אחרי העימותים הקשים בלילה בין כוחות הביטחון למתפרעים בהר הבית, שבמהלכם נעצרו מאות פלסטינים ואזרחים ערבים ישראלים, רוב העצורים שוחררו הערב (רביעי) לביתם. לפי עו"ד מוחמד מחמוד ממרכז המידע ואדי חילווה בסילוואן, 379 עצורים שוחררו "בתנאי הרחקה מאל-אקצא והעיר העתיקה בירושלים". הוא הוסיף כי 61 מהעצורים נשארו במעצר או עוכבו לצורך השלמת חקירה.
אל מול התמונות שהציגו הפלסטינים, שבהן נראים שוטרים מכים את יושבי מסגד אל-אקצא, עצורים פצועים ועצורים שמוספרו על-ידי מדבקות שהדביקה המשטרה על החזה שלהם, בישראל מקפידים להסביר כי כניסתם למסגד הייתה בלתי נמנעת - לאור העובדה שמתפרעים התבצרו שם עם זיקוקים ואבנים. בינתיים, מאז הבוקר לא נרשמו עימותים חריגים בהר, והמבחן העיקרי צפוי בלילה.
במשטרה לא מסרו מספרים מדויקים, אך אישרו כי יותר מ-350 מתבצרים הוצאו במהלך הלילה מהר הבית, בהם רעולי פנים, מיידי אבנים וזיקוקים, ומשחיתי המסגד. "לאחר ניסיונות רבים וממושכים להוציאם החוצה בהידברות ללא הועיל, נאלצו כוחות המשטרה להיכנס למתחם על מנת להוציאם החוצה, בכדי לאפשר את תפילת הפג'אר כסדרה ולמנוע הפרת סדר אלימה בשעות הבוקר", נמסר מהמשטרה. "במהלך כניסת הכוחות יודו לעברם אבנים ונורו זיקוקים רבים בתוך המסגד על ידי עשרות רבות פורעי חוק, ומפרי סדר. המשטרה עצרה מאות חשודים שהתבצרו, בהם כאלו שהתפרעו, ידו אבנים, ירו זיקוקים וחיללו את המסגד. שוטר אחד נפצע ברגלו כתוצאה מאבנים ושוטר נוסף נפצע ברגלו מזיקוק שנורה לעברו בכינון ישיר. המתפרעים גרמו נזק במעשיהם למסגד ותכולתו וחיללו אותו. מטבע הדברים, במעצר של חשודים רבים במקביל, נדרשים אמצעי זיהוי בסיסיים לצורך מעקב, שיוך ממצאים וראיות לחשוד כולל כבודתו של אותו חשוד שמסומנת אף היא. בשעות אלו החשודים נחקרים במשטרה ואנו נמשיך לפעול בנחישות נגד כל מי שינצל מקומות קדושים לפעילות אלימה, התפרעות והפרת הסדר".
בסרטון חדש שפרסם ח"כ אחמד טיבי וצולם לטענתו הלילה, נראים שוטרי מג"ב מובילים את העצורים בזה אחר זה בטור, מעירים להם לשמור על "ראש למטה" - ומכים את מי שלא נענה להנחיות או עונה להם. מהמשטרה טרם התקבלה תגובה לגבי הסרטון.
"'תורידו את הראש', אמר הקלגס לצעירים המוסלמים שנעצרו בתוך המסגד ואז הוא בעט בהם ומיד לאחר מכן חזר הביתה לחגוג את ליל הסדר ערב פסח", כתב טיבי. "ואז תוהים באולפנים מי הסית את הפלסטינים לבצע פיגועים? השוטרים האלה הם המסית החזק ביותר את הצעירים לבצע פיגועים".
ראש הממשלה בנימין נתניהו אמר בהתייחסו לעימותים: "ישראל פועלת לשמור על הסטטוס קוו ולהרגעת הרוחות בהר הבית. מתפללים מוסלמים במסגד אל אקצא מעידים שהקיצונים המוסלמים שהתבצרו במסגד כלאו אותם במקום ומנעו ממוסלמים נוספים להגיע למסגד כדי להתפלל. הם התבצרו במסגד עם אמצעי לחימה, אבנים וזיקוקים.
"לאחר שניסיונות ההידברות של הרשויות נכשלו והקיצונים סירבו לאפשר כניסת מתפללים מוסלמים למסגד, ואף איימו על קיום תפילות הצהריים היום, כוחות הביטחון נאלצו לפעול כדי להשיב את הסדר על כנו. ישראל מחויבת לשמירה על חופש הפולחן, הגישה החופשית לכל הדתות והסטטוס קוו בהר הבית, ולא תאפשר לקיצונים אלימים לשנות זאת".
במקביל, מועצת הווקף בירושלים קראה לציבור המוסלמי להמשיך להגיע לאל-אקצא: "המסגד לא נסגר ולא ייסגר בפני אף אחד לאורך כל ימי ולילות הרמדאן. אנו קוראים לכל המוסלמים והפלסטינים להגיע אל אל-אקצא ולהיות נוכחים בו. אנו מגנים בחריפות את האירועים האכזריים שמבצעת משטרת הכיבוש". בנוסף, הנציג הפלסטיני באו"ם ריאד מנסור יקיים מחר דיון סגור במועצת הביטחון. לפי מנסור, מטרת הדיון, שנקבע לבקשת סין ואיחוד האמירויות, היא "להבטיח שמה שקרה באל-אקצא לא יחזור על עצמו"
אחרי הודעות הגינוי של מצרים, ירדן, סעודיה והליגה הערבית על העימותים בין כוחות משטרה לבין צעירים שהתבצרו במסגד אל-אקצא, גם מרוקו ועומאן גינו את ישראל. בהודעה מטעם משרד החוץ של מרוקו, נכתב כי "מרוקו מדגישה את החשיבות בכיבוד הסטטוס קוו ההיסטורי והדתי בירושלים ואתרי הקודש ובהימנעות מכל פעילויות והפרות שמטרתן רק לפגוע בסיכויים לשלום באזור". ממשרד החוץ של עומאן נמסר כי "הצעדים הללו שנקטה בהם ישראל ופוגעים ברגשות המוסלמים ברחבי העולם כולו והם הפרה בוטה של החוק הבינלאומי".
באיחור ניכר ובולט, גם איחוד האמירויות גינתה את האירועים - אך התייחסה גם לפרובוקציות שביצעו המתפרעים שהתבצרו במסגד, אולי מתוך כוונה לרצות את שני הצדדים. בהודעה שפרסם משרד החוץ האמירתי נכתב: "איחוד האמירויות מגנה בחריפות את הפריצה של כוחות המשטרה הישראלית למסגד אל-אקצא, את הפגיעה במתפללים ומעצר חלק מהם. אנו מבקשים להדגיש את עמדתנו הברורה בצורך לספק הגנה מקיפה למסגד לעצור את ההפרות המסוכנות והפרובוקטיביות בו, כמו גם את ההתבצרויות בתוכו ואת השימוש בנשק ובזיקוקים בתוך בתי התפילה".
גם ראש ממשלת קנדה ג'סטין טרודו התייחס לעימותים, ואמר שהוא "מודאג עמוקות מהרטוריקה המסיתה ומהכיוון שהממשלה הישראלית לוקחת. אנחנו צריכים לראות את הממשלה משנה את הגישה שלה". טרודו הביע דאגה גם מ"האלימות במסגד אל-אקצא". ארצות הברית הגיבה גם היא לאירועים, ודובר המועצה האמריקנית לביטחון לאומי בבית הלבן אמר כי "אנחנו עדיין מודאגים מאוד מהאלימות המתמשכת במסגד אל-אקצא. זה חיוני שישראל והפלסטינים ימתנו את המתיחות". מזכ"ל האום אנטוניו גוטרש ציין כי הוא "מזועזע מהאלימות ומהמכות" של כוחות הביטחון כלפי המתפללים בהר הבית.
בסוף התפילה אמש, סביב השעה 22:00 בלילה, החלו רוב המתפללים המוסלמים במסגד אל-אקצא לעזוב את המקום. כ-400 צעירים, רובם ממזרח ירושלים, החלו להכין ביצורים בתוך המסגד שהם מצוידים באבנים, בקבוקי תבערה וכוורות זיקוקים - תוך שהם מנצלים את מנהג אעתכּאף שבמסגרתו יושבים המוסלמים ימים ארוכים במסגד.כשהמודיעין המשטרתי הבין מה מתרחש, היה ברור כי יש להוציא את המתפרעים מהמסגד. אם לא היו עושים זאת, מסבירים במשטרה, לא רק היהודים היו נפגעים - אלא גם המוסלמים שלא היו יכולים להתפלל בבוקר. מנגד, טוענים המוסלמים, בשעות הבוקר הורשו להיכנס רק מתפללים מבוגרים למסגד.
בסביבות השעה 23:00 החלה המשטרה לנהל הידברות עם המתבצרים במסגד, וגם מול אנשי הוואקף. הניסיון הזה עלה בתוהו במשך כשעתיים, וגורם משטרתי הסביר כי בשלב זה לא ידעו במשטרה מה עוד הם הכניסו למסגד. משלא צלחו ניסיונות ההידברות, סמוך לשעה 01:30, נכנסו שוטרים לתוך המסגד שכבר היה מבוצר לגמרי. כפי שהיה בפעמים קודמות, העימותים שנרשמו בתוכו, שכללו הפרות סדר קשות עם ירי זיקוקים, תורגמו במהרה לסרטונים שהופצו ברחבי העולם הערבי. שני שוטרים נפצעו באורח קל-בינוני במהומות הללו, ומרבית העצורים נעצרו עד לשעה 3:00 לפנות בוקר.
בינתיים, סמוך לשעה 03:10, נורה המטח הראשון לעבר שדרות ושער הנגב. אזעקות נוספות נשמעו גם בשעה 03:32. מהמטחים הללו נפגע גם המפעל בשדרות. כחצי שעה לאחר מכן, סביב 04:00 וכשמסגד אל-אקצא כבר נקי מכל המתפרעים, נתפסו במקום כוורות של זיקוקים, אבנים וכלי ברזל. ב-05:00 החלה תפילת הבוקר במסגד, וב-07:00 החלה עליית היהודים והתיירים להר הבית - אירועים נפיצים שהסתיימו ללא תקריות חריגות. בתווך, סמוך לשעה 06:30, התרחש גל התקיפות הראשון של צה"ל ברצועת עזה, כתגובה לשיגורים, וב-06:53 ו-06:58 נשמעו אזעקות נוספות בעוטף עזה, בשדרות ובמבועים שליד נתיבות. דקות לאחר מכן תקף צה"ל שוב, ומאז נרשמה רגיעה.