כוחות הביטחון נעלו הבוקר (ראשון) באחד המסגדים ברחבת הר הבית קבוצת פלסטינים שתכננה לפתוח בעימותים לאחר תחילת עליית היהודים להר לרגל חג השבועות. הפלסטינים התבצרו במסגד, וכוח משטרה הותיר אותם שם במהלך עליית היהודים. הם, מצידם, החלו להשליך אבנים וכיסאות מתוך המבנה ודרך החלונות. לא היו נפגעים. צפו בתיעוד מהר הבית שבפתח הכתבה.
נעילת מתבצרים במסגדי הר הבית היא פרקטיקה שבה עושה המשטרה שימוש לאחרונה. ביום ירושלים, שבו התקיים מצעד הדגלים, עלו להר יותר מ-2,600 יהודים. באותו בוקר נעלה המשטרה את שערי אחד המסגדים בהר הבית, שם ניסו להתבצר פלסטינים שרגמו את הכוחות באבנים. בהמשך נכנסו למסגד רעולי פנים וירו זיקוקים, אולם האירועים היו בשליטה של הכוחות. כמה יהודים שעלו להר הבית באותו יום קראו "שמע ישראל" והשתחוו בהר בניגוד לכללים ובהמשך הורחקו מהמתחם, ואחרים הניפו דגלי ישראל במתחם ושרו את ההמנון הלאומי התקווה.
במצעד הדגלים באותו יום השתתפו יותר מ-70 אלף בני אדם. בעיר העתיקה בירושלים פרצו עימותים בין יהודים לערבים עוד לפני תחילת המצעד, ולאחר שזה החל נשמעו מצד כמה מהמשתתפים, בהם פעילי ארגון "לה פמיליה" הימני-קיצוני, קריאות נאצה כגון "מוות לערבים" ו"שיישרף לכם הכפר". המתפרעים, קומץ קטן מהצועדים, תקפו גם עיתונאים ערבים.
מוקד העימותים המרכזי ביום ירושלים היה בשכונת שייח ג'ראח (שמעון הצדיק). ארגוני שמאל אמרו כי יותר מ-20 מקומיים נפצעו בעימותים, ומלבדם נפצע גם הכתב איאד חארב. השכונה, שלא הייתה חלק ממסלול הצעדיה, הפכה לשדה קרב עם סימנים רבים של רסיסי זכוכיות ופגיעות אבנים על הכבישים.
תושבים ערבים אמרו כי יהודים שהגיעו למקום ניפצו את שמשות המכוניות שלהם, ומנגד תועדה השלכת גדר על רכב של יהודים בנסיעה. בשייח ג'ראח תועד גם ירי זיקוקים, ובאזור הוצתו פחי אשפה. כוחות הביטחון השתמשו במכת"זית. שלושה יהודים נפצעו באורח קל בעימותים.