בצה"ל הופתעו מאוד מהתנהלות המשטרה במהלך המהומות בבית ליד, וזעמו מכך שבמשך שעות לא הוקפצו כוחות יס"מ או מג"ב לבסיס, למרות האירועים הקשים והיד הרכה כלפי המפגינים. גורמים במצ"ח טענו שהמשטרה מאפשרת להתיר את דמם של גורמי החקירה בפרשה ושל הפרקליטה הצבאית הראשית יפעת תומר-ירושלמי, וכי הפריצה לבסיס היא חסרת תקדים ועלולה לחזור גם בהמשך. הם הוסיפו: "חוץ מלעודד עוד מפגינים להגיע לפריצת הבסיסים המשטרה עושה הכל כדי להקטין את האירוע החמור הזה. מבחינתה זה עניין צבאי, שהחיילים יפתרו את הבעיה".