מכתב מ-1942, שנמצא לפני כשנה בארכיון הוותיקן ופורסם בסוף השבוע האחרון, מאשר סופית שלאפיפיור פיוס ה-12 דווח על מחנות ההשמדה במלחמת העולם השנייה - אבל הוא בחר לשתוק. במכתב, שנשלח על ידי נציג הכנסייה בגרמניה הכומר לותר קניג ונמצא בין מכתביו הפרטיים של האפיפיור, נכתב כי לפחות 6,000 בני אדם, "מעל הכול פולנים ויהודים", נהרגים מדי יום במשרפות במחנה ההשמדה בלז'ץ בפולין.
פיוס ה-12, שכיהן בתקופת מלחמת העולם השנייה, הואשם בעבר על-ידי יהודים רבים כי שתק על אירועי השואה או לכל הפחות לא עשה די כדי לעצור אותם.
המכתב, שפורסם על ידי העיתון האיטלקי "קוריירה דלה סרה", כלל נספח המונה מספר אנשי כמורה הכלואים במחנה הריכוז דכאו ליד מינכן, הזכיר את מחנה ההשמדה אושוויץ בפולין ופירט, כאמור, על אלפי הפולנים והיהודים שנרצחים על ידי הנאצים בבלז'ץ. מטרת המכתב, שנשלח ב-14 בדצמבר 1942, הייתה לספר לוותיקן על הרדיפה אחרי הכנסייה בגרמניה. הוא נחשף רק כעת כיוון שלקח לחוקרים זמן להתחקות אחר המחבר, שחתם ב"שלך, לותר", והופנה ל"חבר יקר".
למרות שהחדשות על הזוועות שביצע היטלר הגיעו לאוזניו של האפיפיור פיוס ה-12 לפני אותו מכתב, ערך המידע שהוא מכיל היה חשוב במיוחד מכיוון שהגיע ממקור כנסייה מהימן מגרמניה, "ליבה של שטח האויב". כך הסביר ג'ובאני קוקו, חוקר הארכיון בוותיקן שגילה את המכתב. לדבריו, לא היה מקור אמין יותר לאפיפיור מאשר איש כמורה גרמני, אנשי כמורה שאליהם הרגיש "קרוב במיוחד", ומזכירו האישי, יד ימינו, הכומר הגרמני רוברט לייבר, הוא דוגמה לכך.
החוקר קוקו ציין כי אי אפשר לדעת בוודאות מלאה שהאפיפיור פיוס אכן ראה את המכתב, אך הוא "בטוח ב-99%", מכיוון שהוא נמסר למזכירו האישי, שתמיד היה מפנה את המידע לאפיפיור או מראה לו את המסמכים ישירות.
המכתב משמש ככל הנראה כ"אקדח המעשן", הראיה המובהקת ביותר לטענת חוקרי היסטוריה על כך שהאפיפיור פיוס ידע על השואה בזמן שהתרחשה. כמה חוקרים טענו בעבר כי פיוס לא רצה להתעמת עם היטלר כי חשש יותר מהקומוניזם, האמין שהנאצים ינצחו בסופו של דבר במלחמה ורצה להימנע מלהרחיק מהדת מיליוני קתולים גרמנים או בעלי סימפתיה לנאצים. מנגד, היסטוריונים אחרים טענו שפיוס רק שתק בפומבי כי למעשה אפשר בחשאי לקתולים מקומיים להציל יהודים מהנאצים, וגם כי חשש בעצמו שהבאים בתור על הכוונת של הנאצים הם הקתולים.
התגלית החדשה היא אחד הממצאים המתוקשרים ביותר שנמצאו בארכיונים מאז שהאפיפיור הנוכחי פרנסיסקוס הורה ב-2019 לפתוח את הארכיון של פיוס, ואמר כי "הכנסייה לא מפחדת מההיסטוריה".
ב-2010 טען האפיפיור דאז בנדיקטוס ה-16 כי האפיפיור פיוס ה-12 "הציל בשואה יותר יהודים מכל אחד אחר". בנדיקטוס אמר אז בריאיון לקראת צאת ספרו "אור העולם" כי הוותיקן ערך בדיקה פנימית של המסמכים המתעדים את כהונת פיוס, ולפיה אין תמיכה "לטענות השליליות" נגדו.
ב-2013 טען הסופר הבריטי גורדון תומס כי ממסמכים של הוותיקן שהגיעו לידיו עולה כי פיוס ה-12 עסק בהצלת יהודים. לטענת תומס, הוא קיבל גישה למסמכים של הוותיקן שלא נחשפו בעבר וראיין קורבנות, כמרים ובעלי תפקידים נוספים שקודם לכן שמרו על שתיקה. תומס טען כי מהחומרים שאסף עולה שפיוס נתן את ברכתו להסתרת יהודים במנזרים ברחבי אירופה ופיקח על מבצע סודי של כמרים שסיכנו את חייהם כדי להציל יהודים. כך למשל, טען, קיבלו מאות יהודים באיטליה ו-2,000 יהודים בהונגריה ניירות מזויפים שהציגו אותם כקתולים. עוד מצא, לדבריו, שכ-4,000 יהודים הוסתרו במנזרים באיטליה וקיבלו מזון, בגדים ותרופות.
