בכיר בצה"ל אמר הבוקר (יום שלישי) כי במהלך חיסולו של איברהים אל-נבולסי נורו טילי לאו לעבר המבנה שבו שהה, ובסופו של דבר נורה גם טיל מטאדור - שגרם לקריסת המבנה ולמותו של המחבל ושל סייען שהיה עמו. בהמשך דיווחו הפלסטינים על הרוג נוסף, לצד עשרות מחבלים נוספים שנפצעו.
לפני שנהרג, אל-נבולסי היה הראשון לפתוח באש על כוחות הימ"מ, שפשטו על המבנה בלב הקסבה של שכם לפנות בוקר. הכוח פתח בנוהל "סיר לחץ" שכלל ירי מנשק קל ובהמשך גם טילים. במהלך הקרב נשלח לאזור כלב של יחידת הימ"מ - שנורה ומת מפצעיו. גופתו פונתה בהמשך הקרב. לא היו נפגעים מקרב אנשי כוחות הביטחון.
בעקבות חילופי האש, מושל שכם הכריז על שביתה כללית בכל העיר - ובית החולים ברפידיא קרא לתושבים לבוא ולתרום דם עקב ריבוי הפצועים. הפלגים הפלסטיניים אף קראו לתושבים לצאת למוקדי החיכוך ביהודה ושומרון ולהתעמת עם כוחות הביטחון.
בחיסולו של אל-נבולסי השתתפו אנשי ימ"מ, צה"ל ושב"כ, שסיפק את המודיעין על מיקומו. הכוחות כיתרו את הבית שבו שהה אל-נבלוסי, החבר הרביעי בחוליית מחבלים שחוסלה בפברואר האחרון, והוא סירב לדרישתם להסגיר את עצמו. במקום התפתחו חילופי אש בין חמושים לכוחות הביטחון, וסייען של אל-נבולסי שהיה עמו בבית נהרג.
ברשתות החברתיות פורסמה הקלטה שמיוחסת לאל-נבולסי, שאותה הקליט בזמן שהתבצר בבית, ובה הוא נשמע אומר: "אני אוהב אתכם, אני הולך למות כשהיד חברים. אני אוהב את אמי, תשמרו על המולדת. אל תעזבו את הרובה, אני במצור והולך למות מות שהיד".
אל-נבולסי - שהצליח להימלט מצה"ל אחרי שחברי החוליה שלו חוסלו - היה מעורב בכמה פיגועי ירי לעבר אזרחים ולוחמי סיירת גבעתי באזור שכם ובמתחם קבר יוסף. המידע על מיקומו הועבר משב"כ לימ"מ בעקבות מודיעין שנאסף במשך תקופה ארוכה. צה"ל אבטח את הצירים שמסביב למקום שבו הסתתר המבוקש ובודד את הזירה עבור כוחות ימ"מ, שכיתרו את הבית. אל-נבולסי ירה ביחד עם חמושים נוספים לעבר הלוחמים מתוך הבית, ואילו לוחמי ימ"מ ירו לעבר הבית והשתמשו באמצעים מיוחדים שכללו טילי כתף.