היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב מיארה, הגישה הערב (רביעי) לבג"ץ את תגובתה על העתירות הדורשות לחייב את הממשלה להקים ועדת חקירה ממלכתית למחדל 7 באוקטובר. היועמ"שית ציינה כי הכלי הראוי לבדיקת האירועים הוא ועדת חקירה ממלכתית וכי על הממשלה חובה להתכנס ולדון בדרך בדיקת האירועים. "עם זאת", כתבה, "הואיל והממשלה טרם דנה בנושא, ממילא טרם בשלה העת לדון בגוף הדברים במסגרת הביקורת השיפוטית" - ובכך הודיעה כי היא מתנגדת לעתירות.
"השאלה שעל הפרק איננה אם נדרש לחקור את אירועי 7 באוקטובר ומלחמת חרבות ברזל, אלא מהו היקף החקירה, מהו המנגנון הנכון ומה העיתוי המתאים לתחילת פעילותו" כתבה היועמ"שית בתשובה שהגישה. "נמצאים אנו בחלוף כשנה וחודשיים מאירועי 7 באוקטובר. עם חלוף הזמן, ובשים לב לשינויים בתמונת המצב בהקשרי הלחימה, הולך וגובר משקלו של הצורך בדיון סדור ומעמיק בסוגיות אלה. כך גם גובר משקלו של הצורך בחקירה אפקטיבית שתוכל לסייע בהפקת לקחים במבט צופה פני עתיד, ולשקם את אמון הציבור במערכות".
היועמ"שית אמרה לשופטים כי לשיטתה "ועדת חקירה ממלכתית היא באופן מובהק הכלי המשפטי המתאים בחוק" לחקירת המחדל. לדבריה, "עצמאותה המקצועית המלאה – הוא ההולם את תכליתה של החקירה, את מאפייניה חסרי התקדים, את הנסיבות החריגות והקיצוניות שעליה לחקור, כמו גם את חשיבותה הציבורית ואת חיוניותה". למרות זאת, כתבה בהרב-מיארה לשופטים כי אין להתערב בשלב זה, שכן הממשלה עדיין לא עסקה בנושא.
על הדיון בממשלה על אופן חקירת אירועי 7 באוקטובר, כתבה היועמ"שית כי "בשים לב לחלוף הזמן ולצבר הנסיבות החריגות והייחודיות – כמו גם להיעדר המחלוקת בדבר עצם הצורך בחקירה מערכתית – קיים קושי באי-הבאת הנושא לדיון במליאת הממשלה, ודחייתו למועד לא ידוע ובלתי מוגדר. אשר על כן, במישור התהליכי, קמה חובה על הממשלה – שהיא הגורם המוסמך על פי חוק להכריע בסוגיה – לקיים דיון בנושא במועד קרוב ולקבל החלטה סדורה, תוך התייחסות לכלל השיקולים הצריכים לעניין".
בתגובתה, ניתחה בהרב-מיארה את היקף שיקול הדעת של הממשלה אם להקים ועדת חקירה וכן את היקף הביקורת השיפוטית שיכול בג"ץ להפעיל על החלטה זו. היא ציינה כי בג"ץ קבע בעבר שסמכות הממשלה להקים ועד חקירה הינה סמכות רשות ולא חובה, וכי הביקורת השיפוטית על החלטה כזו היא מצומצמת וחריגה ביותר.
לדבריה, כפי שקבע בעבר בג"ץ, התערבות בהחלטת ממשלה על הקמת ועדת חקירה היא "במקרים חריגים ונדירים, שכמותם עוד לא באו, וספק אם יבואו". לצד זאת, כתבה כי אמנם הקמת ועדה היא סמכות רשות, אך הדיון אם להקים ועדה או לא, היא סמכות חובה, כך שעל הממשלה חלה חובה לקיים דיון בנושא.
היועמ"שית הסבירה בתגובתה כי ועדת חקירה ממלכתית היא הדרך הראויה לבחון את המחדל בשל העובדה שהיא מנותקת ועצמאית יותר כיוון שנשיא בית המשפט העליון ממנה את חבריה, בניגוד לועדת חקירה ממשלתית שאת חבריה ממנה הממשלה. כמו כן, בהרב-מיארה לא ציינה מה תהיה עמדתה אם הממשלה תחליט להקים ועדת חקירה ממשלתית, אך רמזה שאם הוועדה שתקום לא תהיה עצמאית וכזו שיש לה אמון ציבורי הרי שבמקרה כזה היא עשויה לקרוא לבג"ץ לפסול את החלטת הממשלה.
ראש הממשלה בנימין נתניהו הגיש לבג"ץ שלשום את תגובתו לעתירות, וציין כי "לבית משפט נכבד זה אין כל סמכות להורות על הקמת ועדת חקירה ממלכתית". נתניהו הוסיף כי הממשלה חופשית להחליט אם להקים ועדת חקירה, ואם זו תהיה ממלכתית או ממשלתית.
"הלכה למעשה, העותרים מבקשים כי בית המשפט הנכבד ייטול את סמכותה הטבועה והאינהרנטית של הממשלה ויקבע במקומה האם ואיזו ועדה יש להקים", כתב נתניהו בתגובתו. "בכל הכבוד, לא יעלה על הדעת שבית משפט נכבד זה יפעל בניגוד גמור להלכה הפסוקה שנקבעה על ידו פעם אחר פעם בעבר, וינפץ לרסיסים את עיקרון הפרדת הרשויות ומערכת האיזונים והבלמים במדינה".
לפי ההצעה שמקדם נתניהו, תיקבע ועדה במינוי פוליטי, עם חשש כבד שוועדה שפועלת "מטעם" לא תחקור באופן רציני את המחדל. על-פי הצעת החוק, ועדת חקירה שתוקם עם נציגים פוליטיים תהיה היחידה שמוסמכת לחקור את כשלי 7 באוקטובר. במקום ועדה בראשות שופט, כמקובל היום בחוק, תוקם ועדה שתורכב מנציג קואליציה ואופוזיציה, ויחד עם גורמים נוספים - בהם דמויות ביטחוניות מוכרות - יחקרו את הכשלים.