מבקר המדינה מתנגד לעצירת הבדיקה שהוא עורך לגבי אירועי ה-7 באוקטובר, כך עולה מהתשובה שהגיש לבג"ץ על העתירות שהוגשו למנוע את המשך הליך הביקורת. העתירות הוגשו על ידי התנועה לאיכות השלטון ואומ"ץ, והן דורשות לעצור את הליך הביקורת שבו פתח מבקר המדינה בעיצומה של המלחמה, עד להקמת ועדת חקירה ממלכתית. היועצת המשפטית לממשלה כבר הודיעה לבג"ץ כי לפי עמדת גופי הביטחון, שב"כ וצה"ל, קיום הביקורת של מבקר המדינה על המלחמה בעזה בעת הזו יוביל לפגיעה משמעותית ביכולת התפקודית של גופי הביטחון - ולפגיעה במלחמה. היועצת המשפטית לממשלה סבורה שיש להקים ועדת חקירה ממלכתית שתחקור את האירועים.
המבקר מתניהו אנגלמן טוען בתגובתו כי "העותרים מבקשים לאפשר לממשלה מתג השתקה של ביקורת המדינה. קיימת דחיפות לעריכת הביקורת בשלב זה בכלל הדרגים - אזרחי, מדיני וצבאי. האיזון הנכון, אותו גיבש מבקר המדינה - קיום ביקורת מדורגת ומידתית, גם בצה"ל, בחלוף שבעה חודשים לפרוץ המלחמה. מתכונת הביקורת, שאינה נוגעת למהלכי הלחימה של צה"ל, גובשה לאחר התייחסות צה"ל, שהסכים לרובה המכריע". עוד טוען המבקר כי בניגוד לטענות העותרים, ביקורת המדינה פעלה גם בעבר בעיתות לחימה.
לדבריו, "ביקורת מבקר המדינה תוכל לסייע לאיתור מהיר של ליקויים. מניעת הביקורת בשלב זה בעייתית, ביתר שאת, נוכח האפשרות כי אירועים ביטחוניים נוספים עלולים לפרוץ בכל שעה, ועל כן קיימת חשיבות רבה להפקת לקחים מהירה וליישום ההמלצות של ביקורת המדינה דווקא בעת הזו".
עוד כותב המבקר: "עצירת ביקורת המדינה הנערכת בצה"ל בימים אלו, עלולה לפגוע בתהליך הפקת הלקחים ולהביא לכך שליקויים שיכולים היו להימצא ולתקנם לא יתוקנו ובכך להביא לפגיעה חלילה בחיי אדם. כך למשל, הביקורת שנערכת ביחס להגנת היישובים בעוטף עזה, פינוי אוכלוסייה ומערך ההסברה, רלוונטית גם לתרחיש של לחימה כוללת בחזית הצפון. בדומה, הביקורת בנוגע להגנת היישובים, כיתות כוננות ושיתוף הפעולה בין המשטרה וצה"ל רלוונטית גם לאיום הנשקף ממרחב קו התפר".
בנוגע לוועדת חקירה ממלכתית אומר המבקר כי "זו לא הוקמה, אין אדם יודע אם תקום, אימתי, אילו עניינים יקיף המנדט שלה, ומתי יתפרסם הדו"ח שלה, במקרה שתוקם. כפי שמבקר המדינה כבר הודיע, אם תקום ועדת חקירה ממלכתית הוא יתאם עימה 'גזרות', כפי שגם נעשה בעבר".