לפני כשנה וחצי הגיש עם עזיבתו המשנה למנכ"ל משרד הבריאות לשעבר, פרופ' איתמר גרוטו, דוח שעבד עליו מספר חודשים ואוסף בתוכו ארכיונים הכוללים כתבות, עדויות ומסמכים רפואיים. הדוח נועד לבדוק האם נעשתה פעילות ממסדית וכיצד היו מעורבים בה גורמי הרפואה בפרשת ילדי תימן, המזרח והבלקן בימיה הראשונים של המדינה. במשרד הבריאות בחנו אז את הדוח וגנזו אותו, אך כעת ועדה חדשה שהוקמה צפויה לבחון את הנושא.
משרד הבריאות הודיע הערב (שני) כי שר הבריאות משה ארבל חתם על "כתב מינוי לוועדה לבחינת מעורבותה של הקהילה הרפואית בפרשת ילדי תימן, המזרח והבלקן. הוועדה תבחן את מעורבותה של הקהילה הרפואית בפרשה בין השנים 1954-1948, בהתאם לשנים שנחקרו ונבדקו על ידי ועדות בדיקה וועדות חקירה ממלכתיות שבחנו במרוצת השנים את הפרשה".
לפי המשרד, "הוועדה הוקמה נוכח הביקורת על טיוטת הדוח שכתב צוות פנימי של משרד הבריאות, שאותו ערכה סטודנטית במשרד הבריאות ושנערך על ידי הממונה דאז על מניעת גזענות פרופ' איתמר גרוטו, המשנה למנכ"ל משרד הבריאות דאז". בראש צוות הוועדה תעמוד השופטת (בדימוס) שולמית דותן וחבריה יהיו פרופ' שלמה מור יוסף ופרופ' יעקב קורח.
בשנת 2021 סירב משרד הבריאות במשך חודשים לפרסם את הדוח בטענה שהוא עדיין לא מוכן ושמדובר במסמך לשימוש פנימי בלבד. אחר כך הודלף הדוח לרשת וכלל יותר מ-40 עמודים שעוסקים ב"מעורבותם של אנשי בריאות בפרשת היעלמותם של ילדי תימן, המזרח והבלקן", ובהם מוצלבים מסמכים ועדויות שלפיהם רופאים, עובדות סוציאליות ואחיות היו גורם מתווך באימוץ ילדים, לעיתים ללא מעורבות ההורים הביולוגים.
בדוח מופיעות גם עדויות על תינוקות שמתו ועברו ניתוח. חוקר מהמכון לרפואה משפטית סיפר באחת מוועדות החקירה של הפרשה כי "כל התינוקות עברו נתיחות. ראו בנתיחות הגופות פוטנציאל רב ללימוד". חוקר אחר נשאל האם ביקשו את אישור ההורים והשיב כי "ברוב המקרים לא ידעו של מי הילד וכשהייתה משפחה לא רצו להראות לה את הילד. גומרים את הנתיחה והילד הוא עיסה שלמה, גופה מפורקת לגמרי".
גרוטו עצמו טען שחשוב לפרסם את הדוח, וסיפר ל-ynet בעבר כי "כשמסתכלים על התמונה הכוללת מבינים שהייתה מדיניות והתנהלות ברמה המוסדית שהיא לא תקינה במושגים של היום - התייחסות גזענית, טיפולים וניסויים שניתנו ללא הסכמת ההורים, קבורה בלי לערב את המשפחה וגם מקרים שהוגדרו כחטיפה". במשרד הבריאות החליטו לבחון את טיב הדוח והעבירו אותו לבחינתה של חוקרת היסטוריה רפואית, פרופ' שפרה שוורץ, שדעתה בנוגע לפרשה הייתה ידועה מראש.
בתחקיר של בן כספית שפורסם בערוץ 10 בשנת 2012 נשאלה שוורץ אם מצאה ביסוס לטענה שילדים נחטפו או נעלמו. היא השיבה: "לא מצאתי ולו רמז". כספית שאל גם אם היא משוכנעת שהדברים האלה לא היו. שוורץ ענתה כי "עברתי 40-30 אלף תיקים בשנים האחרונות, לא יכול להיות שלא יתגלה איזה מסמך. אני לא מצאתי במחקר שלי אפילו לא שמץ של רמז שאפשר לפרש אותו בכיוון הזה". גרוטו אמר אז כי "דעתה של פרופ' שוורץ בנושא היא מסוימת וידועה. זה בהחלט מוזר שנתנו את זה לה", ותהה מדוע המסמך לא עבר לחוקר ניטרלי.
בלשכתו של שר הבריאות לשעבר ניצן הורוביץ הקטינו את חשיבות המסמך, אמרו שהוא מבוסס על כתבות, וטענו ש"הועלו שאלות וספקות בעניין טיב המקצועיות של החומר שנאסף". מנגד, גרוטו, שהגיש את הדוח, אמר שמדובר בשקרים: "הדוח לא מבוסס על כתבות אלא על ארכיונים שכוללים עדויות, כתבות ומסמכים רפואיים, שהצגתם יחד מראה שהייתה פעילות מוסדית שאינה תקינה וגזענית".
ואכן כצפוי, בחוות הדעת טענה שוורץ כי "מהתרשמותי הראשונית עולה כי הדוח הינו לכל היותר מסמך דעה ואינו דוח מחקר מבוסס מדעית כמקובל באקדמיה, הדורשת כי בכל עבודה מדעית-ביקורתית יש להביא גם מקורות ומחקרים מקבילים, שונים ואף כאלה הנוגדים את נושא המחקר, כדי להציג תמונה מדעית מלאה לשיפוטו של הקורא".
שוורץ הוסיפה כי "הדוח מתבסס בחלקו הגדול על טיעונים שהוכח מחקרית בעבר כי הוצאו מהקשרם ההיסטורי, או שאין להם בסיס מבוסס מסמכים". שוורץ ציינה בנוסף כי כלל הילדים שבהם מדובר נפטרו. בעקבות אותה חוות דעת בודדה משרד הבריאות גנז את הדוח.
כעת, לאור פנייתו של ח"כ יונתן מישרקי מש"ס לחבר מפלגתו, שר הבריאות משה ארבל, יאלצו במשרד הבריאות לתקן את העשייה המעוותת סביב בדיקת הנושא החשוב, שאלפי משפחות בישראל סוחבות על גבן עד היום - 70 שנה אחרי. בפנייתו לצוות הוועדה החדשה שתבחן את הנושא כתב ארבל: "אבקש מכם לבחון את מכלול המקורות שהתפרסמו לאורך השנים הנוגעים למעורבות הקהילה הרפואית בפרשה. מוצע שתיעזרו במומחים בהיסטוריה של מערכת הבריאות הישראלית, או מומחים אחרים ובכללם העמותות והגורמים המלווים שעוסקים בפרשה".
השר ארבל ציין כי "מדובר בסוגיה רגישה ביותר וכואבת שמלווה מזה שנים רבות את החברה הישראלית. פרשה זו מעלה טענות ושאלות לא פשוטות בדבר מעורבות הקהילה הרפואית בפרשה. לאחר בחינתי את הסוגיה, לאור עבודת הצוות הפנימי בעריכת פרופ' גרוטו והשאלות שעלו בנוגע לכלים שעמדו לרשות עורכי הדוח, מצאתי שנכון יהיה להקים ועדה כאמור לעיל לבחינת הנושא".
עמותת עמר"ם, הפועלת להכרה ואחריות של המדינה בפרשה, מסרה: "משרד הבריאות כבר הקים ועדה אשר הגישה את המלצותיה, אולם הדברים טויחו בצורה בוטה עם מינויה של שפרה שוורץ לתפקיד. יחד עם זאת, אנחנו מקווים כי הוועדה הנוכחית אכן תטפל ברצינות הראויה בנושאים כמו גזענות ממסדית ואחריות המערכת להיעלמותם של הילדים, ולכן בכוונתנו לשתף איתה פעולה ולתרום מהידע שלנו לפעילותה".