משרד החינוך מפלה בין תלמידים שמוריהם הפרו את עיצומי ארגון המורים והעבירו את ציוני המגן לאגף הבחינות במשרד, לבין תלמידים שמוריהם לא העבירו ציונים במסגרת העיצומים.
הורים לנערים בתיכון התלוננו כי תלמידים שמוריהם העבירו למשרד החינוך ציוני מגן, למרות עיצומי ארגון המורים, קיבלו את ציוני בחינות הבגרות של מועד החורף ויוכלו להחליט האם לגשת למועדי ב' כדי לשפר את הציון. אך תלמידים שמוריהם שלא העבירו את הציונים, בשל העיצומים, לא קיבלו את ציוני הבחינה.
אם לתלמיד תיכון בקריית אונו אמרה כי משרד החינוך פוגע בתלמידים שמוריהם פעלו בהתאם להנחיות הארגון שמייצג אותם: "ישנם תלמידים שקיבלו אתמול את הציונים וישנם שלא. משרד החינוך מסרב לפרסם את ציוני המבחנים ללא קבלת ציוני ההגשה מבתי הספר", אמרה.
לטענתה, "שוב מנצלים את הילדים ככלי ניגוח בין הארגון למשרד החינוך והאוצר. שוב ושוב פוגעים בהם פגיעות בלתי הפיכות. הילדים כרגע אינם יודעים האם עליהם לגשת למועד ב' או לא. יש לזכור שחלק גדול מהם צפויים להתגייס עוד באוגוסט למצב לא ידוע, ואין להם עוד הזדמנויות רבות לפעול בנושא ציוני הבגרות שלהם. חשוב לציין כי חלק מהילדים תלויים בקבלת ציונים אלו לשיבוצם בצבא ולקבלה לתוכניות עתודה".
משרד החינוך מסר: "המשרד מצר על הפגיעה הקשה בתלמידי ישראל, בשל עיצומי ארגון המורים. באשר לפרסום ציוני הבחינות: המשרד הודיע מראש לבתי הספר כי בהתאם לחוזר מנכ"ל טוהר הבחינות, ללא דיווח הציון השנתי של התלמיד למערכות המשרד - התלמיד לא יוכל לקבל את ציון הבחינה. עם העברת הציון השנתי של התלמיד המשרד יעביר לתלמיד את ציון הבחינה".
ממועצת התלמידים הארצית נמסר: "שוב אנו עדים לפגיעה נוספת בתלמידים בשנה הקשה הזו. תלמידי התיכונים היום אינם יודעים את מצבם הלימודי, זאת כתוצאה מזה שתלמידי התיכונים לא קיבלו ציונים כבר קרוב לשנה, וניגשים לבגרויות כאשר הם אינם מודעים לנקודות החוזקה והחולשה שלהם. למעשה כשאנחנו לא מקבלים את ציוני הבחינות, אנו לא מקבלים את האינדיקציה האפשרית היחידה שיש לנו שמשקפת את המצב הלימודי ואת הצורך לגשת למועד ב׳ -אם ובכלל. אנו מצפים ממשרד החינוך להבנה וצמצום הפגיעה המתמשכת ככל הניתן בתלמידים, שנובעת ממשבר שמתנהל על חשבון הגב שלנו ועתידנו".