בית המשפט העליון הכריע הערב (יום ד') כי חומש, שהפך בשנתיים האחרונות ל"מאחז הסמל" של המתנחלים, לא יפונה. השופטים הסבירו שהסיבה לדחיית העתירה לפינוי המאחז נובעת מכך שהוגשה נגד הישיבה שהוקמה במקום לא-חוקי, אך זו הועברה ממיקומה למקום חדש - כך ש"עיקר הבינוי הבלתי-חוקי שנמצא על אדמות פרטיות הוסר". ההלטה התקבלה לפני הדיון בעתירה שהיה אמור להתקיים מחר.
השופטים הדגישו כי על אף שדרכי הגישה למיקום החדש עוברות גם כן על קרקע פרטית, נוכחות זו והדרכים האמורות "לא ניצבו בלב העתירה ולא עמדו בבסיס ההחלטה על הוצאת צו על-תנאי בעניינה". הם הדגישו כי לעותרים שמורה הזכות להגיש עתירה שמתייחסת למצב החדש בעתיד.
אשר לנוכחות של ישראלים בשטח צו התיחום, ציינו השופטים כי האיסור על כניסת ישראלים למרחב חומש בוטל במסגרת ביטול "חוק ההתנתקות" בכנסת במרץ האחרון. "אשר לשאלת הגישה של בעלי הזכויות במקרקעין הפרטיים מושא העתירה אל אדמותיהם - גם בהיבט זה חל שינוי במצב העובדתי עקב העתקת מיקומה של הישיבה", כתבו השופטים. "רשמנו לפנינו את הצהרת המדינה שלפיה אין מניעה העומדת בפני בעלי הזכויות כאמור. חזקה על המדינה כי תפעל להבטחת זכות הגישה כאמור, ומכל מקום, טענות הצדדים שמורות להם אף בעניין זה".
כחודשיים לאחר שהכנסת אישרה את ביטול חוק ההתנתקות בשומרון, העבירו מתנחלים את ישיבת חומש אל אדמות מדינה, כמה מאות מטרים מהמקום שבו ישבה קודם לכן, על אדמות פרטיות. בהודעה שפרסמו אז אנשי ישיבת חומש נאמר כי המעבר למיקום החדש נעשה במבצע "חשאי". המבצע יצא לפועל רק לאחר שהתקבל אישור משר הביטחון יואב גלנט, ומבחינת ההתיישבות זה היה שלב משמעותי בדרך להסדרת חומש.
ארגון יש דין, שהגיש את העתירה, מסר בתגובה: "בעוד שברחבי ישראל נלחמים להגן על בג"ץ כסמל הדמוקרטיה, הוכיחו היום השופטים שעבור הפלסטינים בגדה המערבית אין מגן ואין חוק, ובשטחים הכבושים כל דאלים גבר. אתמול הוגשו לבג"ץ שני תצהירים של אלופי פיקוד מרכז לשעבר הקובעים כי הקמת התנחלות חדשה בחומש תהווה נטל ביטחוני ותהיה כרוכה באלימות נוספת ובגזל נוסף של אדמות פלסטיניות ללא כל הצדקה ביטחונית. גם עמדות אלה לא שכנעו את השופטים לשים סוף לגזל ולנישול. כלעג לרש, שופטי העליון פסקו הוצאות לטובת העותרים. ההחלטה המבישה של שופטי העליון מהווה עדות נוספת לשלטון האפרטהייד שמתקבע בשטחים והופך לנורמה באישור בג"ץ".
ראש המועצה האזורית שומרון יוסי דגן אמר בעקבות פסק הדין כי "סוף הצדק להופיע. כשהממשלה אומרת אמירה ברורה - זה קורה. דגל ישראל ישוב להתנופף בארבעת היישובים שנעקרו בצפון השומרון, הם ייבנו מחדש. ילדים ישובו לשחק ברחובות היישובים הפורחים".
מישיבת חומש נמסר: "האמת יוצאת לאור. בדיוק היום, בט"ו באב, כולם מבינים שחומש יישוב מן המניין. הישיבה בחומש תפרח, היישוב יפרח והאור ימשיך להאיר בכל צפון השומרון. הכדור עובר היום לממשלת ישראל להשלים המהלך שהבטיחה - הסדרת חומש. גם היום לא נשכח את תלמידי הישיבה יהודה דימנטמן הי"ד ואת אנשי חומש עידודי זולדן הי"ד ושולי הר מלך הי"ד שרוצחיהם רצו לגרש אותנו מכאן - התשובה האמיתית לטרור - סיום הסדרת חומש ושאר יישובי צפון השומרון".