שבועות לאחר הפיגוע שבו נרצח בנימין אחימאיר בן ה-14, שבעקבותיו נרשמו פרעות במספר כפרים פלסטיניים בבנימין, גברה המתיחות בין נציגי המשטרה לבין אלוף פיקוד המרכז בצה"ל יהודה פוקס, שרמז: "רוח המפקד" של השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר משפיעה על האכיפה בפשיעה הלאומנית.
הוויכוח בין הצדדים התעורר בדיון שנערך בפיקוד המרכז בתחילת החודש, ובו נכחו גם ראש הממשלה בנימין נתניהו, נציגי המל"ל, צה"ל, המשטרה ושב"כ. האלוף פוקס טען כי אין אכיפה מספקת נגד מתנחלים שביצעו פשעים לאומניים ביהודה ושומרון - והטיפול באירוע בגיתית שבו נורו למוות שני פלסטינים במהומות אלימות הגביר את המתח, לאחר שלא הוגשו כלל כתבי אישום נגד המעורבים.
העימות האלים ביישוב גיתית - שכלל זריקת אבנים - החל לאחר שרועה צאן ישראלי הותקף לטענת מתנחלים סמוך לעקרבה, ובמהלכו נורו כאמור שני הפלסטינים. המתנחלים שנכחו במקום טענו כי כוח צבאי שהגיע לזירה ביצע את הירי לאחר שנקלע ל"סיטואציה מסכנת חיים". עם זאת, גורמי הביטחון הכחישו ודובר צה"ל הבהיר: "מתחקיר ראשוני עולה כי הם לא נורו על ידי כוח צה"ל". זהות היורים היא שהובילה למחלוקת בין גורמים בצבא לנציגי המשטרה.
נציגי המשטרה פנו לנתניהו שנכח בדיון, ואמרו כי "אנחנו יורים בתוך הנגמ"ש. מציגים פה מצג לא נכון כאילו יהודים יצאו והרגו פלסטינים. בגיתית מצאנו קליעים של חיילים". בתגובה השיב האלוף פוקס כי "אלו חיילים מתנחלים שהיו בחופשה". סנ"צ מועלם טען: "אני מנהל את החקירה - לא אתה", והאלוף העיר: "מעניין איך אתה מנהל את החקירות". הערתו, כך לפי גורמים שנכחו בדיון, הייתה רמיזה למעורבותו של בן גביר.
נתניהו החליט להתערב, ואמר כי "בואו נסכים שמי שהרג את הפלסטינים בגיתית הם יהודים ולא פלסטינים". כשהטונים נרגעו פנה רה"מ לנציגי המשטרה: "איך יכול להיות שבפרעות האלו לא נתפס יהודי אחד קיצוני שמבצע עבירות חמורות?". לאחר מכן הוסיף: "האמריקנים לוחצים".
במשטרה השיבו לשאלה כי "שב"כ נותן את המודיעין, לא אנחנו", וגורמים בצה"ל שאלו בתגובה: "למה המשטרה לא לקחה לבדיקה את הנשק של משה שרביט (אחד המתנחלים שהבית הלבן הטיל עליו סנקציות - אב"ק) שנכח באירוע? ככה מנהלים חקירות?". במשטרה ענו: "לא כל נשק צריך לקחת. החקירה נמשכת, לא צריך ללמד אותנו איך חוקרים".
בהמשך טען האלוף פוקס כי נרשמה עלייה משמעותית באירועי הפשיעה הלאומנית, אך מפקד ימ"ר יהודה ושומרון סנ"צ אבישי מועלם הציג לנתניהו נתונים הטוענים אחרת, ולפיהם מתחילת ינואר השנה חלה ירידה של כ-50% ביחס לשנה שעברה. הרוחות הוסיפו להתלהט, ופוקס טען: "אתם סופרים איך שאתם רוצים". נציגי המשטרה השיבו כי הם סופרים "רגיל", והאשימו את הצבא: "אתם סופרים איך שבא לכם". עם זאת, גורם ביטחוני אמר כי "אין מחלוקת על הנתונים בין הארגונים, חוסר ההסכמה הוא על האירועים החמורים והפיגועים".
בכל האירועים והפרעות שהתרחשו בסוף השבוע של הפיגוע שבו נרצח אחימאיר לא נרשמו מעצרים נגד מתנחלים. על אף הנתונים שהציגה המשטרה והצביעו על ירידה בפשיעה, קשה להתעלם מהעובדה שלא הוגש אפילו כתב אישום אחד.
המתיחות בין המשטרה לפיקוד המרכז בצה"ל, נזכיר, כבר עלתה במספר מקרים בעבר. בין היתר, לאחר ששיחת הנזיפה אליה זומן ניצב המחוז עוזי לוי נבלמה על ידי בן גביר. בנוסף, במשטרה זעמו כשהאלוף פוקס הקים כוח לטיפול בפשיעה לאומנית, אחרי שלטענתו ראה שהמשטרה לא עושה דבר בנידון.
מדובר צה"ל נמסר: לא נתייחס לנאמר בדיונים סגורים.