בעוד לשכתו של ראש הממשלה בנימין נתניהו עומדת בפני ארבע פרשות שקשורות אליה, שבחלקן מתקיימת חקירה, בקרב גורמי אכיפת החוק, המשטרה, השב"כ והפרקליטות, שוררת חשדנות רבה - ואפילו נרשמו חילופי האשמות קשים.
במהלך השנים עבדו גורמי החקירה של שירות הביטחון הכללי בשיתוף פעולה מלא עם המשטרה בכל הנוגע לחקירת תיקים ביטחוניים, והתוצרים הובאו בשלמותם לפרקליטות לשם הגשת כתבי אישום. אולם כעת, מספרים גורמים במערכת אכיפת החוק, כי במשטרה שורה "רוחו של השר בן גביר", מה שהוביל להתגברות החשדנות בין הצדדים.
יתרה מכך, הגורמים מעריכים כי עד סיום החקירה, שתובא להכרעת פרקליט המדינה עמית איסמן ולאחר מכן ליועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה - המתיחות רק תלך ותגבר.
בתוך כך, לא רק שמדובר בחקירה ברמה הרגישה ביותר, שכן ראש הממשלה הוא "הבוס הישיר" של השב"כ החוקר את לשכתו - גורמים בכירים במערכת אכיפת החוק מביעים חשש מכך שהמשטרה מנסה לגמד את החקירה. כך למשל, בערוץ I24NEWS דווח אמש כי בישיבה עם בהרב-מיארה ואיסמן, שעסקה בפרשת המסמכים הסודיים, התלהטו הרוחות ונרשמו חילופי האשמות בין המשטרה לפרקליטות.
לפי הדיווח, ראש צוות החקירה המשטרתי ביאחב"ל טען כי מנפחים את הפרשה מעבר לגודלה האמיתי ובונים נרטיב שלם שלא נתמך בעובדות, כאילו יש ציר שלם של הדלפות מאמ"ן ללשכת ראש הממשלה. בתגובה לכך, כך דווח, איסמן צעק עליו.
התעקשות היועמ"שית על ועדת חקירה - קשורה גם לפרשה בלשכת נתניהו
אחת הסיבות שבגללה הודיעה היועמ"שית בהרב-מיארה על התעקשותה שיש להקים ועדת חקירה ממלכתית לחקר המלחמה קשורה גם לאחת הפרשות הנחקרות בנוגע ללשכת נתניהו, שהחלה בעקבות חשד לשינוי פרוטוקולים.
מיארה הורתה לפתוח בחקירה חשאית כה רגישה בלשכת ראש הממשלה, בשל אמינות התלונה שקיבלה ממזכירו הצבאי לשעבר של ראש הממשלה, אלוף אבי גיל. מקור משפטי שמעורה בפרטים אמר כי לאור השיבוש שבוצע לכאורה במסמכים רשמיים בלשכה, שעשויים לשמש עדות בוועדת חקירה לכשתקום, ולאור מכתב המזכיר הצבאי - האמינה היועצת כי רק ועדת חקירה ממלכתית היא הדרך לבדוק את אירועי המלחמה.
כשהיא יודעת שמתקיימת חקירה סמויה בעניין המסמכים, כתבה היועצת לנתניהו לפני כחודש וחצי כי "נוכח הנסיבות הקיצוניות קיימת חשיבות מכרעת לכך שחקירת אירועי המלחמה והפקת הלקחים יתבצעו בעצמאות מקצועית מלאה - תוך שימוש במנגנון החקירה המיטבי והייחודי הקבוע בחוק ובניתוק מלא מכל אפשרות של השפעה זרה על אופן ניהול החקירה ותוצאותיה. ועדת חקירה ממלכתית היא באופן מובהק הכלי המשפטי הייעודי והייחודי הקיים בחוק ההולם את חקר המלחמה".
כבר בחודש יוני האחרון קראה מיארה להקמת הוועדה, ואמרה כי לוועדת חקירה ממלכתית מאפיינים ייחודיים - שבראשם "ניתוק מלא מהרשות המבצעת". עוד ציינה אז כי "מצב שבו הרשות המבצעת היא שממנה את המנגנון שאמור לבדוק את פעולתה ואת התנהלות ראשיה, יחטיא את המטרה. ישנה חשיבות בהפעלה של מנגנון הקיים בדין, להבדיל מיצירת מנגנון ייעודי חדש, שעלולה להיתפס ככזו שנועדה להבטיח תנאים אופטימליים לגורמים הנבדקים".