גוברת ההערכה שהנערה הפלסטינית שנהרגה בחילופי אש בג'נין נפגעה מירי של כוחות הביטחון: בצה"ל מסרו אחר הצהריים (שני), בתום תחקיר ראשוני של התקרית שאירעה אמש, כי "קיימת סבירות גבוהה" שאחד מלוחמי מג"ב הרג בשוגג את ג'אנה זכארנה בת ה-16. בצבא מסרו כי ישנו חשד שהנערה סייעה לחמושים שירו לעבר הלוחמים שהגיעו לג'נין כדי לעצור מבוקשים, ותצפתה בקרבת החמושים מאחד הגגות בעיר הפלסטינית - ובשל כך זוהתה בטעות כאחד מהם.
"הטענה כי כוחות הביטחון ירו לעבר בלתי מעורבים באופן מכוון הינה מופרכת וחסרת בסיס. כוחות הביטחון ימשיכו לתחקר ולפעול לבירור נסיבות האירוע", מסר דובר צה"ל. "צה"ל ומפקדיו מצרים על כל פגיעה בבלתי מעורבים, גם כאלו המצויים בסביבת קרב ובחילופי האש בקרבת המחבלים החמושים. כוחות הביטחון ימשיכו לפעול לסיכול טרור בכל מקום שיידרש תוך מאמץ להימנע מפגיעה בבלתי מעורבים".
בצבא ציינו כי הכוח פעל בג'נין סמוך ל-22:00, בשכונה המזרחית של העיר. "בוצע ירי על הכוח כדקה לאחר שיצא באופן מסוערב מהרכבים ליד היעד, ולכן יתר הכוחות הגיעו לפעול ולחלצו", אמרו בצה"ל. "החילוץ נמשך כשעה לפי התוכנית וכלל התמקמות של שתי חוליות קלעים שלנו על שני מבנים. עם חבירת הכוחות בוצע ירי רב על הכוח. קלע של הימ"ס, מעוטר ומנוסה, זיהה שתי דמויות על גג, אחת מהן חמושה שפתחה באש. הוא ירה לעבר הדמות כאשר ניסתה לברוח. יש הצלבה למתרחש, גם מתצפית של מזל"ט רוכב שמיים. הקלע ירה 9 כדורים והפלסטינים אומרים שזיהו 8 פגיעות. ההנחה היא שהכדור התשיעי פגע בה".
עוד אמרו בצבא: "בפעילות בוודאות פגענו בשני חמושים. אנו מעריכים שהיא עמדה ליד אחד החמושים, ייתכן שתצפתה וזוהתה בשוגג כחמוש. לצערנו היא נהרגה. הלוחם ירה עם נשק קלעים והוא גם צלף וקיבל על כך צל"שים רק לאחרונה. צריך לשאול גם מה הנערה חיפשה שם. הנערה פרסמה בעצמה שהיא מסייעת לחמושים לתצפת על כוחות צה"ל כמו צעירים פלסטינים נוספים באמצעות הטלגרם. היא והחמוש היו כ-100 מטרים דרומית לכוח".
חילופי האש שבהם נהרגה הנערה הפלסטינית אירעו אמש בג'נין בשעה שכוחות הביטחון ערכו שם מבצע מעצרים של מבוקשים. בכלי תקשורת פלסטיניים דווח כי היא נפגעה כאשר צילמה את הכוחות מאחד הגגות. הדיווחים הראשונים על מותה התקבלו סביב חצות בלילה שבין ראשון לשני. במסגרת הפעילות בג'נין נעצרו שלושה מבוקשים בפעילות טרור, בהם אחד שחשוד כי תכנן לבצע פיגועים והייתה לו נגישות לאמצעי לחימה. לאחר מעצר השלושה התפתחו הפרות סדר אלימות, שכללו ירי חי ומטעני חבלה בטווחים שונים לעבר כוחות הביטחון, שהגיבו כאמור בירי לעבר החמושים.
צה"ל, נזכיר, פועל בג'נין ובערים פלסטיניות אחרות מדי לילה, במסגרת המאבק העיקש לסיכול גל הטרור. ג'נין עצמה נחשבת למוקד המרכזי של פעילות מחבלים ביהודה ושומרון, וכוחות הביטחון שפושטים עליה נתקלים כמעט תמיד במחבלים שפותחים לעברם באש: הם נכנסים לשם למעצר מבוקשים, מנהלים חילופי אש עם חמושים שמוצאים בין היתר מחסה על הגגות, ויוצאים כעבור זמן קצר. לאחרונה אמר ל-ynet קצין בכיר באוגדת איו"ש כי כל פעולה לילית בג'נין יכולה להסתיים בהריגה של 20-15 חמושים פלסטינים על-ידי צה"ל ובהתאם לנהלים, אך הכוחות נמנעים מכך כדי לא להסלים עוד יותר את המתיחות הגבוהה ממילא.
דודה של הנערה סיפר שהיא "ישבה בבית כשהתחילו לירות בחוץ ועלתה למעלה לגג. לאחר שתי דקות התחילו שוב חילופי אש והיו גם צלפים ישראלים על הגגות. היהודים נכנסו לשכונה המזרחית והיו פצועים. אחרי חצי שעה צעקנו לה לחזור, היא לא ענתה. עלינו לגג, ראינו שהיא מדממת". לטענתו, היא נפגעה מארבעה או חמישה קליעים בראשה - והצלפים שפגעו בה היו מול הבניין. "שלחנו את הגופה לשכם לנתיחה כדי שנוכל לדעת בוודאות שהיהודים הרגו אותה. החמושים היו רחוקים ממנה, הם היו במקום אחר", הוסיף.
התקרית אמש מצטרפת לתקרית במאי השנה שבה נהרגה בחילופי אש בג'נין עיתונאית אל-ג'זירה שירין אבו עקאלה, כשלפי ההערכות גם היא נפגעה מירי בשוגג של כוח צה"ל. מות העיתונאית עורר הדים רבים בעולם, וכיוון שהייתה אזרחית אמריקנית גם בארה"ב פתחו בחקירה לבירור נסיבות מותה. בצל גל הטרור שבו נרצחו השנה 31 ישראלים, גם מספר המתים הפלסטינים זינק ולפי צה"ל עומד השנה על כ-150 - רובם המכריע מחבלים. הפלסטינים הגיבו היום בחריפות לתקרית האחרונה בג'נין, וראש הממשלה הפלסטיני מוחמד אשתייה אף פנה לתת-מזכ"ל האו"ם וירג'יניה גמבה שמבקרת כעת לישראל - וקרא לה להכניס אותה לרשימה השחורה של מדינות שפוגעות בילדים. "הרג הילדה ג'אנה הוא פשע שמתווסף לפשעים הנוראיים של הרג ילדים שחיילי הכיבוש ממשיכים לבצע", האשים אשתייה.
שר הביטחון בני גנץ הביע בצהריים צער על מותה של הנערה, ואמר כי במהלך פעילות כוחות הביטחון בג'נין נפתחה "אש מאסיבית" לעברם, וכי המחבלים גם השליכו לעברם מטענים ובקבוקי תבערה. גנץ הוסיף כי הכוחות השיבו באש לעבר מקורות הירי מתוך הגנה עצמית - וציין כי הפגיעה בנערה נמצאת בתחקור. "בניגוד למי שיושבים על הצירים עם נשק, אבנים ובקבוקי תבערה, ומחכים להזדמנות לרצוח נערות ונערים ישראלים, נשים, זקנים וטף – חיילי צה"ל לא יורים במכוון לעבר בלתי מעורבים", אמר. "צה"ל ימשיך לפעול לסיכול טרור, בכל מקום ובכל שעה, תוך הקפדה על הוראות הפתיחה באש. למפקדים ולחיילים יש גיבוי מלא להמשיך ולמלא את משימתם במקצועיות ובנחישות".