נשיא המדינה יצחק הרצוג אמר כי "העסקה תביא איתה אתגרים קשים ביותר, זו סיטואציה לא פשוטה". הוא הוסיף כי "ברור לכולנו שיהיה עלינו להשתמש בכל ארגז הכלים הביטחוני והמדיני ולעמוד בכל תוקף על האינטרסים הביטחוניים שלנו שיגנו על תושבי ישראל". הרצוג ציין גם כי "יצרנו לנו שעת רצון ואנחנו מוכרחים לממש אותה, יש בעמנו פצע פתוח ומדמם שלא יוכל להירפא עד שכל אחיותינו ואחינו ישובו לנוף מולדתם".