כעבור כ-62 שעות של מצוד נתפסו הבוקר (ראשון) שני המחבלים, אסעד אל-ריפאעי וסובחי אבו שקיר, שביצעו את טבח הגרזנים באלעד במוצאי יום העצמאות. בפיגוע בעיר החרדית נרצחו אורן בן יפתח, בועז גול ויונתן חבקוק. השניים נתפסו ביער נחשונים, שבין אלעד לראש העין.
בהודעה משותפת של המשטרה, שב"כ וצה"ל נכתב כי "שני המחבלים מהפיגוע באלעד נתפסו". המחבלים נתפסו תשושים בסמוך למחצבה, לאחר שהיו ללא מים ומזון מאז הפיגוע. הם עברו בדיקה רפואית ראשונית בשטח, בתוך היער, ולאחר מכן הועברו לחקירת שב"כ.
במהלך הסריקות שבוצעו אתמול ביער בו נמצאו הבוקר המחבלים, מצאו חיילי יחידת מרעול שמומחים באיתור נמלטים ונעדרים בשטח, ממצאים חשודים שכנראה המחבלים השאירו אחריהם. בהתאם, יצאו הבוקר לאותו תא שטח מיוער רכז שב"כ מלווה בקצין מיחידת מגלן וחיילי מרעול. הכוח, שגם נראה בסרטון הלכידה, שמע את השניים בשיחים וכך איתר את נקודת המסתור שלהם. בסריקות בזירה לאחר תפיסתם המשטרה מצאה את הגרזן ששימש את המחבלים בפיגוע.
"המרדף המשולב כלל הפעלה של אמצעים טכנולוגים, מודיעיניים, כוחות איסוף ויחידות מיוחדות, של המשטרה, שב"כ וצה"ל, בהן יחידת מגלן, יחידת מרעול, לוחמי חטיבת הקומנדו ובסיוע מסוקי היחידה האווירית של משטרת ישראל. צוות משולב הבחין בשתי הדמויות החשודות בסמוך למחצבה", נכתב בהודעה.
אסעד אל-ריפאעי הזדהה ביער כמי שביצע את הפיגוע וסיפר ש"לא ידע מה קרה בדיוק". הוא סיפר: "הרבצתי לאנשים". לאחר תפיסת המחבלים הוחלט על דחיית ישיבת הממשלה בחצי שעה.
השר לביטחון הפנים עמר בר לב צייץ בטוויטר: "אני מברך את כוחות הביטחון על לכידת שני המחבלים. ביומיים האחרונים פעלו במשותף מיטב הכוחות במשטרה, בשב"כ ובצה"ל כדי להניח עליהם את היד, וכך אכן קרה. הפעילות האינטנסיבית בתוואי שטח מורכב ראויה לכל שבח. נמשיך לרדוף בנחישות אחר דורשי רעתנו כל העת, ובכל מקום, ונגיע אליהם".
שר הביטחון בני גנץ אמר: "שמנו את ידינו על המחבלים השפלים שביצעו את הפיגוע באלעד. נשים את ידינו גם על כל מי שסייע להם. אני מודה לכוחות הביטחון שעבדו מסביב לשעון. צה"ל, המשטרה ושב"כ ימשיכו לפעול בשיתוף פעולה למען ביטחון אזרחי ישראל. אני מבקש שוב להביע צער בפני משפחות הנרצחים ולאחל החלמה מהירה לפצועים".
בחמאס התייחסו גם כן לתפיסתם של שני המחבלים וכינו אותם "גיבורי הפיגוע באלעד האמיצים". לדבריהם, "הם עצרו על רגל אחת את כל היישות הציונית המחזיקה בנשק גרעיני, וחשפו את שבריריותה של מערכת הביטחון".
גיסו של בועז גול, אברהם לוי, התראיין לאולפן ynet לאחר תפיסת המחבלים ואמר כי "אחרי ששמענו אמרנו מזמור תודה. המשפחה אמרה מזמור תודה על זה שמצאו אותם. מי תיאר לעצמו גרזנים איפה זה קיים? להרים גרזן על אדם אחר?". הוא המשיך וקרא לאחדות: "כולנו מתפללים שזה ייתן לנו כוחות ולעם ישראל. מה שכואב ליהודי אחד כואב לכולנו".
עם היוודע דבר תפיסתם, צהלות שמחה ומחיאות כפיים נשמעו מבתי הספר הסמוכים לזירת הפיגוע באלעד. שני המחבלים שביצעו את הפיגוע באלעד נטולי שיוך ארגוני, ובחקירה שהתנהלה לא נמצא סימן שעלול היה לעורר חשד לביצוע פיגוע.
ב-ynet נחשף כי אחד המחבלים השאיר צוואה, שממנה עולה כי הסיבה שהוא וחברו יצאו לפיגוע היא הפגיעה בהר הבית. על זה, נכתב, הם מוכנים לרצוח ולמות. גם בחקירת שני המחבלים בפיגוע באריאל, שנתפסו בחיים, עלתה תמונה דומה מאוד שלפיה המוטיבציה שלהם הייתה בעיקר ירושלים.
הפיגוע ביום חמישי בערב, מוצאי יום העצמאות, החל ברחוב אבן גבירול באלעד - שבו שני המחבלים, שוהים בלתי חוקיים, עבדו לפני כן באתר בנייה. בהערכת מצב מקבילה, שקיים השר גנץ בהשתתפות הרמטכ"ל רב-אלוף אביב כוכבי, ראש השב"כ רונן בר ובכירים נוספים, הוחלט להאריך ביממה את הסגר הכללי על יהודה ושומרון. הסגר, שהוטל לקראת יום הזיכרון ויום העצמאות, החל בשלישי ב-15:00 והיה צפוי להסתיים בחמישי בלילה, אך הוארך כבר ביום חמישי בעקבות הפיגוע באלעד. היום תתקיים הערכת מצב נוספת בנושא.
אתמול אמרו במשטרה כי החלו במבצע רחב היקף למעצר שוהים בלתי חוקיים וישראלים המסייעים להם בהסעה, הלנה והעסקה בלתי חוקית. במבצע ייקחו חלק אלפי שוטרים ולוחמי מג"ב. המפכ"ל שבתאי הבטיח כי המשטרה "מעלה הילוך" במאבק מול תופעת השוהים הבלתי חוקיים, אולם הצהרות דומות נשמעו גם לאחר הפיגוע בבני ברק.