כוחות הביטחון עצרו הלילה (בין שבת לראשון) את המחבל אסאמה בני פדל, שרצח לפני כשלושה חודשים בחווארה את שי סיילאס ניגרקר (60) ובנו אביעד ניר (28), תושבי אשדוד, בזמן ששטפו את רכבם בעיירה שסמוכה לשכם. המחבל, שמתגורר במקור בכפר עקרבה סמוך לשכם, נעצר חמוש בדירת מבוקשים בפעילות משותפת של צה"ל ושב"כ במחנה הפליטים בג'נין, והועבר לחקירת שב"כ.
המחבל נתפס על ידי כוחות גדס"ר במהלך פעילות בג'נין בפיקודה של חטיבה 646, לצד כוחות מג"ב והנדסה. כוחות מילואים הגיעו לבית במחנה הפליטים ופתחו בו בסריקות שבמהלכן איתרו את המחבל בתוך בוידעם מעל דלת שממוקמת מאחורי קיר עם דופן כפולה. הוא התחבא שם כשלצידו רובה M-16, מחסניות ודגל חמאס.
סגירת המעגל של כוחות הביטחון, כשלושה חודשים לאחר פיגוע הירי, התאפשרה אודות לעבודת מודיעין מאומצת של שירות הביטחון הכללי. השב"כ הצליח לאחוז באיתור, גם בחלוף זמן רב, ולהכווין את הכוחות בלילה באופן מדויק לדירת המסתור - מה שמעיד על המודיעין האיכותי שנאסף לקראת המעצר.
הפעילות בג'נין נמשכה כ-14 שעות. חמישה מחבלים חוסלו - חלקם מהאוויר, יותר מעשרה נפצעו ו-21 מבוקשים נעצרו. בנוסף, כלי טיס תקפו חוליית מחבלים חמושה שסיכנה את הכוחות, כמה מחבלים נפצעו, נעצרו והועברו לחקירה. בנוסף הושמדה מעבדת מטענים, וכלי הנדסה חשפו מטענים נוספים מתחת ובצידי הכביש. הכוחות החרימו שני נשקים, תחמושת, מטענים, ציוד צבאי ושני חמ"לי תצפית שעקבו אחר הכוחות.
במהלך פעילות כוחות הביטחון הלילה ברחבי יהודה ושומרון נעצרו שמונה מבוקשים נוספים, ועד כה נעצרו מתחילת המלחמה כ-2,000 מבוקשים ברחבי אוגדת יהודה ושומרון וחטיבת הבקעה והעמקים, בהם כ-1,100 שמשויכים לארגון הטרור חמאס.
גורם ביטחוני הסביר כי מערכת הביטחון "מפעילה לחץ כבד, עם רצף מבצעים גבוה מאוד, שלא נראה שנים במרחב". לדבריו, "הקבוצה החמושה במחנה הפליטים ג'נין תתפרק ותחוסל". גורם נוסף אמר כי "המשוואה השתנתה, יותר מ-18 מבצעים חטיבתיים, 2,000 עצורים ועשרות מחבלים שחוסלו מתחילת הלחימה. אין יותר איפה להסתתר, נמשיך לרדוף אותם בכל מקום מהאוויר ומהקרקע".
הפעילות הנוכחית מתבצעת כחלק מהמלחמה של כוחות הביטחון למניעת טרור בשטחי יהודה ושומרון, במקביל למלחמה ברצועת עזה ולפעילות בצפון הארץ. מדובר בחלק ממהלך רחב ואגרסיבי שמנהלים באוגדת איו"ש ובפיקוד המרכז - לפירוק גדודי המחבלים במחנות הפליטים.
מתחילת מלחמת "חרבות ברזל" בוצעו 12 תקיפות אוויריות באיו"ש. בצה"ל נערכים להסלמה ברחבי יהודה ושומרון בעקבות שחרור המחבלים במסגרת העסקה לשחרור חטופים, והחשש המרכזי הוא מעלייה בהפרות סדר בכפרים ובערים, ועימותים עם כוחות הביטחון לצד פיגועים בצירים וביישובים.
שי ניגרקר ובנו אביעד ניר הגיעו לחווארה ב-19 באוגוסט כדי לתקן את המזגן ברכבם ולקנות אביזרים לרכב, ולאחר מכן הכניסו אותו לשטיפה במכון לשטיפת מכוניות - שאליו הגיע מחבל חמוש באקדח שזיהה אותם כיהודים וירה בהם מטווח אפס לפחות חמישה כדורים. לאחר מכן הוא ברח רגלית מהזירה. הבעלים של מכון השטיפה נעצר על ידי צה"ל.
מחקירת הפיגוע עלה כי הכוחות שפועלים באופן קבוע בחווארה לא שמעו או יצרו קשר עין עם המחבל בחסות הרעש של מכון שטיפת המכוניות שבו אירע הפיגוע. הפיגוע התרחש בזמן התרעות רבות לפיגועים בצפון השומרון שחלקם סוכלו. בזמן השבת כביש 60 שסמוך לחווארה פחות מתוגבר בכוחות צה"ל בגלל נוכחות מועטה של יהודים במקום. השניים לא היו חמושים ושהו בחווארה כבר משעות הבוקר, לפני הפיגוע הקטלני שאירע בסביבות 15:00.
כוחות גדולים של צה"ל הוקפצו לאזור ופתחו במרדף אחר המחבל. הכוחות חסמו צמתים מרכזיים באזור ופירקו מצלמות אבטחה מהכביש, שנוטה להיות עמוס בשעות הצהריים של יום שבת. לפי דיווחים פלסטיניים, בחיפוש אחר המחבל וסייענים שאולי היו, כוחות נכנסו גם לכפר עוריף דרומית לשכם וגם לכפרים הסמוכים ביתא ועווארתא. לפעילות הוקפצו מאות לוחמים וגם כלי טיס שסרקו את מטעי הזיתים הסמוכים לזירת הפיגוע - אך רק היום כאמור המחבל נתפס.