עם הפנים לפשיטות הבאות: אוגדה 162 ושייטת 13 סיימו הלילה (בין ראשון לשני) את אחד המבצעים המשמעותיים ביותר ברצועת עזה מתחילת המלחמה. כוחות צה"ל יצאו הבוקר מבית החולים שיפא שבמערב העיר עזה, בתום שבועיים של פעולה נרחבת וחוזרת בקריה הרפואית הגדולה, שהסתיימה בחיסולם של 200 מחבלים ובמעצרם של 913 חשודים - מתוכם כ-500 מחבלים, בהם עשרות מפקדים ובכירים.
בצבא מעריכים כעת שהסבירות שלפיה חמאס ישתמש שוב בבית החולים כמוקד טרור או כמפקדה מבצעית מחודשת - היא נמוכה עד לא קיימת. בבית החולים נתפסו חומרים מודיעיניים רבים הקשורים לחטופים, לצד סרטונים חדשים של זוועות 7 באוקטובר, ככל הנראה ממצלמות של המחבלים עצמם שתיעדו את מעשיהם.
בצה"ל אומרים כי תוצרי המבצע מסייעים רבות לסוגיית השבת החטופים והנעדרים, ובפרט ללחץ הישראלי במשא ומתן על עסקת חטופים. ערב הפעולה שהו בבית החולים כ-6,200 מאושפזים, חולים ואנשי צוות רפואה. מתוכם, כאמור, קרוב לאלף פעילי טרור מהג'יהאד האיסלאמי ומחמאס שהתבצרו במחלקות השונות והקימו מפקדה צבאית וגם שלטונית מחודשת לצפון הרצועה.
שלושה לוחמי צה"ל נהרגו במבצע - סמ"ר מתן וינוגרדוב, רס"ב במיל' סבסטיאן איון וסמ"ר ליאור רביב; עוד שמונה נפצעו בתוך הקרבות בבית החולים, שישה מהם משייטת 13 ועוד שניים מסיירת הנח"ל. חלק מהקרבות היו בתוך אגפי בית החולים, בפירי מעליות ומתחת לגרמי מדרגות, עם יכולות לחימה כירורגיות שהביאה עימה שייטת 13, ותוך פינוי של אלפי מאושפזים לאגפים חלופיים שהקים צה"ל לצורך המשך הטיפול הרפואי השגרתי באזרחים.
בצבא לא פוסלים אפשרות שנותרו כמה מחבלים בין ההריסות, אך ציינו כי הפעולה מיצתה עצמה ולכן הסתיימה: "ככל הידוע לנו לא נהרגו מאושפזים או אנשי צוות רפואי במבצע שהיה מאוד מדויק ומבחין בין מחבלים לחוסים. ההנחיה שלנו הייתה לשבות בעדיפות ראשונה את המחבלים הרבים כשהם בחיים, בגלל הערך המודיעיני הרב מחקירותיהם ומשיקולים נוספים, ולכן בימים הראשונים כרזנו להם לצאת ולהיכנע".
עם זאת, ציינו בצה"ל כי "מול ביטחון כוחותינו, כאשר זוהה איום - מיד ירינו כדי להרוג מחבלים. המבצע החל בכיתור מיידי תוך 15 דקות של לוחמי שייטת 13, ובחלוף כ-10 דקות הצטרפו לוחמי השריון מחטיבה 401 ולוחמי גבעתי שהשלימו את הכיתור הכבד ולחמו בעשרות מחבלים במעטפת בית החולים".
באוגדה 162 מציינים כי הישגי המבצע בשיפא מצטרפים לכ-6,000 מחבלים שנהרגו מאש לוחמי האוגדה עד כה ול-42 מפעלי נשק של חמאס שאותרו והושמדו בצפון הרצועה: "יש עוד מחבלים בצפון הרצועה ולכן יש עוד עבודה לעשות. במהלך הפעולה בשיפא היו מחבלים שירו לעבר הכוחות מרגמות וטילי נ"ט לצד ירי צלפים".
אחרי יציאת הכוחות, הופצו תיעודים דרמטיים ממתחם בית החולים שבו נראים המוני עזתים חוזרים למקום ומגלים בניינים שרופים והרס רב. משרד הבריאות שבשליטת חמאס אמר כי עשרות גופות אותרו במקום. "הצבא נסוג משיפא לאחר ששרף בניינים במתחם והוציא אותם לחלוטין מכלל שימוש. הנזק למתחם משמעותי מאוד", טענו בארגון הטרור.
ב-18 במרץ צה"ל פשט במפתיע על בית החולים במבצע ממוקד בעקבות מידע מודיעיני מדויק של אמ"ן ושב"כ על הימצאות בכירי חמאס במרחב ועל ניהול פעילות טרור ברצועה מהמרחב ושימושו למרכז פיקוד ושליטה ומפקדה צבאית. "צה"ל החל במבצע בעקבות מידע מודיעיני מבוסס שחייב פעולה מיידית", אמר דובר צה"ל תת-אלוף דניאל הגרי, בהצהרה שנשא אז באנגלית. "אנחנו יודעים שבכירים בחמאס התאגדו מחדש בתוך שיפא ומפקדים משם על פעולות נגד ישראל. הפעילות הממוקדת שלנו היא לא רק הכרח מבצעי, היא חובה גלובלית. אנחנו קוראים לכל מחבלי חמאס המסתתרים בבתי חולים להיכנע באופן מיידי. אסור לנצל מתקנים רפואיים לצורכי טרור, חמאס חייב לתת דין וחשבון".