בג"ץ קבע היום (א') כי על המדינה לקבל החלטה בעניינם של מבקשי מקלט יוצאי חבל דרפור וחבל הרי הנובה והנילוס הכחול עד לסוף השנה. אם המדינה לא תכריע בנושא, יונפקו תעודות תושב ארעיות למבקשי מקלט שהגישו את בקשתם עד ליוני 2017.
בהחלטה שניתנה פה אחד קבע בית המשפט העליון כי על המדינה לקבל החלטה כלשהי בעניין מבקשי המקלט המדוברים, בין אם באמצעות הכרעה בבקשות המקלט או באמצעות גיבוש פתרון אחר, כולל מתווה שיאפשר את יציאתם של מבקשי המקלט מישראל. ההחלטה על הנפקת תעודות תושב ארעיות החל מסוף השנה – אם לא המדינה לא תכריע בנושא – ניתנה בדעת רוב של הנשיאה אסתר חיות והשופט ג'ורג' קרא וכנגד דעתה של השופטת יעל וילנר. מדובר בסך הכל ב-2,445 מבקשי מקלט מאזורים אלה.
בית המשפט סקר את אופן הטיפול בבקשות המקלט של יוצאי חבל דרפור וחבל הרי הנובה והנילוס הכחול, אזורים שבהם בוצעו מעשי אלימות קשים במעורבות השלטון, וקבע כי המדינה נקטה "גרירת רגליים". זאת באה לידי ביטוי בנימוקים המשתנים שהוצגו לאורך השנים כדי להסביר את העיכוב בהכרעה בבקשות המקלט.
תחילה נמסר לבית המשפט כי מדיניות כוללת ביחס למבקשי המקלט תגובש רק לאחר שתתקבל הכרעת בית המשפט בעניין אחר שעמד בפניו. משניתן פסק דין באותו עניין, הוחלט להעניק מעמד מטעמים הומניטאריים ל-800 יוצאי דרפור בשלוש פעימות בין השנים 2018-2017, אך לא גובשה מדיניות כללית ביחס לכלל מבקשי המקלט.
בחודש אוקטובר 2018 הודיעה המדינה כי בכוונתה להכריע בבקשות המקלט בהתאם לנסיבות הפרטניות של כל מקרה ולשם כך אף החלה לקיים ראיונות למבקשים. עם זאת, לאחר קיום מאות ראיונות לא הוכרעה ולו בקשת אחת, ובחודש יולי 2019 החליט שר הפנים אריה דרעי להקפיא לחלוטין את הטיפול בבקשות. זאת לנוכח התמורות הפנימיות המתרחשות בסודן, אשר לגישת דרעי אינן מאפשרות הכרעה בבקשות המקלט בעת הזו.
בית המשפט עמד על כך שרשות מינהלית נדרשת להפעיל את סמכויותיה במהירות הראויה. הוא ציין כי סקירת אופן הטיפול בבקשות המקלט מלמדת כי שר הפנים, שלו נתונה סמכות ההכרעה, חרג ממתחם המהירות הראויה, באופן שיש בו משום "שיהוי מנהלי".
"עיכוב זה גרם נזק משמעותי למבקשי המקלט שנתונים מזה שנים רבות בערפל ביחס לשאלת מעמדם", נכתב בהחלטה, "לפיכך הורה בית המשפט כי עד סוף שנת 2021 על המדינה למצוא פתרון למבקשי המקלט יוצאי חבל דרפור וחבל הרי הנובה והנילוס הכחול, בין אם על ידי הכרעה בבקשות המקלט ובין באמצעות גיבוש פתרון אחר, דוגמת הענקת מעמד מטעמים הומניטאריים או מתווה שיאפשר את יציאתם של מבקשי המקלט מישראל, לרבות חזרתם לסודן".
הנשיאה חיות קבעה כי ככל שלא יימצא פתרון עד יום 30.12.2021, יונפק, בכפוף להיעדרה של מניעה פלילית או ביטחונית, רישיון לישיבת ארעי למבקשי מקלט שהגישו את בקשתם לפני יוני 2017. עוד הודגש כי מעמד זה ניתן לשלילה ככל שיוחלט לדחות את בקשתו של מבקש המקלט.
השופטת וילנר סברה כי אין מקום להעניק תעודה כזו גם אם לא יימצא פיתרון אחר. לגישתה, הסעד של בית המשפט אמור להינתן באופן פרטני ורק לאחר בחינה של התאמת הנסיבות לקריטריונים הקבועים בחוק.
עו"ד תומר ורשה, שהגיש את אחת העתירות בשם קהילת הדרפורים בישראל, אמר: "זהו יום מוצלח ביותר עבור זכויות האדם בישראל ומבקשי המקלט מדרפור בפרט. גם שר הפנים כפוף לחוק, בית המשפט העליון קבע היום במפורש כי לא ניתן לעשות שימוש לרעה בסמכות ולהימנע משך שנים רבות מהכרעה בבקשות מקלט. לא מדובר בשינוי מדיניות ההגירה של ישראל, אלא במענה ראוי למחדל מתמשך".