פעילות המעצרים של כוחות צה"ל שבוצעה הלילה (בין רביעי לחמישי) בכפר ואדי בורקין הסמוך לג'נין, שהסתיימה במעצרם של שלושה מבוקשים וחיסול שני מחבלים במהלך חילופי אש, ארכה בסך הכול שעה.
קצת לפני השעה 2:00 בלילה, נכנס לכפר כוח מסתערבים של יחידת דובדבן יחד עם כוח של סיירת חרוב השייכת לחטיבת כפיר. בתחילה, כוח דובדבן נכנס לביתו של פעיל הג'יהאד האיסלאמי ואסם פאיז שהוביל פיגועי ירי בשומרון ותכנן לפוצץ מכונית תופת. פאיז נעצר ללא התנגדות, אך לאחר מכן הכוחות נתקלו בירי מדויק ומסיבי שנורה לעברם על ידי חמושים.
פאיז, כך לפי החשד, עמד מאחורי תכנון פיגוע מכונית תופת באזור מבוא דותן לפני שבוע וחצי. המכונית התפוצצה לפני הזמן המיועד וכובתה על ידי צוות כיבוי פלסטיני. בהמשך התגלו בה בלוני גז - שרק אחד מהם התפוצץ.
הלוחמים שנכנסו לכפר השיבו ירי לעבר החמושים שפתחו באש לעברם, ובמהלך חילופי האש חוסלו כאמור שני מחבלים - מוחמד אל-סעדי, מפקד שטח בחטיבת ג'נין וחבר הג'יהאד האיסלאמי, ונעים זביידי - בן דודו של המחבל זכריא זביידי ופעיל בגדודי אל-אקצא בג'נין. סעדי היה מפקד מוכר שאחראי לחימוש פעילים ולפיגועי ירי לעבר כוחות הביטחון, וגם זביידי היה מעורב בפיגועי ירי. חוץ מהם, נפצעו יותר מ-10 פלסטינים בחילופי האש.
במהלך הפעילות, הכוחות זיהו רכב חשוד ובו חמוש. הלוחמים עצרו אותו והחרימו את נשקו. לא היו נפגעים בקרב החיילים, שיצאו מהכפר קצת לפני השעה 3:00 בלילה.
ראש הממשלה יאיר לפיד בירך את הכוחות על הפעילות הלילה, ואמר כי "דווקא בימים סוערים אלה, בהם גורמים חסרי אחריות מנסים לגרור את צה"ל לוויכוח קיצוני ולהסית חיילים נגד מפקדיהם, אני רוצה להביע הערכה לכוחות הביטחון". לפיד הוסיף כי "זו הדרך להילחם בטרור, זו הדרך להגן על אזרחי ישראל".
במערכת הביטחון פעלו לעצור את פאיז באופן מיידי משום שתכנן לבצע שורה של פיגועים משמעותיים מאוד בשטחי יהודה ושומרון. פעיל נוסף של הג'יהאד האיסלאמי שנעצר הלילה הוביל פיגועי ירי בשומרון לצד פאיז ותכנן גם הוא פיגועים נוספים.
דובר הג'יהאד האיסלאמי, טארק עז-אלדין, אמר על חיסול המבוקשים כי "בגאווה רבה אנחנו חוגגים את מות שניים ממנהיגנו הבולטים - מפקד גדוד השדה מוחמד אל-סעדי והשהיד האמיץ, האסיר המשוחרר ואיש הצללים הגדול של ההתנגדות, המפקד נעים זביידי, שהפך לשהיד בפעולה שבוצעה על-ידי הכוחות המיוחדים הציוניים במחנה הגיבור ג'נין".
מזכיר תנועת פת"ח בג'נין, עטא אבו-רמילה, הכריז על שביתה כללית בעיר. הוא התייחס גם למעצר של פעיל חמאס שהתרחש אתמול בעיירה יעבד הסמוכה לג'נין ובמהלכו נהרג פלסטיני אחד בחילופי אש, ואמר כי "אנו אבלים על השהידים של מחנה הפליטים ג'נין ויעבד".
בסך הכול נעצרו במהלך הלילה תשעה מבוקשים בחמישה כפרים שונים ביהודה ושומרון במסגרת מבצע "שובר גלים". צה"ל פתח במבצע שנועד למגר את תשתיות הטרור ביהודה ושומרון בעקבות הסלמה במצב הביטחוני בחודש מרץ האחרון, שכללה שורת פיגועים בבאר שבע, חדרה ובני ברק שבהם נרצחו 11 ישראלים. במהלך המבצע, כוחות הביטחון עצרו מאות מבוקשים וחיסלו עשרות, מה שהוביל לחילופי אש כמעט יום יומיים באזור ג'נין ושכם.