראש הממשלה, מחולל השנאה הגדול ביותר, הוא זה שבוחר כעת ללבות את האש, ביחד עם פוליטיקאים שהחליטו להפוך את המרחב הציבור שלנו - לאזור אסון", הוסיף גנץ. הוא קרא "לכל המנהיגים לגלות אחריות ולהפסיק את השיח ואת המעשים מחרחרי המדון", ואמר כי לטעמו פסיקת בג"ץ הייתה נכונה: "יש היגיון לאפשר למרחב הציבורי להתנהל לפי מאפייני האוכלוסייה, ובמקרה הזה התקבלה פסיקה נכונה, שהסמיכה את עיריית תל אביב לקבוע את הנהלים. אך חשוב מכך, עלינו לזכור - במקום שבו יש מי שמדרדרים אותנו למלחמת אחים, המשימה של כולנו היא למנוע אותה".
ראש העיר תל אביב יפו, רון חולדאי, הותקף בשל העובדה שהאיסור על ההפרדה לא נאכף. "החלטתי לאחר דיון מעמיק בשילוב הגורמים העירוניים ומשטרת ישראל, חצי שעה לפני כניסת החג, לא להכניס כוחות משטרה על מנת לבצע אכיפה בערב כיפור תוך כדי קיום התפילה, על מנת לא לייצר הסלמה מיותרת ולשמור על קדושת החג", הסביר.
לדברי חולדאי, "אכיפה והפעלת כוח הייתה עלולה להבעיר את השטח ולייצר הסלמה מיותרת. זוהי החלטת מדיניות שלי שאני עומד מאחוריה, מתוך ראיית כלל הציבור התל אביבי שיום זה משמעותי עבורו. דרדור האירוע היה נותן פרס ותמונת ניצחון לגורמי הקיצון שמאיימים על העיר".
למרות הדברים הללו, בריאיון לחדשות 12 הודה חולדאי שייתכן שהיה פועל אחרת בדיעבד, גם לנוכח העבודה שלמוקדים אחרים בעיר נשלחו היום פקחים כדי לוודא שאין תפילות בהפרדה.
ראש העיר האשים "גורמי קיצון דתיים ומשיחיים" שהחליטו "לרמוס את החלטת בית המשפט והקימו הפרדה בין גברים לנשים בתפילת ערב יום הכיפורים". לדבריו, מאז מלחמת יום הכיפורים, 50 שנה, לא הזעיקו אותי במהלך החג... לא אתן לשנות את אופיה של העיר שלנו. בתל אביב-יפו אין מקום להפרדה והדרה מגדרית במרחב הציבורי. גורמים שלא יכבדו את הוראות העירייה והחוק לא יקבלו יותר היתרים לפעול במרחב הציבורי בעיר".
חולדאי הפנה אצבע מאשימה גם לממשלה. "אירועי ערב כיפור הם עוד דוגמא עצובה ומדאיגה לפילוג בחברה שלנו. ומה הפלא? כשהמנהיגות שלנו עצמה נמנעת מלהגיד בפה מלא שאת פסיקות בג"ץ יש לקיים, היא פותחת את הצוהר לגורמי קיצון לקחת את החוק לידיים".
ראש האופוזיציה, יו"ר יש עתיד יאיר לפיד, פרסם בצאת כיפור פוסט שכותרתו "חבל שבשם האל קלקלו את יום הכיפורים". לפיד כתב: "שנים אני נותן את יום הכיפורים כדוגמא לכך שהיהדות לא צריכה שיאכפו אותה. היא הופכת להיות של כולנו רק כשאנחנו מתחשבים אחד ברגשות השני.
עד השנה. עד שהגרעין החרד"לי שהגיע לשכונה החליט להביא גם אלינו את המלחמה. מתעקשים על הפרדה מגדרית גם בחוץ. בנו צמוד ל"כלל ישראל" (בית הכנסת הקרוב לביתו - מ"א) אוהל שבו מתפללים רק בניגון אשכנזי. מקפידים להסביר לנו – במאור פנים, ברור שבמאור פנים – שיש רק גירסה אחת של היהדות, הגירסה שלהם, והם דורשים שבשם הסובלנות גם בשכונה שלנו הם יחליטו מה מותר ומה אסור".
בתגובה להודעת נתניהו, כתב לפיד: "בצאת יום הכיפורים ראש ממשלה בישראל לא אמור להוסיף להסתה ולמריבה, אלא לנסות להרגיע את הרוחות. לידיעתך, רוב האנשים שבאו למחות נגד הכפייה של המשיחיים צמו והתפללו ביום הכיפורים הזה. הם לא נגד היהדות, הם מנסים להציל את היהדות מהחבורה הגזענית והקיצונית שנתת לה במתנה את השלטון".
השר לביטחון לאומי ויו"ר עוצמה יהודית איתמר בן גביר עדכן שביום חמישי יקיים תפילת ערבית בכיכר דיזנגוף, והזמין את הציבור. לטענתו, "ביום הכיפורים הזה ראינו שונאים שמנסים לגרש את היהדות מהמרחב הציבורי. ישראל היא מדינה יהודית! ודמוקרטית".
שר האוצר ויו"ר הציונות הדתית, בצלאל סמוטריץ', כינה את התושבים שמנעו תפילה בהפרדה "קומץ שורפי אסמים אלימים בגיבוי יאיר לפיד שהדליקו אש וחיללו את היום הקדוש". לדברי סמוטריץ', "אין לי ספק שהרוב המוחלט של העם, מימין ומשמאל, מתנער מהם בכל תוקף. במוצאי יום הכיפורים, אני קורא לכולנו לא להיגרר לפרובוקציות האלה. יהודים אנחנו. אחים אנחנו".
שר התרבות והספורט מיקי זוהר אמר כי "כל מי שמנסה להשתמש בפסיקת בג"ץ כדי להצדיק את ההתנהלות המחפירה של אלו שהפריעו לתפילות יום כיפור צריך להתבייש. הגיע הזמן לעצור את השנאה היוקדת הזו נגד כל סממן יהודי. זו חציית קו אדום בלתי נסבלת".
השר משה ארבל מש"ס הגיב אף הוא. מראות יום הכיפורים מתל אביב מעוררים צער ועצב עמוק", אמר. "בני עמי בחרו בפילוג, היהודית והדמוקרטית כבר לא. זו איננה מחאה לגיטימית אלא חוליגניות לשמה".
הרב הראשי, דוד לאו, כתב: "שמעתי בצער רב על האירועים שקרו סביב התפילה ביום הקדוש ביותר לעם ישראל. היום המיוחד ביותר בשנה הפך בשל הסתה פראית של גורמים שונאי דת ליום עצוב. יש מי ששכחו את מהות היום והמשיכו את גלי השנאה הרוחשת. לתפילות הגיעו תושבי תל אביב אשר ביקשו להתפלל כפי ההלכה בלי לכפות דבר על אף אחד, אלא רק עבור מי שמעוניין ומעוניינת בכך. ואז ראינו כי במסווה של חופש מונעים מציבור רחב מאד להתפלל כפי מנהגיו".
"האירועים מזכירים ימים קשים בהיסטוריה היהודית", הוסיף הרב לאו. "מדינת ישראל אשר הוקמה כבית לעם היהודי צריכה להוות מקום שניתן לחיות בו כפי שהיהדות מחייבת. כל הטוענים שמדינת ישראל היא מדינה יהודית ודמוקרטית, אנא זכרו שהיהודית לא פחות חשובה מהדמוקרטית. כיליד תל אביב אין לי ספק שרוב תושבי תל אביב סולדים מההפרעות והמחאות נגד תפילות יום כיפור ברחובה של עיר, ואני קורא למי שממשיכים להלהיט את הרוחות - תעצרו, לפני שיהיה מאוחר".