ההסכם המלא שנחתם בין הליכוד לציונות הדתית חושף את היקף הסמכויות שיקבל בצלאל סמוטריץ' או מי מטעמו כשר במשרד הביטחון. כפועל יוצא מתפקיד זה, סמוטריץ' - שיקבל גם את תיק האוצר במחצית הראשונה של הממשלה ה-37 ואת תיק הפנים במחציתה השנייה - יהיה אחראי גם על מתאם פעולות הממשלה בשטחים וראש המינהל האזרחי - וגם יקבל את סמכויות שר הביטחון שנוגעות למינויים שלהם.
בהסכם נכתב גם כי ליחידת יו"ש באגף היועמ"ש למערכת הביטחון יוקצו שבעה תקנים של יועמ"שים, שיעסקו במינהלת ההתיישבות ובשטחי הפעולה של השר במשרד הביטחון. עוד נקבע, כי תשובות המדינה המוגשות לבג"ץ על-ידי פרקליטות המדינה ביחס להתנחלויות יאושרו על-ידי השר בתיאום עם שר הביטחון ובהסכמת ראש הממשלה.
בהסכם הוסדרה גם הקמתה של מנהלת בתוך משרד הביטחון, שתפעל כיחידת סמך עצמאית בכלל ההיבטים. המנהלת תהיה באחריותו של סמוטריץ' או השר שימנה מטעמו. במנהלת הזו יהיו 12 תקנים, כולל תקן של ראש מנהלת (דמוי מנכ"ל) שימונה במשרת אמון.
בהסכם הוסדר גם כי הפרויקט שהחל בכנסת ה-20 להתקנת צווי אלוף לשם התאמת תחיקת הביטחון ביו"ש יהיה באחריותו של השר מטעם סמוטריץ'. יוקצו לכך שלושה תקנים של יועמ"שים, שישמשו לטובת מנהלת ההתיישבות.
במסגרת ההסכם הקואליציוני, תקבל הציונות הדתית גם את תיק העלייה והקליטה, את תיק ההתיישבות שייקרא מעתה תיק המשימות הלאומיות וגם את ראשות ועדת חוקה, חוק ומשפט בכנסת. נתניהו יהיה ראש ועדת השרים לענייני התיישבות, וסמוטריץ' יהיה ממלא המקום היחיד שלו. שר העלייה והקליטה מטעם הציונות הדתית יעמוד בראש קבינט העלייה והקליטה ושר המשימות הלאומיות יהיה אחראי גם לתחום הזהות היהודית, שיהפוך למנהלת עם חמישה תקנים.
אל המשרד למשימות לאומיות יעבור גם האגף לתרבות יהודית ממשרד החינוך. האגף לתרבות תורנית מממן ארגוני תרבות חרדיים ודתיים וכן פעילות תרבות דתית ופעילות הדתה. באתר האגף נאמר ש"האגף מופקד על הפצת התרבות ברוח המסורת". ב־2020 הגיע תקציב האגף ל־229 מיליון שקל וב־2019 עמד על 226 מיליון שקל.
המרכיב העיקרי של התקציב הזה הוא תקציב שיעורי התורה ופעילות תרבות תורנית אחרת שמממן שני סוגים עיקריים של ארגונים: ארגוני תרבות מפלגתיים דוגמת אל המעיין של ש"ס וארגוני החזרה בתשובה. שני הסעיפים העיקריים המשמשים להדתה בפעילויות של בתי ספר חילוניים הם מדרשות ללימודי יהדות ומרכזים להעמקת החינוך היהודי.
הכוח החדש של סמוטריץ' ביהודה ושומרון
כאחראי על המינהל האזרחי סמוטריץ' צפוי לקדם את התכנון והבנייה בשטחי C, וגם ליישם צווי הריסה למבנים לא-חוקיים של פלסטינים. בעוד הטיפול בשטחי A ו-B הוא של הרשות הפלסטינית, המינהל האזרחי נותר הריבון והמטפל הראשי בשטחי C שבהם מתגוררים כ-490 אלף מתנחלים ו-250 אלף פלסטינים. הוא מטפל עבורם בכל מה שקורה מעבר לקו הירוק - באישורי בנייה והרחבת התנחלויות או יישובים פלסטיניים, במכרזים של המועצות האזוריות והמקומיות, בהרחבות של כיתות לימוד, בטיפול בתשתיות, תחבורה, חקלאות, מורשת ועוד. בנוסף אחראי המנהל על חלקים מרכזיים בחייהם של הפלסטינים בשטחי A ו-B, בין היתר היתרי נסיעה לחו"ל, צרכים הומניטריים, סגירת ופתיחת מעברים ואולי מעל הכול - אישורי העבודה בישראל וביהודה ושומרון.
אחד הנושאים המרכזיים שעל הפרק הוא הסדרת "ההתיישבות הצעירה" - עשרות מאחזים לא-חוקיים שמעמדם לא הוסדר. על מנת להסדיר אותם יש לבצע סקרי קרקע, פעולה שלוקחת חודשים ארוכים ומשמעותית הרבה יותר מעוד החלטת ממשלה. משמעות פעולה כזו היא למעשה שינוי הסטטוס של השטח. בציונות הדתית יגידו שזה לא גורם לאף שינוי בשטח כי התושבים כבר גרים שם. השר במשרד הביטחון גם יוכל לקדם מימוש של צווי הריסה שעדיין תקועים במנהל ובכך להרוס יותר בנייה בלתי חוקית פלסטינית, ולייצר שינוי דרמטי נוסף עבור ראשי המועצות והיישובים.
במסגרת ההסכמות בין הליכוד לציונות הדתית השר שישמש כשר במשרד הביטחון יהיה אחראי בנוסף לחטיבה להתיישבות, השירות הלאומי, המכינות הקדם-צבאיות והגרעינים המשימתיים, והוא יפעל בתיאום ובהסכמה של ראש הממשלה. למעשה, מדובר באותו מתווה שבו כיהן השר לשעבר במשרד הביטחון מיכאל ביטון, שהיה אחראי גם הוא למינהל האזרחי ולמנהל פעולות התיאום בשטחים.
הרעיון שעומד מאחורי הדבר הוא שהשר שימונה במשרד הביטחון לא יהיה כפוף לשר הביטחון, אלא לראש הממשלה. הוא יוכל לקדם תהליכים בתוך ההתיישבות שהיו תקועים שנים, תוך שליטה על המינהל. נתניהו יוכל לעצור תהליכים, אך השינויים כבר מתרחשים. מדובר על שינוי תפיסת הפעולה של הממשלה בשטחים בכל הנוגע להיבט האזרחי. השר המיועד יוכל להאיץ תהליכים של סקרי קרקע במאחזים, להכפיף צווים וחוקים ולהתאימם מהחוק הישראלי ליהודה ושומרון, ולמעשה יתחיל בהליך של העברת התפקידים האזרחיים למשרדי האם בממשלה.
העובדה כי יהיה שר בתוך משרד הביטחון, שיהיה אחראי לתחומים הנ"ל היא משמעותית, משום שהריבון ביהודה ושומרון הוא אלוף פיקוד מרכז בצה"ל ומשרד הביטחון. "אם השר המיועד אכן יריץ פעולות ויקדם אותן בתוך המינהל שתקע אותן שנים - זה באמת השינוי הכי דרמטי ביהודה ושומרון מאז 1967", הסביר לאחרונה גורם מקצועי בכיר.