המחלקה לחקירות שוטרים ביקשה להאריך בחמישה ימים את מעצרו של מפקד ימ"ר שי, ניצב-משנה אבישי מועלם, החשוד בין היתר בשוחד והפרת אמונים - אבל לאחר שלוש שעות דיון בית משפט השלום בירושלים הורה לשחרר את נצ"מ מועלם למעצר בית. מח"ש ביקשה וקיבלה עיכוב ביצוע - אבל שעות לאחר מכן החליטה לא לערער, ונצ"מ מועלם שוחרר לביתו בתנאים מגבילים הכוללים איסור התייחסות לפרשה. "אחרי שאסיים את מעצר הבית אתן גרסה לכלל העיתונאים", אמר מועלם עם שחרורו ממשרדי מח"ש. "מה שיש לי להגיד זה עם ישראל חי, אוהב אתכם".
בהודעה מטעם מח"ש נכתב כי תיק החקירה נפתח בעקבות מידע מודיעיני שהגיע לצוות חשיפה באגף החקירות במח"ש, ובעקבותיו החלה החקירה הסמויה - שהפכה לגלויה בשבוע האחרון. הם הדגישו כי בניגוד לנטען, שב"כ לא יזם את החקירה ואף אינו מעורב בניהולה. לגבי מועלם נכתב כי פרט לחשד בשוחד והפרת אמונים, נחקר גם חשד של העברת מידע אליו, על אודות החקירה הסמויה שהתנהלה נגדו.
בנוסף עלה חשד שמועלם נמנע ממעצר של פעילי ימין קיצוני החשודים בטרור יהודי לבקשת השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר, כדי לזכות לקידום ממנו, ולצד זאת - גם הדליף לכאורה מידע מודיעיני ללשכת השר. חשד נוסף שעלה בחקירה הוא שמועלם נמנע משליחת אנשי משטרה לדרישת שב"כ למעצר מעורבים באירועי התפרעויות של פעילי ימין קיצוני.
על-פי החשד, נציב שב"ס קובי יעקובי, שנחקר בחשד להפרת אמונים ושיבוש מהלכי חקירה, היה זה שעדכן את נצ"מ מועלם בכך שמתנהלת נגדו חקירה סמויה. חשד נוסף המיוחס לו הוא התערבות בסבב המינויים במשטרה.
ביממה האחרונה נגבו עדויות משישה אנשי משטרה, בהם בלשים ולוחמי מג"ב שפעלו באזור מחוז ש"י - שמפקד הימ"ר שלו מועלם הוא החשוד המרכזי בפרשה. מקורביו של מועלם טענו במקביל כי הוא שיתף פעולה באופן מלא עם החוקרים, העניק להם גישה לטלפון הנייד שלו והביע נכונות לעבור בדיקת פוליגרף.
כחלק מהחקירה, כפי שפורסם ב-ynet, החוקרים הטיחו במועלם הודעה ששלח לנציב שב"ס רב-גונדר קובי יעקובי, ובה עדכן כי בפגישה מסוימת אמר נצ"מ מועלם שהוא "מיישם את מדיניות השר" במחוז ש"י, באופן שעלול להשתמע כאילו הוא משבח את מדיניותו. גורמים המעורים בפרטי הפרשה ציינו כי במסגרת החקירה הופעלו האזנות סתר שונות - ותוצרי האזנות אלה הוטחו בפני הנחקרים אתמול.
הבוקר בן גביר כבר הודה בעצמו כי הדרך להתקדם במשטרה היום היא אחת: ליישם את מדיניותו. "מי שממלא את המדיניות שלי - מקודם, ככה זה עובד בדמוקרטיה. מי שלא - לא מקודם", אמר בריאיון לגלי צה"ל. הוא הסביר: "אני לא עציץ, אני מבין שיש כאלה שרצו שיהיה עוד שר עציץ, אני לא עציץ, אני באתי לקבוע מדיניות. מי שלא מקיים את המדיניות שלי אני לא מקדם אותו".
בהודעה שפרסם מטעמו, טען בן גביר כי "בעבר אנשים התקדמו במשרד הזה לפי פרוטקציות ולפי קומבינות", והוסיף: "אני אומר שוב ובגאווה גדולה - מי שמקיים את המדיניות שלי - משילות, ריבונות, נחישות, מקצוענות - מתקדם במשטרה. ככה זה בדמוקרטיה ולא ברפובליקת בננות".