כבר בשיחת הוועידה הראשונה שלו כמפכ"ל הופתע רב-ניצב קובי שבתאי מהביקורת שהוטחה על סבב המינויים שקיים. אלא שעל ה"זובור" שהוא קיבל בשיחת הוועידה עם כל הניצבים הוא לא חלם.
רגע אחרי שהקריא את רשימת המינויים החדשים היה זה מפקד המחוז הדרומי, ניצב יורם סופר - שבסבב הנוכחי עובר לפקד על מחוז חוף - שאמר: "אני רציתי את ירושלים. הייתי מוכן לעבוד בירושלים". סופר, שהימם את כל הניצבים בשיחה, המשיך עוד להטיח ביקורת על המינויים עד שבסופו של דבר היה זה שבתאי שהגיב "שמעתי אותך. היה דיון שיבוצים וזה לא דיון לטלפון".
סופר אמר לשבתאי בשיחה שהתקיימה עוד קודם לכן שהוא לא רוצה את תפקיד מחוז חוף, אבל ישרת בו בלית ברירה. לחבריו אמר: "למה הוא שיקר לשר ואמר שאף ניצב לא רוצה את ירושלים? יש לך מפקד מחוז שרוצה לפקד על העיר, אז לקחת תת-ניצב בתפקיד ראשון? בגלל אינטרסים אישיים? זו לא משטרה פרטית".
בקרב הקצונה הבכירה נשמעת ביקורת לא מעטה, כפי שהייתה גם בעבר כנגד מפכ"לים אחרים, בנוגע למינויים שביצע שבתאי. עיקרה מתייחס לשני מינויים משמעותיים שביצע שבתאי: מינויו של סגן ראש אגף ההדרכה אמיר כהן למפקד מג"ב, ושליחתו דווקא של סגן מפקד מג"ב תת-ניצב עוזי לוי לתפקיד מפקד מחוז ש"י.
אך הביקורת הגדולה ללא ספק היא על מינוי של תת-ניצב דורון תורג'מן, אחרי תפקיד אחד בלבד כמפקד מרחב קדם, לתפקיד היוקרתי והקשה של מפקד מחוז ירושלים. לזכותו של שבתאי ייאמר שהוא האמין באנשים הללו, וגם הוא שמע את הביקורות בשיחות אישיות שניהל עם הניצבים.
קצין נוסף שהביע אכזבה ממינויו הוא תת-ניצב עוזי לוי שמונה לפקד על מחוז ש"י. גם הוא הבהיר לשבתאי שאחרי ארבע שנים בתפקיד סגן מפקד מג"ב הוא מצפה לפקד על החיל ולא על מחוז ש"י – ואולם גם בקשתו לא התקבלה.
יש לציין כי שבתאי מצוי בבעיה כשחלק גדול מהניצבים לא הסכים לפרוש מרצון, מה שאילץ אותו לתמרן בין הניצבים המכהנים.
במשטרת ישראל סירבו להתייחס לדברים.