שר הביטחון המיועד, יואב גלנט, שותק כבר ימים ארוכים ולא מגיב לפרסומים השונים על הסמכויות שיקבל בצלאל סמוטריץ' במשרד הביטחון. לפי ההסכם הקואליציוני שפורסם הבוקר, התפקיד שיקבל סמוטריץ' או מי מטעמו במשרד הביטחון יהיה מעין משרד בתוך במשרד: לשר הביטחון, למשל, לא יהיו סמכויות בכל הנוגע למינוי מתאם פעולות הממשלה בשטחים וראש המינהל האזרחי. בנוסף, וכפועל יוצא מכך, נלקחות ממנו סמכויות רבות שנוגעות להתנחלויות ביהודה ושומרון - כמו אישורי הבנייה בהן.
ראש הממשלה יאיר לפיד תקף הבוקר את ההסכם, ומסר כי "לפי ההסכם בין הליכוד לציונות הדתית, סמוטריץ' ימנה את מתאם הפעולות בשטחים ואת ראש המנהל האזרחי, אלוף ותת-אלוף בצה"ל שעד היום מונו בידי הרמטכ"ל. נתניהו מכר את צה״ל לחרד"לים". יש לציין כי שר הביטחון אמנם היה אחראי עד כה על מינוי השניים - אך המינוי עצמו היה בסמכות הרמטכ"ל. בנוסף, תפקידם של רסאן עליאן ופארס עטילה שמכהנים בתפקיד כיום צפוי להסתיים רק בעוד שנתיים.
הרמטכ"ל לשעבר, גדי איזנקוט, תקף גם הוא וטען כי "ההסכם בין הציונות הדתית לליכוד הכולל העברת סמכויות גורפת לידי שר שאינו שר הביטחון, והוא מעשה חסר תקדים בתולדות צה"ל ומערכת הביטחון. הוא מהווה חתירה תחת סמכות ואחריות שר הבטחון והרמטכ"ל, והפיכת הייעוץ המשפטי לייעוץ פוליטי במקום ייעוץ מקצועי וממלכתי".
ההסכם בין הציונות הדתית לליכוד אכן צפוי לשנות את כל תפיסת ההפעלה של הממשלה בשטחים: אמנם מדובר רק בהסכם עם ראשי פרקים ועוד מוקדם לדעת איך יעברו מהמילים לשטח, אבל בלב ההסכם משולבים שינויים דרמטיים עבור ההתיישבות - וחלקם אפילו כתובים בסוגריים. קובי אלירז, מי שהיה יועץ שר הביטחון לענייני התיישבות, הסביר כי "אם זה יתבצע, זה שינוי ואפילו סוג של מהפך".
בסעיף 21.3 נכתב כי "מתפ"ש ומנהל אזרחי יקבלו את הייעוץ המשפטי ביחס לכלל הפעולות המבוצעות על ידם מאגף היועמ"ש למערכת הביטחון. ראש הממשלה ינחה את שר הביטחון להנחות בעניין את הגורמים הרלוונטיים. לשם כך ליחידת יו"ר באגף היועמ"ש למערכת הביטחון יוקצו 7 תקנים של יועמ"שים, אשר יוקצו לטובת מינהלת ההתיישבות ושטחי הפעולה של השר". בסעיף הזה, למעשה, מנטרל סמוטריץ' כמעט לחלוטין את היועמ"שים של המינהל.
הרקע לסעיף הוא שבמקרים רבים בעבר נבלמו יוזמות של מתנחלים על-ידי יועמ"ש של המנהל, שנתן הסבר משפטי מקשה. לא מעט גורמים בהתנחלויות טענו בעבר כי יועמ"ש מנהל הוא לעומתי לראשי המועצות ביש"ע, ואין ברצונו לקדם דברים. כעת המצב ישתנה, ותפקידו יהיה חסר שיניים לחלוטין: סמוטריץ' יביא יועצים משפטיים משלו, ובכך יגבש חוות דעת בהתאם לקידום פעולות בהתיישבות.
כהמשך לכך, סמוטריץ' לוקח אחריות בהסכם על כמעט כל הגשת בג"ץ עתידית של פלסטינים או ארגוני שמאל - ולמעשה אומר כי "תשובות המדינה המוגשות לבג"צ על-דיי פרקליטות המדינה יבוצעו בתיאום השר במשרד הביטחון". הדבר יעמוד למבחן כבר בקרוב: עד ל-22 לדצמבר צפויה המדינה להגיש את תשובתה לבג"ץ חומש, שאותו הגישו פלסטינים וארגוני שמאל. השהייה בחומש אסורה על פי חוק ההתנתקות, והמדינה צריכה לספק הסברים מדוע יש שם ישראלים. בתשובה הזו, בין היתר, תהיה לסמוטריץ' השפעה. בנוסף, גם תשובת המדינה למאחז הבלתי חוקי הבדואי חאן אל אחמר צפויה להינתן בתחילת פברואר.
סעיף נוסף ודרמטי לא פחות הוא סעיף 21.7, שבו נכתב כי "למען הסר ספק יובהר כי כל הסמכויות למתן אישורים של שר הביטחון בנושאים האמורים יהיו באחריות השר. סמכות זאת תופעל בתיאום ובהסכמה עם ראש הממשלה (לדוגמה, הסמכויות האמורות בהחלטת ממשלה 150)". החלטה 150 אומרת למעשה כי כל הרשאה חדשה לתכנון והקצאת קרקע לבנייה על אדמות מדינה תבוצע רק לאחר אישורו של שר הביטחון. ועדת התכנון לא תדון בתכנית מתאר אלא לאחר קבלת אישור שר הביטחון - ולא תיתן תוקף לתכנית זו, אלא באישורו.
במילים אחרות, כל מה שקשור באישורי בנייה עובר לידיו של השר במשרד הביטחון. אגב, בהחלטה 150 נכתב עוד כי "נושאים של מדיניות כוללת בנושאי ההתיישבות, סלילת כבישים והצעות להקמת יישובים חדשים, יובאו לדיון ולהחלטת ממשלה".
יש לציין שלכל הסעיפים הללו הוצמד סייג, והוא שהכול ייעשה "באישור או בתיאום או בהסכמת ראש הממשלה". זו דרכו של נתניהו לשמר לעצמו את היכולת להרים דגלים אדומים לעצור. אבל השינוי הוא שרכבת ההתיישבות נוסעת והוא זה שיצטרך לעצור אותה - בניגוד לעבר, שבו הרכבת עמדה בתחנה ויצאה לנסיעות קצרות.
