הרמטכ"ל אביב כוכבי שוחח לאחרונה עם ראש הממשלה המיועד בנימין נתניהו, באופן חריג עוד לפני שהושבע, והביע את הסתייגותו מהשינויים שדורשות השותפות הקואליציוניות בצה"ל ובמערכת הביטחון. מדובר בין היתר בהכפפת המִנהל האזרחי ומשרד מתאם פעולות הממשלה בשטחים ליו"ר הציונות הדתית בצלאל סמטוריץ', שיכהן כשר נוסף במשרד הביטחון, וכן ביטול סמכות הרמטכ"ל למנות את הרב הצבאי הראשי.
כוכבי ביקש לאפשר לצבא להביע את עמדתו המקצועית לפני כל החלטה או חקיקה, ולתת גיבוי מלא לצה"ל. בנוסף, הביע כוכבי בפני נתניהו את דאגתו העמוקה מפני ההשתלחויות האחרונות בבכירי צה"ל מצד פעילים בגוש נתניהו, באופן שלדבריו פוגע בצה"ל ובמשרתיו. בלשכת נתניהו הודיעו כי לא יתייחסו לשיחותיו עם בכירי מערכת הביטחון, דובר צה"ל מסר הערב מטעם הרמטכ"ל כי בשיחה "סוכם שהחלטות הקשורות לצה"ל יתקבלו לאחר שצה"ל יציג את ההשלכות והמשמעויות הנובעות מהחלטות אלו".
בדבריו על "השתלחויות" בבכירי צה"ל התייחס כוכבי, בין היתר, למתקפה החריפה בשבוע שעבר נגד דובר צה"ל תת-אלוף רן (רנכו) כוכב, אותו האשים יו"ר המועצה האזורית שומרון יוסי דגן בהפיכת היחידה שלו ל"מפלגת שמאל קיצונית". האמירה הזו הובילה כבר לגינוי חריף מצד כוכבי: "כל ניסיון לקשור בין דובר צה"ל לפעילות פוליטית, הינו חלק מקמפיין מכוער שעליו להיפסק באופן מיידי ואין לו מקום - בוודאי לא מטעם נבחרי ציבור", מסר אז הרמטכ"ל, שיפרוש מתפקידו בחודש הבא.
כוכבי הביע כאמור דאגה מהכוונה לפגוע בסמכויות של צה"ל ושל שר הביטחון: בהסכם הקואליציוני בין הליכוד לציונות הדתית נכלל סעיף שקובע כי הקואליציה המיועדת תקדם הצעת חוק שלפיה הרב הצבאי הראשי יוכפף בנושאים הלכתיים לרבנות ולא לרמטכ"ל, וכי הרבצ"ר ימונה על בסיס המלצותיה של ועדה שבראשה יעמוד הרב הראשי הספרדי. ההצעה המדוברת הוגשה כבר בכנסת ה-20, ואחד מיוזמיה אז היה סמוטריץ'. אחת המשמעויות של המהלך, ממנה חוששים בצה"ל, היא אימוץ פסיקות הלכה מחמירות מצד רבנים צבאיים בנושאים שבמחלוקת, כמו השירות המשותף לגברים ונשים, דבר שעשוי להתפרש כגיבוי מתוך הפיקוד הבכיר לחיילים דתיים המתנגדים לכך ועלול לעודד אותם לסרב פקודה.
בציונות הדתית, יצוין, טוענים כבר שנים כי ישנו "כרסום זוחל" בסטטוס-קוו שגורם לפגיעה בזכויות החייל הדתי, ומפריע לו לעמוד במשימותיו במקביל לאמונותיו. לתפיסתם, הרב הראשי לצה"ל אמור להיות שומר הסף בנושאי הלכה, וגורם משמעותי לעיצוב הזהות היהודית של החיילים. במפלגה מלינים גם על כך שמאז שנת 2000 ממונים לתפקיד רק רבנים בדרגת תת-אלוף, ולא אלוף. לשיטתם, מדובר בפגיעה מכוונת מצד מנהיגי המדינה ומפקדי צה"ל, כשהמטרה היא לצמצם את סמכויות הרב הצבאית ולמנות לתפקיד "יס-מנים".
בכיר בצה"ל הביע אתמול דאגה רבה מההצעה הזו. "מדובר בתקדים מסוכן שפוגע ביכולת של הרמטכ"ל לבסס פיקוד ושליטה על הצבא", אמר ל-ynet אותו בכיר, ששמר על עילום שם. "אחדות הפיקוד תיפגע. לא בכדי רק הרמטכ"ל ושר הביטחון מינו לאורך השנים את הרבנים הצבאיים הראשיים. המצב יהיה בלתי נסבל מהותית, עוד לפני שנכנסנו לסוגיות המעשיות. 'חוק יסוד: הצבא' אמור להיות מעל לכל חוק, והוא ייפגע. אחרי שעשו זאת ביהודה ושומרון ובמינהל האזרחי – מפריטים גם את הרבנות הצבאית".
אותו בכיר התייחס בדבריו לדרישה נוספת שנכללת בהסכם עם סמוטריץ', שלצד קבלת תיק האוצר צפוי להתמנות לשר נוסף במשרד הביטחון, עם סמכויות על המנהל האזרחי ומתאם פעולות הממשלה בשטחים. כאחראי על המנהל האזרחי סמוטריץ' צפוי לקדם בין היתר את התכנון והבנייה בשטחי C, וגם ליישם צווי הריסה למבנים לא-חוקיים של פלסטינים. בעוד הטיפול בשטחי A ו-B הוא של הרשות הפלסטינית, המנהל האזרחי נותר הריבון והמטפל הראשי בשטחי C שבהם מתגוררים כ-490 אלף מתנחלים ו-250 אלף פלסטינים. בהסכם נקבע גם כי תשובות המדינה המוגשות לבג"ץ על-ידי פרקליטות המדינה ביחס להתנחלויות יאושרו על-ידי השר הנוסף במשרד הביטחון, כלומר סמוטריץ', בתיאום עם שר הביטחון עצמו ובהסכמת ראש הממשלה.
הסכם נוסף שמפחית מכוחו של צה"ל הוא זה שנחתם מול יו"ר עוצמה יהודית איתמר בן גביר, שקבע כי בין היתר תועבר לשר המיועד לביטחון לאומי האחריות על מג"ב בגזרת יהודה ושומרון, אחריות שעד כה הייתה בידי משרד הביטחון. כיום ישנן 18 פלוגות מג"ב המשרתות באיו"ש תחת פיקוד מלא של צה"ל, שאף מממן את שכר הלוחמים ואנשי הקבע ומתקצב את כל הוצאות הציוד והלחימה עבור יותר מ-2,000 הלוחמים. מג"ב עובד עבור הצבא כזרוע ביצועית, במיוחד מול האוכלוסייה האזרחית במאחזים. לפיכך, העברת האחריות עליו לידי בן גביר תאפשר לו אולי לעכב הריסה של מאחזים לא-חוקיים.