בחמאס טענו הערב (חמישי) כי במסגרת הפסקת האש מול ישראל הושגו "ערבויות" בנוגע לסכסוך בשכונת שייח ג'ראח שבמזרח ירושלים - שם התכוונו הרשויות לפנות כמה משפחות פלסטיניות - וכן בנוגע למסגד אל-אקצא. בצל האזהרות ששיגרו פוליטיקאים בימין לראש הממשלה בנימין נתניהו, למקרה שבו כן יושגו כאלו הסכמות, בישראל מיהרו להכחיש את הטענות הללו.
בכיר חמאס, אוסאמה חמדאן, התראיין לאחר ההגעה להסכמה על הפסקת אש וטען כי מדובר בניצחון לארגון הטרור. "ההתנגדות מוכנה לכל התפתחות", אמר בריאיון לערוץ "אל-מיאדין" הלבנוני. "קיבלנו ערבויות מהמתווכים על כך שהתוקפנות על עזה תיפסק, כמו גם ערבויות על כך שתוסר ידה של ישראל משייח ג'ראח ומסגד אל-אקצא. ההתנגדות רשמה ניצחון חדש ומשוואה חדשה".
בישראל מיהרו כאמור להכחיש את טענותיו של חמדאן. גורמים בירושלים טענו: "דיווח שקרי לחלוטין. ההסכם להפסקת אש הוא ללא התניות. הדיבורים על הסכמות על ירושלים ושייח ג'ראח הם מופרכים ושקריים".
ההחלטה הישראלית על הפסקת אש התקבלה הערב על ידי שרי הקבינט. הדיון נמשך כמעט שלוש שעות, וכבר במהלכו הודיע גורם בחמאס כי הרגיעה תיכנס לתוקף מחר. בהמשך דווח מפי גורם בכיר בארגון הטרור כי הפסקת האש תחל הלילה (בין חמישי לשישי) בשעה 02:00.
בדיון בקבינט כל הגופים המקצועיים והביטחוניים המליצו לסיים את המבצע ולצאת להפסקת אש. לא היה אף שר שהציע להמשיך את הלחימה, לאור הנתונים שהוצגו בדיון על ידי גורמי הביטחון. לפי אותם גורמים, "חמאס מורתע כעת וחטף מהלומות קשות. שלילת היכולות גבוהה". ההמלצה של גופי הביטחון הייתה לסיים את המבצע כי לדבריהם ההישגים של ישראל מוצו והיעילות של תקיפות צה"ל במיטבה.
בתוך כך, דובר הזרוע הצבאית של חמאס מסר: "עמנו בירושלים, בגדה, בעזה ובכל מקום. מערכת 'חרב ירושלים' (השם של המערכה בעזה, א.ל) הייתה לשם הגנה על כיוון התפילה הראשון שלנו. נכנסנו למערכה בכל הכבוד והיכולת. כולם צפו בניצחון האדיר. לא היינו יכולים לוותר על ההגנה על ירושלים ואל-אקצא, על עמנו בשייח ג׳ראח".
הדובר המשיך: "כל העולם צפה באויב שתוקף מבנים ומגדלים אזרחיים. האויב לא מבין את שפת העמים השואפים לחירות. הכנו את עצמנו היטב למערכה הזאת, ויש בידינו עוד הרבה אם הציונים יצאו נגד עמנו".
לשרים נמסר כי בשלב השני אחרי הפסקת האש המצרים ינסו להגיע להסדרה מול חמאס - אך שרים בדיון העריכו שבסוף הדבר לא יקרה, וזאת בשל התנאים הרבים שישראל הציבה - מניעת התעצמות חמאס והחזרת השבויים והנעדרים - מול התנאים שמציב חמאס - כניעה בסוגיות ירושלים, אל-אקצה ושייח ג'ראח.
מלשכת נתניהו נמסר הערב כי הקבינט אישר פה אחד את המלצת כל גורמי הביטחון, הרמטכ"ל, ראש השב"כ, ראש המוסד וראש המל"ל, ולפיה יש לקבל את היוזמה המצרית להפסקת אש דו-צדדית ללא כל תנאי. בהודעה נמסר כי הישגי ישראל במבצע היו "חסרי תקדים", ועוד נאמר: "הדרג המדיני מדגיש שהמציאות בשטח היא שתקבע את המשך המערכה".
העימותים בשכונת שייח ג'ראח פרצו על רקע האפשרות של פינוי כמה משפחות ערביות המתגוררות במקום. לאחר הפגנות אלימות שכללו פציעות ומעצרים, ביום ראשון האחרון שבעה לוחמי ולוחמות מג"ב נפצעו בפיגוע דריסה בשכונה, סמוך למוקד ההפגנות השבועי בתקופה האחרונה.
אחד הלוחמים נפצע ברגלו מירי חברו. המפכ"ל יעקב שבתאי הגיע לזירה, וגם לאחר הפיגוע - התפתחו במקום עימותים בין שוטרים לבין תושבים ערבים.
לפי הכרעת בית המשפט המחוזי בירושלים, שמבוססת על חוק הסדרי משפט ומנהל משנת 1970, תושבים פלסטינים שמתגוררים זה עשרות שנים בשכונה נדרשו לפנות את בתיהם לטובת תושבים יהודים. המקרה הנוכחי מתייחס לשמונה משפחות, שבע מהן ערערו לעליון. על רקע המהומות המתוחות, בעליון דחו את הדיון וההכרעה בנושא.